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- PDB-8v5p: Crystal Structure of the C-terminal domain of the VZV gE ectodoma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v5p
タイトルCrystal Structure of the C-terminal domain of the VZV gE ectodomain in complex with the Fab of human antibody 5A2
要素
  • 5A2 Fab Light Chain
  • 5A2 Fab heavy chain
  • Envelope glycoprotein E
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein E / varicella / zoster / herpes / virus / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell junction / host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein E, Fc-binding domain / Envelope glycoprotein E, N-terminal / Alphaherpesvirus glycoprotein E / Alphaherpesvirus glycoprotein E N-terminal / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.33 Å
データ登録者Harshbarger, W. / Malito, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Vaccines (Basel) / 年: 2024
タイトル: Structures of the Varicella Zoster Virus Glycoprotein E and Epitope Mapping of Vaccine-Elicited Antibodies.
著者: Harshbarger, W.D. / Holzapfel, G. / Seraj, N. / Tian, S. / Chesterman, C. / Fu, Z. / Pan, Y. / Harelson, C. / Peng, D. / Huang, Y. / Chandramouli, S. / Malito, E. / Bottomley, M.J. / Williams, J.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein E
H: 5A2 Fab heavy chain
L: 5A2 Fab Light Chain
D: Envelope glycoprotein E
E: 5A2 Fab heavy chain
Y: 5A2 Fab Light Chain
G: Envelope glycoprotein E
J: 5A2 Fab heavy chain
X: 5A2 Fab Light Chain
C: Envelope glycoprotein E
F: 5A2 Fab heavy chain
I: 5A2 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,09612
ポリマ－306,09612
非ポリマー00
水00
1
A: Envelope glycoprotein E
H: 5A2 Fab heavy chain
L: 5A2 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5243
ポリマ－76,5243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Envelope glycoprotein E
E: 5A2 Fab heavy chain
Y: 5A2 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5243
ポリマ－76,5243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Envelope glycoprotein E
J: 5A2 Fab heavy chain
X: 5A2 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5243
ポリマ－76,5243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Envelope glycoprotein E
F: 5A2 Fab heavy chain
I: 5A2 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5243
ポリマ－76,5243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)274.822, 274.822, 128.957
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_3ens_1chain "D"
d_4ens_1chain "G"
d_1ens_2chain "E"
d_2ens_2chain "F"
d_3ens_2chain "H"
d_4ens_2chain "J"
d_1ens_3chain "I"
d_2ens_3chain "L"
d_3ens_3chain "X"
d_4ens_3chain "Y"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1GLNGLNPHEPHEAA305 - 47935 - 209
d_2ens_1GLNGLNPHEPHECJ305 - 47935 - 209
d_3ens_1GLNGLNPHEPHEDD305 - 47935 - 209
d_4ens_1GLNGLNPHEPHEGG305 - 47935 - 209
d_1ens_2GLNGLNPROPROEE1 - 2181 - 221
d_2ens_2GLNGLNPROPROFK1 - 2181 - 221
d_3ens_2GLNGLNPROPROHB1 - 2181 - 221
d_4ens_2GLNGLNPROPROJH1 - 2181 - 221
d_1ens_3ASPASPTHRTHRIL1 - 2091 - 210
d_2ens_3ASPASPTHRTHRLC1 - 2101 - 210
d_3ens_3ASPASPTHRTHRXI1 - 2091 - 210
d_4ens_3ASPASPTHRTHRYF1 - 2091 - 210

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

-
要素

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein E


分子量: 28010.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
遺伝子: ORF68 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1B1JEP3
#2: 抗体
5A2 Fab heavy chain


分子量: 26039.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
5A2 Fab Light Chain


分子量: 22474.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, benzamidine hydrochloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.33→45.8 Å / Num. obs: 33380 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 46.58 Å2 / CC1/2: 0.94 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 4.33→4.485 Å / Num. unique obs: 3055 / CC1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SERGUIデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.33→45.8 Å / SU ML: 0.4624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0052
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 1999 6.04 %
Rwork0.2218 31103 -
obs0.2249 33102 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.33→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18372 0 0 0 18372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00318880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.802325808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04892924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00563288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7752576
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.76793725867
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.29283573572
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.55262650974
ens_2d_2EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.886146561368
ens_2d_3EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.04456574232
ens_2d_4EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.900348316374
ens_3d_2LIX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.97553639591
ens_3d_3LIX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.811371038583
ens_3d_4LIX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.926261671709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.33-4.440.32751250.25041953X-RAY DIFFRACTION89.07
4.44-4.560.28461410.2192193X-RAY DIFFRACTION99.74
4.56-4.690.26361410.20382199X-RAY DIFFRACTION99.91
4.69-4.840.25921420.1952201X-RAY DIFFRACTION99.7
4.84-5.010.23351420.19922213X-RAY DIFFRACTION99.92
5.01-5.210.2511420.19572219X-RAY DIFFRACTION99.96
5.22-5.450.23791420.20582208X-RAY DIFFRACTION99.96
5.45-5.740.26191440.21542238X-RAY DIFFRACTION99.96
5.74-6.10.29871440.23012248X-RAY DIFFRACTION99.96
6.1-6.570.30361440.24162228X-RAY DIFFRACTION100
6.57-7.230.30941460.25612268X-RAY DIFFRACTION99.92
7.23-8.270.30251450.23892255X-RAY DIFFRACTION100
8.27-10.390.2261470.20092290X-RAY DIFFRACTION99.71
10.39-45.80.2921540.25692390X-RAY DIFFRACTION98.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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