+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v6o | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Inactivated-state cryo-EM structure of human TRPV3 in presence of 2-APB in cNW30 nanodiscs | ||||||||||||||||||
![]() | Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 | ||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / transient receptor potential V family member 3 / TRP / channel / TRPV3 / TRP channels / 2-Aminoethoxydiphenylborane / 2-APB | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of hair cycle / osmosensory signaling pathway / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion transmembrane transport / actin filament organization / calcium channel activity / cilium ...negative regulation of hair cycle / osmosensory signaling pathway / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion transmembrane transport / actin filament organization / calcium channel activity / cilium / receptor complex / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Nadezhdin, K.D. / Neuberger, A. / Sobolevsky, A.I. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: TRPV3 activation by different agonists accompanied by lipid dissociation from the vanilloid site. 著者: Kirill D Nadezhdin / Arthur Neuberger / Lena S Khosrof / Irina A Talyzina / Jeffrey Khau / Maria V Yelshanskaya / Alexander I Sobolevsky / ![]() 要旨: TRPV3 represents both temperature- and ligand-activated transient receptor potential (TRP) channel. Physiologically relevant opening of TRPV3 channels by heat has been captured structurally, while ...TRPV3 represents both temperature- and ligand-activated transient receptor potential (TRP) channel. Physiologically relevant opening of TRPV3 channels by heat has been captured structurally, while opening by agonists has only been observed in structures of mutant channels. Here, we present cryo-EM structures that illuminate opening and inactivation of wild-type human TRPV3 in response to binding of two types of agonists: either the natural cannabinoid tetrahydrocannabivarin (THCV) or synthetic agonist 2-aminoethoxydiphenylborane (2-APB). We found that THCV binds to the vanilloid site, while 2-APB binds to the S1-S4 base and ARD-TMD linker sites. Despite binding to distally located sites, both agonists induce similar pore opening and cause dissociation of a lipid that occupies the vanilloid site in their absence. Our results uncover different but converging allosteric pathways through which small-molecule agonists activate TRPV3 and provide a framework for drug design and understanding the role of lipids in ion channel function. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 496 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 417.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 101.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 136.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 42998MC ![]() 8v6kC ![]() 8v6lC ![]() 8v6mC ![]() 8v6nC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 92680.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-POV / ( #3: 化合物 | ChemComp-FZ4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: full-length human TRPV3 in complex with 2-APB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.37 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: human TRPV3 in cNW30 nanodiscs | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 1.877 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 25638 |
画像スキャン | 横: 11520 / 縦: 8184 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 12806132 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73263 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|