PDB-8v8p: Sorghum Chalcone Isomerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v8p

タイトル

Sorghum Chalcone Isomerase

要素

Chalcone-flavonone isomerase family protein

キーワード

ISOMERASE / Chalcone Synthase / Flavonoids / Chalcones

機能・相同性

機能・相同性情報

chalcone isomerase activity / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Sorghum bicolor (タカキビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.18 Å

データ登録者

Lewis, J.A. / Kang, C.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Structural and Interactional Analysis of the Flavonoid Pathway Proteins: Chalcone Synthase, Chalcone Isomerase and Chalcone Isomerase-like Protein.
著者: Lewis, J.A. / Jacobo, E.P. / Palmer, N. / Vermerris, W. / Sattler, S.E. / Brozik, J.A. / Sarath, G. / Kang, C.

履歴

登録	2023年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v8p.cif.gz	309.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v8p.ent.gz	253.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v8p_validation.pdf.gz	631.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v8p_full_validation.pdf.gz	685.8 KB	表示
XML形式データ	8v8p_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	8v8p_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/8v8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/8v8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v8lC 8v8mC 8v8nC 8v8oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chalcone-flavonone isomerase family protein

B: Chalcone-flavonone isomerase family protein

C: Chalcone-flavonone isomerase family protein

D: Chalcone-flavonone isomerase family protein

E: Chalcone-flavonone isomerase family protein

F: Chalcone-flavonone isomerase family protein

G: Chalcone-flavonone isomerase family protein

H: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

192 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

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2

B: Chalcone-flavonone isomerase family protein

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3

C: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

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24.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

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5

E: Chalcone-flavonone isomerase family protein

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6

F: Chalcone-flavonone isomerase family protein

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7

G: Chalcone-flavonone isomerase family protein

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8

H: Chalcone-flavonone isomerase family protein

登録者が定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.453, 127.825, 95.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chalcone-flavonone isomerase family protein 分子量: 23821.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: SORBI_3001G035600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5WV22
#2: 化合物	ChemComp-DFV / 7-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / 5-DEOXYFLAVANONE / リクイリチゲニン分子量: 256.253 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アゴニスト*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.18→50 Å / Num. obs: 33493 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.951 / CC star: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.197 / R_pim(I) all: 0.126 / R_rim(I) all: 0.235 / Χ²: 0.647 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 112827

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.18-3.23	3.1	0.605	1636	0.59	0.862	0.404	0.73	0.558	99.5
3.23-3.29	2.9	0.586	1678	0.63	0.879	0.416	0.722	0.52	100
3.29-3.36	3.1	0.492	1636	0.735	0.92	0.341	0.601	0.523	100
3.36-3.43	3.2	0.522	1706	0.764	0.931	0.343	0.627	0.593	99.9
3.43-3.5	3.3	0.384	1637	0.791	0.94	0.248	0.458	0.597	100
3.5-3.58	3.1	0.318	1680	0.843	0.956	0.216	0.386	0.556	99.9
3.58-3.67	3.2	0.307	1676	0.754	0.927	0.206	0.371	0.73	100
3.67-3.77	3.6	0.304	1646	0.843	0.956	0.186	0.357	0.736	100
3.77-3.88	3.6	0.278	1688	0.92	0.979	0.169	0.326	0.555	100
3.88-4.01	3.6	0.242	1678	0.949	0.987	0.148	0.284	0.599	100
4.01-4.15	3.6	0.197	1670	0.957	0.989	0.121	0.232	0.541	99.9
4.15-4.32	3.6	0.186	1674	0.963	0.99	0.114	0.218	0.635	99.9
4.32-4.51	3.6	0.187	1668	0.951	0.987	0.113	0.219	1.106	99.9
4.51-4.75	3.5	0.139	1675	0.98	0.995	0.086	0.164	0.607	99.9
4.75-5.05	3.5	0.13	1667	0.986	0.996	0.081	0.154	0.57	99.8
5.05-5.44	3.4	0.144	1675	0.977	0.994	0.092	0.172	0.52	99.9
5.44-5.98	3.2	0.149	1680	0.972	0.993	0.099	0.179	0.505	100
5.98-6.85	3.2	0.122	1695	0.978	0.994	0.082	0.147	0.564	100
6.85-8.62	3.4	0.075	1694	0.993	0.998	0.048	0.089	0.596	100
8.62-50	3.7	0.06	1734	0.993	0.998	0.036	0.07	1.147	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.18→46.2 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2738	1881	6.1 %
R_work	0.2167	-	-
obs	0.2202	30858	91.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.18→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12346	0	95	0	12441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	12731
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.605	17306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.34	4398
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1995
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2219

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.18-3.26	0.374	134	0.3105	1982	X-RAY DIFFRACTION	83
3.26-3.36	0.3509	120	0.2833	2037	X-RAY DIFFRACTION	84
3.36-3.47	0.3206	134	0.2619	2147	X-RAY DIFFRACTION	88
3.47-3.59	0.3277	139	0.2532	2212	X-RAY DIFFRACTION	92
3.59-3.73	0.318	159	0.2554	2306	X-RAY DIFFRACTION	96
3.74-3.9	0.2731	139	0.2245	2212	X-RAY DIFFRACTION	92
3.91-4.11	0.2894	135	0.209	2212	X-RAY DIFFRACTION	91
4.11-4.37	0.2142	163	0.1967	2271	X-RAY DIFFRACTION	94
4.37-4.7	0.2777	140	0.1838	2270	X-RAY DIFFRACTION	94
4.71-5.18	0.2629	142	0.1907	2279	X-RAY DIFFRACTION	94
5.18-5.93	0.2987	153	0.2163	2270	X-RAY DIFFRACTION	93
5.93-7.46	0.278	157	0.2068	2333	X-RAY DIFFRACTION	96
7.46-46.2	0.1793	166	0.1576	2446	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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