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- PDB-8v57: Complex of murine cathepsin K with bound cystatin C inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v57
タイトルComplex of murine cathepsin K with bound cystatin C inhibitor
要素
  • Cathepsin K
  • Cystatin-C
キーワードHYDROLASE / complex / inhibitor / protease / collagenase
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Trafficking and processing of endosomal TLR / contractile muscle fiber / cathepsin K / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of cartilage development ...RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Trafficking and processing of endosomal TLR / contractile muscle fiber / cathepsin K / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of cartilage development / peptidase inhibitor activity / MHC class II antigen presentation / thyroid hormone generation / proteoglycan binding / collagen catabolic process / fibronectin binding / basement membrane / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / bone resorption / collagen binding / multivesicular body / Neutrophil degranulation / cysteine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of DNA replication / cell projection / : / cellular response to oxidative stress / protease binding / vesicle / nuclear membrane / lysosome / apical plasma membrane / axon / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase ...Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cystatin-C / Cathepsin K
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Xu, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIC-ES102645 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)R01DE031273 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01AR070179 米国
引用ジャーナル: Matrix Biol. / 年: 2024
タイトル: Heparan sulfate selectively inhibits the collagenase activity of cathepsin K.
著者: Zhang, X. / Luo, Y. / Hao, H. / Krahn, J.M. / Su, G. / Dutcher, R. / Xu, Y. / Liu, J. / Pedersen, L.C. / Xu, D.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin K
B: Cathepsin K
C: Cystatin-C
D: Cystatin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,14518
ポリマ－74,1784
非ポリマー1,96814
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.930, 179.610, 73.352
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Space group name HallP2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Cathepsin K


分子量: 23662.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ctsk / プラスミド: pUNO1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 freestyle / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55097
#2: タンパク質 Cystatin-C


分子量: 13426.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cst3 / プラスミド: pET21b / 詳細 (発現宿主): coexpressed with pGro7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami-B / 参照: UniProt: P21460

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 25分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 5mg/ml CtsK+Cystatin C co-purified with 12mer GlcNS6S-GlcA-GlcNS3S6S-Ido2S-GlcNS6S-Ido2S-GlcNS6S-Ido2S-GlcNS6S-Ido2S-GlcNS6S-GlcA-pNP, sodium citrate, barium chloride, ammonium sulfate, PEG-4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 30916 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 72.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 1413 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.305 / Rrim(I) all: 0.83 / Rsym value: 0.77 / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→38.35 Å / SU ML: 0.4494 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.0333
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1502 4.99 %
Rwork0.2286 28617 -
obs0.23 30119 92.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4904 0 115 13 5032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00675111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72276936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.95671786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.840.50851100.45182207X-RAY DIFFRACTION79.76
2.84-2.940.3991230.34512313X-RAY DIFFRACTION82.41
2.94-3.060.37451360.30672631X-RAY DIFFRACTION95.18
3.06-3.20.35591440.27242677X-RAY DIFFRACTION95.37
3.2-3.370.30991400.26892671X-RAY DIFFRACTION96.83
3.37-3.580.30461420.29392695X-RAY DIFFRACTION95.81
3.58-3.850.25421420.21932679X-RAY DIFFRACTION95.4
3.85-4.240.24791420.19942687X-RAY DIFFRACTION95.06
4.24-4.850.1971370.17472618X-RAY DIFFRACTION92.29
4.85-6.110.21631290.20622458X-RAY DIFFRACTION85.49
6.11-38.350.22421570.20862981X-RAY DIFFRACTION98.46
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33549861752-0.9141149974260.627984989920.558284180379-0.4399279070120.0870359600757-0.19400738593-1.18343821957-1.664155269160.0186690403263-1.23685302713-1.992280877311.049042586971.15567499574-0.001064777747260.9511033405080.07829540512440.0833412764280.6870765136840.1638532271940.983044298058-10.3520746315-90.8565417567-4.52831890032
22.16148807332-1.05889915312-1.485883234451.90976370626-0.4074189098521.490195999510.112498637096-0.2943982755260.2769352837390.869978775792-0.4873475999760.32712756909-0.494731751424-0.105239131589-9.88110780672E-71.33361856265-0.144649048936-0.006053025464670.8359574942610.05489263278680.794629698082-38.8952737741-6.5868736497411.5970090199
31.85643656638-0.620186261583-0.2688184737630.936613635122-0.7842975208210.8600384505870.097724218695-0.1267381747960.6187676469020.547960564032-0.20635671241-0.812050782323-0.811252836033-0.03576895936-1.89584543822E-61.24790574189-0.0127668806988-0.05511698803010.7929383815950.03942533765120.787034274831-37.6480017664-4.550677009058.59295967007
40.0628035212815-0.0748664748429-0.07555617993750.03446389324240.05353081332060.03106954632330.6794803097580.934120675743-0.170298976543-0.700379324638-0.2754139559730.664486680469-0.614827430731-1.369842281912.24647431365E-52.72844122598-0.0857119672550.07809082538841.342371543730.03547734264461.25562061731-38.94816605436.0059491253427.8510880742
50.4967238751210.238753324167-1.253331111910.181463896898-0.1555123583160.4096441023370.3058937585050.2282627948460.4274911065150.811022116439-0.193584667921-0.588466462568-0.979812176383-0.05358517039681.05127920533E-71.7192208925-0.171394199464-0.2486301634150.912560916280.1239386828540.919315105407-34.6243672758-2.1615526623614.6394891651
61.12610111189-0.902393776533-1.14152813111.19950917618-0.0003975537964412.81364375586-0.249473386429-0.223034021394-1.079677304270.113072269782-0.371650959319-0.2676057944270.827635123526-0.2263646545962.17752159399E-60.902706571769-0.01151512096360.1016997143320.7618474289580.08361966760290.803738859423-41.2696699458-39.19642076133.1703577949
70.495818483037-0.332963941793-0.5535494780690.325041260829-0.09637163038810.467632099422-0.3209800059450.26061544866-0.553136373864-0.24647151708-0.148426853081-0.7037668249710.884420702607-0.03613658377751.67480969023E-60.7502582977650.08077638951360.08935906082450.6802576248150.1152318646570.846860616554-34.6866122415-38.5204209983-3.65071687387
80.229924888033-0.301169042430.00519080544590.4519442737030.1744479159120.480994480912-0.0196270223192-0.191519382514-0.433760725304-1.01199321389-0.904821162216-2.059867099460.110834631991.33621360526-0.07037380661760.4881113542780.2258687094530.1278016911560.7392151459650.2645091834881.03360005436-27.4296036405-35.0745895947-1.35037272919
90.1365574348680.2861943862-0.1057072690720.374116726597-0.1642284201690.07095009974320.09150593245060.735432649038-0.0100115080839-0.447751921443-0.198625569919-0.675773635374-0.5929484387620.853852626488-8.72370500335E-61.043445558240.06617058472560.1345071569420.8254552193910.2426081650271.04354376728-31.2421740123-21.7471270979-7.46185021237
101.3713584536-0.511595404732-1.141719134591.36263967816-0.1551952879090.933658512816-0.01654228103050.05008525871750.201358961471-0.431342389781-0.429444927911-1.1460531364-0.1713475612960.7921019426052.0848709423E-60.7298598777580.03710798620350.0982273190050.9098017613920.2023226476330.997309654352-24.9188388392-31.4540372982-4.75192370161
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 109 through 120 )CH109 - 120104 - 115
22chain 'D' and (resid 7 through 43 )DI7 - 431 - 37
33chain 'D' and (resid 44 through 70 )DI44 - 7038 - 64
44chain 'D' and (resid 71 through 80 )DI71 - 8065 - 74
55chain 'D' and (resid 81 through 120 )DI81 - 12075 - 114
66chain 'A' and (resid 0 through 24 )AA0 - 241 - 25
77chain 'A' and (resid 25 through 42 )AA25 - 4226 - 43
88chain 'A' and (resid 43 through 56 )AA43 - 5644 - 57
99chain 'A' and (resid 57 through 67 )AA57 - 6758 - 68
1010chain 'A' and (resid 68 through 102 )AA68 - 10269 - 103
1111chain 'A' and (resid 103 through 127 )AA103 - 127104 - 128
1212chain 'A' and (resid 128 through 215 )AA128 - 215129 - 216
1313chain 'B' and (resid 1 through 67 )BE1 - 671 - 67
1414chain 'B' and (resid 68 through 127 )BE68 - 12768 - 127
1515chain 'B' and (resid 128 through 215 )BE128 - 215128 - 215
1616chain 'C' and (resid 6 through 15 )CH6 - 151 - 10
1717chain 'C' and (resid 16 through 37 )CH16 - 3711 - 32
1818chain 'C' and (resid 38 through 50 )CH38 - 5033 - 45
1919chain 'C' and (resid 51 through 75 )CH51 - 7546 - 70
2020chain 'C' and (resid 76 through 93 )CH76 - 9371 - 88
2121chain 'C' and (resid 94 through 108 )CH94 - 10889 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る