PDB-8v6p: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with 7-aza-L-t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v6p

タイトル

Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with 7-aza-L-tryptophan

要素

Tryptophanase

トリプトファナーゼ

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

pyridoxal-5'-phosphate (ピリドキサールリン酸) / fold I /

tetramer (四量体)

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophanase activity /

トリプトファナーゼ
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-alanine
著者: Phillips, R.S.

履歴

登録	2023年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v6p.cif.gz	976.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v6p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/8v6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/8v6p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8v2kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophanase

B: Tryptophanase

C: Tryptophanase

D: Tryptophanase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.635, 211.340, 60.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-975- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Tryptophanase / トリプトファナーゼ / L-tryptophan indole-lyase / TNase 分子量: 52558.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: tnaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28796, トリプトファナーゼ

-
非ポリマー , 5種, 1389分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-A1ACN / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-L-alanine 分子量: 434.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₄O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-A1ABZ / (2E)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)propanoic acid 分子量: 434.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₄O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→61.6 Å / Num. obs: 137266 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.22 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 1.74→1.92 Å / Num. unique obs: 6863 / CC_1/2: 0.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC	20230614	data processing
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→61.6 Å / SU ML: 0.2094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3558
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	6816	4.97 %
R_work	0.1851	130367	-
obs	0.1873	137183	67.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→61.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14681	0	126	1385	16192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	16343
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.723	22130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0491	2371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	2881
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2994	6176

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.76	0.2912	11	0.3325	252	X-RAY DIFFRACTION	3.96
1.76-1.78	0.4398	23	0.3066	329	X-RAY DIFFRACTION	5.35
1.78-1.8	0.4166	23	0.2977	463	X-RAY DIFFRACTION	7.27
1.8-1.82	0.3638	35	0.271	561	X-RAY DIFFRACTION	9.05
1.82-1.85	0.2275	37	0.2479	690	X-RAY DIFFRACTION	10.83
1.85-1.87	0.3188	42	0.2425	965	X-RAY DIFFRACTION	15.12
1.87-1.9	0.339	75	0.2426	1343	X-RAY DIFFRACTION	21.33
1.9-1.93	0.3342	105	0.2444	2049	X-RAY DIFFRACTION	32.21
1.93-1.96	0.3001	128	0.249	2530	X-RAY DIFFRACTION	40.02
1.96-1.99	0.2713	164	0.24	2852	X-RAY DIFFRACTION	45.34
1.99-2.02	0.2852	174	0.2239	3300	X-RAY DIFFRACTION	51.57
2.02-2.06	0.278	211	0.2221	3691	X-RAY DIFFRACTION	58.88
2.06-2.1	0.2367	215	0.2237	4365	X-RAY DIFFRACTION	68
2.1-2.14	0.2857	271	0.2245	4933	X-RAY DIFFRACTION	78.49
2.14-2.19	0.2436	266	0.2252	5668	X-RAY DIFFRACTION	88.16
2.19-2.24	0.2827	311	0.2204	6123	X-RAY DIFFRACTION	95.83
2.24-2.3	0.2653	326	0.2227	6264	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.3-2.36	0.2541	372	0.2181	6316	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.36-2.43	0.2738	349	0.2135	6359	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.43-2.51	0.2527	331	0.206	6361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2682	313	0.2031	6412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.7	0.2417	326	0.196	6423	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.7-2.82	0.2604	326	0.2005	6434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.97	0.2315	321	0.1968	6451	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.97-3.16	0.2342	326	0.1958	6421	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.16-3.4	0.2146	345	0.1723	6445	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.4-3.74	0.2112	361	0.1576	6442	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.74-4.28	0.1774	332	0.1417	6507	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.28-5.4	0.1769	352	0.1378	6586	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4-61.6	0.1952	345	0.1754	6832	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.93816956244	-0.555251242675	-0.0444549948542	0.731088588225	-0.452563689243	0.334750353967	-0.129908597644	-0.731703817664	0.289070928134	0.302466668811	0.0117826583344	0.502704147273	-0.0370627354113	-0.160641802629	-0.605429793168	0.102049961384	0.0248895968894	0.158205697576	0.343354449769	-0.113233958273	0.682466213067	-8.3583690528	23.8879678056	21.1436916909
2	1.29818702255	0.482531563619	0.0858119088165	0.705924058951	0.465933334445	1.23234491411	-0.155750006188	-0.492435447075	0.354962066205	0.358459253594	-0.252310440952	1.07278334031	-0.0996621161212	-0.484785873807	-0.230726453271	0.0723714393375	-0.0332104031779	0.232280064449	0.244096055483	-0.0900584114664	0.684556600079	-0.379979946317	25.6894443494	23.2307992784
3	0.740767277121	0.198590077338	0.864667812983	0.0531300725807	0.233367066495	1.01289161503	-0.021221518739	-0.853531897433	0.606520071935	0.711336993194	-0.154778392711	0.686740582092	-0.0497987515958	-0.612222659385	-0.0875111761553	0.601292693748	-0.0468283573255	0.413058471662	0.777508561463	-0.298852705391	1.22929376339	-2.85058991528	30.4991423258	33.9889349167
4	1.03507188274	0.122161665462	-0.126492566233	0.850739653568	-0.460547841884	0.422687328368	0.0862183317205	-0.552387986301	0.149719015852	0.43708926326	-0.326325199734	-0.179937597466	-0.0852308282352	0.112984853446	-0.0955688608994	0.238853641633	-0.0987832593658	-0.0618401895642	0.28879802357	0.0891655263179	0.0816715993322	52.3022506117	27.1640738204	17.4943776628
5	1.96987410944	-0.197899044676	0.364465735614	0.994368837419	-0.221453164009	0.859417617398	0.0227193783425	0.124946056715	-0.257272712215	-0.260265264194	-0.0811449488491	-0.465074306269	-0.039374630084	0.0545949468962	0.0336720781218	0.139159627151	0.0227284782961	0.109621307756	0.114206081223	0.021277997793	0.204990570018	54.0964552186	9.87277047987	-6.57059781703
6	0.763648744256	0.299422494084	0.0716987418906	1.08305838454	0.0722369842292	0.328409635646	0.0955747280061	0.15617654155	-0.0698618265358	-0.0818694364366	-0.0629325277203	-0.795522260525	0.0348888671495	0.0970679818909	0.0109160877061	0.108934837663	0.0329025938422	0.235367614733	0.187638171968	0.127522239615	0.147463679353	58.2474162487	21.2181638036	-7.30752040307
7	0.325467770522	0.441113884975	-0.0632559059808	1.52794549265	-0.192085997921	1.12796851768	0.059045738676	-0.245606246319	-0.0535210455084	0.129677566225	-0.309834024096	-1.0522197607	0.150254052097	0.539522178102	-0.00863593427851	0.160439230853	-0.0327565281475	-0.0611186745723	0.36049226217	0.17201497849	0.496529087789	70.2808033938	25.3873069901	12.5807446478
8	0.142839149923	0.121658219143	-0.277928500765	0.995123722696	-0.720394527686	0.809268221294	-0.0794342290172	-0.540084900566	-0.54707965301	0.472775346478	-0.119263686382	-0.647695466734	-0.0778958914303	0.467373349002	0.221401886218	0.30399142383	-0.0336985432379	-0.108970621574	0.530812608618	0.221284316406	0.830502273381	69.7407002868	22.1418709629	20.0192456907
9	1.34820653142	0.134408336488	-0.0993548879654	1.61757269166	-0.211520578885	0.617917972158	0.0314154816646	0.113018239245	-0.03395606168	-0.0853659405555	-0.0427716477332	0.0721800683114	0.0906102229479	0.0174198265416	-0.00288042655909	0.132358682957	-0.0138973207695	-0.00622681062371	0.0713061618843	0.00521758345081	0.0179587096759	31.3948702323	10.5750951704	9.48222637408
10	1.28769107794	-1.33021561155	0.15465966324	1.37790277504	-0.168893742423	1.09833993635	0.00201835397581	-0.0217021452911	-0.309733344023	0.158421113355	-0.111913349684	-0.487225493602	0.00467176077863	0.212023613081	0.0334224194849	0.125911236287	0.0206561736832	-0.0360386595863	0.134317565135	0.0923009768687	0.299835287634	47.3395927571	-10.6950300013	11.2546441129
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16	1.17180470757	-0.226073506186	-0.0167488448562	0.319097968422	-0.11008287244	1.04493294053	0.0148950261932	-0.552231430332	-0.159104851312	0.558964162748	-0.107231592961	0.459162575667	0.0882133040995	-0.375599855229	0.0465198970922	0.347275712953	-0.0608177875376	0.251067231066	0.348537382449	0.0176280650094	0.22538669599	12.3333049554	19.5726386961	24.4628267258
17	1.08237798657	-0.060886603408	-0.540411843036	1.88305596561	-0.448002532229	0.671914678051	0.0264052623877	0.10279956766	-0.0958652607595	-0.0481063477405	-0.0497620822227	0.0655282725418	-0.0256524008405	-0.00199115018758	0.0274036773173	0.0713193431619	0.00726895851145	0.0108856919924	0.0856072135557	0.0224999569538	0.055986565617	19.0971070705	36.3824479839	5.80480112787
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19	0.885210429198	0.0526037333198	-0.110602902217	0.821703349333	0.0348595375415	0.434309036818	-0.0760646231971	0.247849558999	-0.0816268915865	-0.0945724992763	0.0502311671773	0.436242344248	-0.122551663656	0.00933940207676	0.00713380850767	0.04579122682	0.0506960848196	-0.0224788941254	0.0582295755737	0.000800340307682	0.248963210928	2.44703132296	36.3091718707	3.65635538291

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 343 through 371 )	B	F	343 - 371	342 - 370
2	2	chain 'B' and (resid 372 through 437 )	B	F	372 - 437	371 - 436
3	3	chain 'B' and (resid 438 through 467 )	B	F	438 - 467	437 - 466
4	4	chain 'C' and (resid 2 through 75 )	C	H	2 - 75	1 - 74
5	5	chain 'C' and (resid 76 through 141 )	C	H	76 - 141	75 - 140
6	6	chain 'C' and (resid 142 through 341 )	C	H	142 - 341	141 - 340
7	7	chain 'C' and (resid 342 through 423 )	C	H	342 - 423	341 - 415
8	8	chain 'C' and (resid 424 through 466 )	C	H	424 - 466	416 - 458
9	9	chain 'D' and (resid 2 through 99 )	D	J	2 - 99	1 - 98
10	10	chain 'D' and (resid 100 through 155 )	D	J	100 - 155	99 - 154
11	11	chain 'D' and (resid 156 through 371 )	D	J	156 - 371	155 - 370
12	12	chain 'D' and (resid 372 through 466 )	D	J	372 - 466	371 - 465
13	13	chain 'A' and (resid 2 through 75 )	A	A	2 - 75	1 - 74
14	14	chain 'A' and (resid 76 through 295 )	A	A	76 - 295	75 - 294
15	15	chain 'A' and (resid 296 through 466 )	A	A	296 - 466	295 - 465
16	16	chain 'B' and (resid 2 through 43 )	B	F	2 - 43	1 - 42
17	17	chain 'B' and (resid 44 through 99 )	B	F	44 - 99	43 - 98
18	18	chain 'B' and (resid 100 through 155 )	B	F	100 - 155	99 - 154
19	19	chain 'B' and (resid 156 through 342 )	B	F	156 - 342	155 - 341

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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