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- PDB-8v8q: HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN B*07:02 IN COMPLEX WITH MERS-COV EPITOPE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v8q
タイトルHUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN B*07:02 IN COMPLEX WITH MERS-COV EPITOPE N95-103 (A95S mutant)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
  • Nucleoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Viral Protein / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / viral capsid / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / early endosome membrane / host cell Golgi apparatus / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / ribonucleoprotein complex / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Nucleoprotein / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Oltean, N. / Nyovanie, S. / Hashem, A. / Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Krogsgaard, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1-TR001445-06-A1-S1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN B*07:02 IN COMPLEX WITH MERS-CoV EPITOPE N95-103 (A95S mutant)
著者: Oltean, N. / Nyovanie, S. / Hashem, A. / Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Krogsgaard, M.
履歴
登録2023年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6268
ポリマ－45,2563
非ポリマー3705
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.858, 153.872, 87.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-528-

HOH

21C-105-

HOH

31C-111-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain


分子量: 32093.211 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 1283.410 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 95-103 / Mutation: A95S / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
参照: UniProt: K9N4V7

-
非ポリマー , 4種, 424分子

#4: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 % / 解説: Thin plate
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES: NaOH, pH 7.5, 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月28日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→29.19 Å / Num. obs: 40656 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2482 / CC1/2: 0.847 / Rpim(I) all: 0.316 / Rrim(I) all: 0.846 / Χ2: 0.98 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0257精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LG0

7lg0


解像度: 1.85→28.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.2 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20956 1217 3 %RANDOM
Rwork0.16969 ---
obs0.17088 39413 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.18 Å20 Å20 Å2
2---1.76 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3176 0 23 419 3618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133307
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.6624489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3781.5816606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3925386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.52921.29217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85915525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9051532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7363.0511544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7373.0511543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8494.5511927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8474.5511928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.3433.6231763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.3413.6231764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.2415.1522562
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.00335.7043840
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.04435.1043736
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 74 -
Rwork0.251 2885 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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