PDB-8v5y: Crystal structure of Tyr p 36.0101 in complex with a poly(L-proli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v5y

タイトル

Crystal structure of Tyr p 36.0101 in complex with a poly(L-proline) peptide

要素

Profilin
poly(L-proline) peptide

キーワード

ALLERGEN / mite profilin / storage mite / allergy / poly(L-proline) peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

sequestering of actin monomers / actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能

生物種

Tyrophagus putrescentiae (ダニ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.059 Å

データ登録者

O'Malley, A. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural homology of mite profilins to plant profilins is not indicative of allergic cross-reactivity.
著者: O'Malley, A. / Sankaran, S. / Carriuolo, A. / Khatri, K. / Kowal, K. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2023年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v5y.cif.gz	153.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v5y.ent.gz	91.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v5y_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v5y_full_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示
XML形式データ	8v5y_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8v5y_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/8v5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/8v5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ti5C 8ti6C 8ti7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (6)

登録構造単位

B: Profilin

A: Profilin

C: poly(L-proline) peptide

ヘテロ分子

34.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.289, 55.518, 59.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 121.179, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 130 / Label seq-ID: 25 - 154

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Profilin 分子量: 16881.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tyrophagus putrescentiae (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2YLJ4
#2: タンパク質・ペプチド	poly(L-proline) peptide 分子量: 600.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M lithium citrate pH 3.5, 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 13911 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.082 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 501 / CC_1/2: 0.932 / R_pim(I) all: 0.157 / R_rim(I) all: 0.267 / R_sym value: 0.214 / % possible all: 65.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.059→37.768 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 9.803 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	695	4.997 %
R_work	0.1687	13214	-
all	0.171	-	-
obs	-	13909	91.057 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.047 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.061 Å²	0 Å²	-0.092 Å²
2-	-	0.223 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.059→37.768 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2040	0	20	220	2280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	1.795	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.497	1.76	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.697	5	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.516	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.628	10	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.06	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.575	1.675	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.575	1.675	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.489	3.002	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.49	3.002	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.564	2.072	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.488	2.02	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.033	3.641	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.992	3.548	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.302	22.484	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.122	20.599	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.151	0.05	3693

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15136	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15136	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.059-2.112	0.217	32	0.218	655	0.218	1127	0.972	0.972	60.9583	0.19
2.112-2.17	0.229	42	0.194	740	0.196	1072	0.974	0.975	72.9478	0.168
2.17-2.233	0.326	33	0.2	804	0.204	1054	0.94	0.976	79.4118	0.171
2.233-2.301	0.211	48	0.2	851	0.2	1053	0.972	0.974	85.3751	0.179
2.301-2.376	0.248	52	0.188	834	0.191	1006	0.954	0.977	88.0716	0.166
2.376-2.459	0.295	42	0.178	841	0.183	970	0.948	0.98	91.0309	0.156
2.459-2.552	0.202	40	0.167	865	0.169	922	0.973	0.981	98.1562	0.149
2.552-2.656	0.216	37	0.158	852	0.161	896	0.971	0.983	99.2188	0.138
2.656-2.773	0.209	49	0.175	814	0.176	868	0.97	0.98	99.424	0.155
2.773-2.908	0.259	50	0.171	764	0.177	816	0.96	0.982	99.7549	0.158
2.908-3.064	0.279	43	0.169	748	0.174	795	0.947	0.983	99.4969	0.155
3.064-3.248	0.166	47	0.165	707	0.165	758	0.983	0.984	99.4723	0.154
3.248-3.471	0.204	43	0.145	658	0.148	705	0.972	0.99	99.4326	0.138
3.471-3.746	0.168	26	0.161	612	0.162	640	0.983	0.985	99.6875	0.155
3.746-4.1	0.199	23	0.148	582	0.15	606	0.973	0.985	99.835	0.142
4.1-4.577	0.151	18	0.138	526	0.139	545	0.989	0.989	99.8165	0.136
4.577-5.272	0.185	27	0.15	464	0.152	495	0.983	0.988	99.1919	0.15
5.272-6.426	0.166	13	0.193	403	0.192	417	0.992	0.981	99.7602	0.181
6.426-8.959	0.248	21	0.194	306	0.197	327	0.963	0.981	100	0.19
8.959-37.768	0.353	9	0.191	188	0.196	199	0.949	0.979	98.995	0.214

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.435	0.268	0.0171	1.4142	-0.5793	1.1195	-0.0123	0.0155	-0.0165	-0.0269	0.0093	0.0354	-0.0121	0.0125	0.0031	0.0027	-0.0013	0.0065	0.001	-0.0033	0.0397	-17.422	18.021	0.993
2	0.7177	-0.5325	-0.0446	1.4438	0.2703	0.3178	0.0176	0.0256	0.0211	-0.0126	-0.0313	-0.0289	-0.0023	-0.0047	0.0138	0.004	0.004	0.0138	0.0043	0.0136	0.0522	3.899	-0.015	21.686
3	10.6529	0.2443	-2.7252	8.6054	1.6525	1.0392	-0.1603	0.1517	0.0175	-0.1319	0.1173	0.2317	0.0165	-0.0161	0.043	0.0207	0.0024	-0.0237	0.0196	0.0115	0.0669	-7.629	9.525	12.475

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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