PDB-8v8l: Switchgrass Chalcone Isomerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v8l

タイトル

Switchgrass Chalcone Isomerase

要素

Chalcone-flavonone isomerase family protein

キーワード

ISOMERASE / Chalcone Isomerase / Flavonoids / Chalcones / Panicum Vigratum / switchgrass

機能・相同性

Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase superfamily / chalcone isomerase activity / flavonoid biosynthetic process / Chalcone-flavonone isomerase family protein

機能・相同性情報

生物種

Panicum virgatum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Lewis, J.A. / Kang, C.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Structural and Interactional Analysis of the Flavonoid Pathway Proteins: Chalcone Synthase, Chalcone Isomerase and Chalcone Isomerase-like Protein.
著者: Lewis, J.A. / Jacobo, E.P. / Palmer, N. / Vermerris, W. / Sattler, S.E. / Brozik, J.A. / Sarath, G. / Kang, C.

履歴

登録	2023年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v8l.cif.gz	97.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v8l.ent.gz	72.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/8v8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/8v8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v8mC 8v8nC 8v8oC 8v8pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chalcone-flavonone isomerase family protein

B: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.090, 46.521, 59.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Chalcone-flavonone isomerase family protein 分子量: 24354.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Panicum virgatum (植物) / 遺伝子: PVAP13_9KG390224 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8T0N7A2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: magnesium chloride, Tris-HCl, PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 36980 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.914 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	2.3	0.596	999	0.666	0.894	0.435	0.742	0.452	84.2
2.03-2.07	2.6	0.476	1078	0.748	0.925	0.338	0.586	0.467	89.3
2.07-2.11	2.7	0.437	1147	0.796	0.942	0.303	0.534	0.446	95.7
2.11-2.15	2.9	0.402	1125	0.776	0.935	0.276	0.49	0.472	96.8
2.15-2.2	3	0.353	1200	0.857	0.961	0.24	0.429	0.472	98.7
2.2-2.25	3	0.316	1177	0.879	0.967	0.214	0.383	0.751	99.5
2.25-2.31	2.9	0.263	1170	0.901	0.974	0.182	0.321	0.529	99.5
2.31-2.37	3	0.251	1178	0.926	0.981	0.171	0.305	0.566	100
2.37-2.44	3.1	0.208	1210	0.95	0.987	0.141	0.252	0.653	100
2.44-2.52	3.3	0.197	1188	0.952	0.988	0.127	0.235	0.597	99.9
2.52-2.61	3.4	0.172	1200	0.962	0.99	0.109	0.204	0.607	100
2.61-2.71	3.4	0.142	1196	0.975	0.994	0.09	0.169	0.695	100
2.71-2.84	3.4	0.121	1198	0.979	0.995	0.078	0.144	0.756	100
2.84-2.99	3.3	0.098	1217	0.981	0.995	0.064	0.117	0.791	100
2.99-3.17	3.3	0.079	1185	0.991	0.998	0.051	0.094	1.048	100
3.17-3.42	3	0.061	1218	0.993	0.998	0.042	0.074	1.267	100
3.42-3.76	3.2	0.054	1200	0.995	0.999	0.035	0.064	1.471	99.9
3.76-4.31	3.4	0.048	1210	0.996	0.999	0.03	0.057	1.605	99.9
4.31-5.43	3.3	0.046	1231	0.995	0.999	0.03	0.055	1.606	99.8
5.43-50	3.2	0.045	1264	0.996	0.999	0.03	0.054	2.182	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→36.39 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2398	2000	5.41 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.1984	36980	98.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→36.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3127	0	12	261	3400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3207
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.741	4351
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.532	448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.78	0.3198	137	0.2859	2385	X-RAY DIFFRACTION	95
1.78-1.83	0.3104	142	0.2665	2494	X-RAY DIFFRACTION	98
1.83-1.88	0.2992	140	0.2635	2457	X-RAY DIFFRACTION	97
1.88-1.94	0.3034	141	0.2499	2465	X-RAY DIFFRACTION	97
1.94-2.01	0.2822	139	0.2362	2423	X-RAY DIFFRACTION	96
2.01-2.09	0.3106	144	0.2158	2514	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.19	0.255	144	0.2119	2529	X-RAY DIFFRACTION	99
2.19-2.3	0.232	143	0.1973	2504	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.45	0.2442	146	0.1925	2535	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.64	0.2338	141	0.1989	2481	X-RAY DIFFRACTION	99
2.64-2.9	0.2533	143	0.2042	2493	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9-3.32	0.2453	145	0.1973	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-4.18	0.2042	147	0.1695	2569	X-RAY DIFFRACTION	99
4.18-36.39	0.2175	148	0.1771	2588	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)