PDB-8v6l: Open-state cryo-EM structure of human TRPV3 in presence of tetrah...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v6l

タイトル

Open-state cryo-EM structure of human TRPV3 in presence of tetrahydrocannabivarin (THCV) in cNW30 nanodiscs

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / transient receptor potential V family member 3 / TRP / channel / TRPV3 / TRP channels / tetrahydrocannabivarin / THCV

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of hair cycle / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / lysosome / receptor complex / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å

データ登録者

Nadezhdin, K.D. / Neuberger, A. / Sobolevsky, A.I.

資金援助

米国,

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)	R01 AR078814	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01 CA206573	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	R01 NS083660	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	R01 NS107253	米国
German Research Foundation (DFG)	464295817	ドイツ

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: TRPV3 activation by different agonists accompanied by lipid dissociation from the vanilloid site.
著者: Kirill D Nadezhdin / Arthur Neuberger / Lena S Khosrof / Irina A Talyzina / Jeffrey Khau / Maria V Yelshanskaya / Alexander I Sobolevsky /

要旨: TRPV3 represents both temperature- and ligand-activated transient receptor potential (TRP) channel. Physiologically relevant opening of TRPV3 channels by heat has been captured structurally, while ...

履歴

登録	2023年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v6l.cif.gz	490.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v6l.ent.gz	407.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v6l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v6l_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v6l_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8v6l_validation.xml.gz	87 KB	表示
CIF形式データ	8v6l_validation.cif.gz	123.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/8v6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/8v6l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	42995MC 42994C 42996C 42997C 42998C 8v6kC 8v6mC 8v6nC 8v6oC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (3) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

ヘテロ分子

387 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 分子量: 92680.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPV3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NET8
#2: 化合物	ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC 分子量: 760.076 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-I8E / Tetrahydrocannabivarin / (6aR,10aR)-6,6,9-trimethyl-3-propyl-6a,7,8,10a-tetrahydro-6H-dibenzo[b,d]pyran-1-ol / THCV / THV / O-4394 / GWP42004 / Δ⁹-テトラヒドロカンナビバリン分子量: 286.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: full-length human TRPV3 in complex with THCV / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.37 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Human embryonic kidney 293 / プラスミド: pEG BacMam

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	20 mM	tris(hydroxymethyl)aminomethane		1
3	1 mM	beta-Mercaptoethanol		1
4	0.1 mM	tetrahydrocannabivarin		1

試料

濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: human TRPV3 in cNW30 nanodiscs

試料支持

グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1750 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	平均露光時間: 3.4 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9938
画像スキャン	横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.18 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 2951936

3次元再構成

解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36121 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

空間: REAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	23052
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.243	30964
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	16.941	13908
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.059	3380
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	3748

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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