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万見
- PDB-8v5i: Crystal structure of MAP4K4 in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v5i
タイトルCrystal structure of MAP4K4 in complex with an inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase / Inhibitor / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / positive regulation of hippo signaling / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of JNK cascade / regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly ...positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / positive regulation of hippo signaling / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of JNK cascade / regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / neuron projection morphogenesis / MAPK cascade / Oxidative Stress Induced Senescence / microtubule binding / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / positive regulation of cell migration / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Greasley, S.E. / Diehl, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of Highly Selective Inhibitors of Microtubule-Associated Serine/Threonine Kinase-like (MASTL).
著者: Gallego, R.A. / Scales, S. / Toledo, C. / Auth, M. / Bernier, L. / Berry, M. / Brun, S. / Chung, L. / Davis, C. / Diehl, W. / Dress, K. / Eisele, K. / Elleraas, J. / Ewanicki, J. / Fobian, Y. ...著者: Gallego, R.A. / Scales, S. / Toledo, C. / Auth, M. / Bernier, L. / Berry, M. / Brun, S. / Chung, L. / Davis, C. / Diehl, W. / Dress, K. / Eisele, K. / Elleraas, J. / Ewanicki, J. / Fobian, Y. / Greasley, S. / Greenwald, E.C. / Johnson, T.W. / Khamphavong, P. / Lafontaine, J. / Li, J. / Linton, A. / Maestre, M. / Miller, N. / Murtaza, A. / Patman, R.L. / Quinlan, C.L. / Ramms, D.J. / Richardson, P. / Sach, N. / Salomon-Ferrer, R. / Silva, F. / Timofeevski, S. / Tran, P. / Tran-Dube, M. / Wang, F. / Wang, W. / Wythes, M. / Yang, S. / Zou, A. / VanArsdale, T. / McAlpine, I.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8793
ポリマ－73,5452
非ポリマー3341
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area27490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.270, 93.000, 99.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 / HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEK kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck- ...HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEK kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck-interacting kinase


分子量: 36772.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K4, HGK, KIAA0687, NIK / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: O95819, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1AAA / (3M)-N~6~-(1,4-dimethyl-1H-pyrazol-3-yl)-3-(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-2,7-naphthyridine-1,6-diamine


分子量: 334.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: mixing 1:1; protein (at 5.0 mg/mL) with reservoir containing 0.1M MES (pH 6.4) and 12% w/v PEG 8000. Compound was soaked into the apo crystals for 1 hr

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→67.87 Å / Num. obs: 22001 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.18→2.46 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 6174 / CC1/2: 0.695 / Rpim(I) all: 0.476 / % possible all: 74.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (29-NOV-2019)精密化
autoPROCデータスケーリング
autoPROCデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.18→67.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU R Cruickshank DPI: 0.758 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.701 / SU Rfree Blow DPI: 0.331 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.339
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2805 1038 4.72 %RANDOM
Rwork0.2487 ---
obs0.2503 22001 55.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 72.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7467 Å20 Å20 Å2
2--0.2402 Å20 Å2
3---1.5065 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→67.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4591 0 25 0 4616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084743HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16423HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1671SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes803HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4725HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion607SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3606SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.36 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1486 -3.17 %
Rwork0.2104 427 -
all0.2081 441 -
obs--5.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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