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- PDB-8v52: Crystal structure of 2A10 Fab bound to Human TGF-beta3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v52
タイトルCrystal structure of 2A10 Fab bound to Human TGF-beta3
要素
  • 2A10 Fab Heavy Chain
  • 2A10 Fab Light chain
  • Transforming growth factor beta-3TGF-β
キーワードCYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / TGF beta (TGF-β) / 2A10 / complex / fab / CYTOKINE (サイトカイン) / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine wall breakdown / detection of hypoxia / frontal suture morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of tight junction disassembly / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / response to laminar fluid shear stress / type II transforming growth factor beta receptor binding ...uterine wall breakdown / detection of hypoxia / frontal suture morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of tight junction disassembly / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / response to laminar fluid shear stress / type II transforming growth factor beta receptor binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / mammary gland development / cell-cell junction organization / transforming growth factor beta binding / digestive tract development / face morphogenesis / 歯の発生 / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of filopodium assembly / lung alveolus development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / inner ear development / positive regulation of cell division / ECM proteoglycans / positive regulation of collagen biosynthetic process / salivary gland morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of stress fiber assembly / 横行小管 / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / response to progesterone / cytokine activity / female pregnancy / positive regulation of protein secretion / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / growth factor activity / response to estrogen / Platelet degranulation / regulation of cell population proliferation / collagen-containing extracellular matrix / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-3 / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-3 / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-3 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yin, J. / Lupardus, P.J.
資金援助1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD
引用ジャーナル: Med / 年: 2024
タイトル: Isoform-selective TGF-beta 3 inhibition for systemic sclerosis.
著者: Sun, T. / Vander Heiden, J.A. / Gao, X. / Yin, J. / Uttarwar, S. / Liang, W.C. / Jia, G. / Yadav, R. / Huang, Z. / Mitra, M. / Halpern, W. / Bender, H.S. / Brightbill, H.D. / Wu, Y. / ...著者: Sun, T. / Vander Heiden, J.A. / Gao, X. / Yin, J. / Uttarwar, S. / Liang, W.C. / Jia, G. / Yadav, R. / Huang, Z. / Mitra, M. / Halpern, W. / Bender, H.S. / Brightbill, H.D. / Wu, Y. / Lupardus, P. / Ramalingam, T. / Arron, J.R.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-3
B: Transforming growth factor beta-3
C: 2A10 Fab Light chain
D: 2A10 Fab Heavy Chain
E: 2A10 Fab Light chain
F: 2A10 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4346
ポリマ－121,4346
非ポリマー00
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.940, 47.200, 200.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-3 / TGF-β / TGF-beta-3


分子量: 12734.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB3
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P10600
#2: 抗体 2A10 Fab Light chain


分子量: 23881.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 2A10 Fab Heavy Chain


分子量: 24100.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25% PEG 1000, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.17 Å / Num. obs: 75332 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 3072 / CC1/2: 0.514

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→49.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU R Cruickshank DPI: 0.476 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.464 / SU Rfree Blow DPI: 0.285 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.291
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 2096 4.88 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 42938 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9995 Å20 Å2-7.316 Å2
2--3.8694 Å20 Å2
3---2.1301 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7869 0 0 161 8030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018072HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2211015HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2605SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1347HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8072HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1070SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8903SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3214 131 4.26 %
Rwork0.2394 2941 -
all0.2428 3072 -
obs--97.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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