PDB-8v8s: Structure of human AQP4 in lipid nanodisc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v8s

タイトル

Structure of human AQP4 in lipid nanodisc

要素

Aquaporin-4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Aquaporin / Water-channel

機能・相同性

機能・相同性情報

Passive transport by Aquaporins / cerebrospinal fluid circulation / astrocyte end-foot / intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / multicellular organismal-level water homeostasis / renal water homeostasis / sarcolemma / cellular response to type II interferon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gupta, M. / Khandelwal, N.K. / Stroud, R.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human AQP4 in lipid nanodisc
著者: Gupta, M. / Khandelwal, N.K. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2023年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年12月11日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年12月11日	Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年12月11日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年12月11日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年12月11日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年12月11日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年12月11日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年6月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v8s.cif.gz	176.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v8s.ent.gz	136 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v8s_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v8s_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8v8s_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	8v8s_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/8v8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/8v8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	43044MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (9) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aquaporin-4

B: Aquaporin-4

C: Aquaporin-4

D: Aquaporin-4

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Aquaporin-4 分子量: 37982.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP4 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P55087
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Human AQP4 tetramer in nanodisc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: OTHER

-
解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: NONE
対称性	点対称性: C₄ (4回回転対称)
3次元再構成	解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 371328 / 対称性のタイプ: POINT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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