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万見
- PDB-8v4v: Nan Regulatory Protein Full-length from Streptococcus pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v4v
タイトルNan Regulatory Protein Full-length from Streptococcus pneumoniae
要素Phosphosugar-binding transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Regulator / DNA-Binding / Ligand-bound / Isomerase-Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix protein RpiR / : / Helix-turn-helix domain, rpiR family / RpiR-type HTH domain profile. / RpiR-like, SIS domain / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BMX / Phosphosugar-binding transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Wood, D.M. / Dobson, R.C.J. / Horne, C.R.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandUOC1506 ニュージーランド
Ministry of Business, Innovation and Employment (New Zealand)UOCX1706 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of full-length nan-regulatory protein (NanR) from Streptococcus pneumoniae
著者: Wood, D.M. / Dobson, R.C.J. / Horne, C.R.
履歴
登録2023年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phosphosugar-binding transcriptional regulator
A: Phosphosugar-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9867
ポリマ－65,3022
非ポリマー6845
水00
1
B: Phosphosugar-binding transcriptional regulator
A: Phosphosugar-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子

B: Phosphosugar-binding transcriptional regulator
A: Phosphosugar-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,97114
ポリマ－130,6044
非ポリマー1,36810
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445-x-1/2,-y-1/2,z1
Buried area15380 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area38300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.873, 223.646, 52.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z

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要素

#1: タンパク質 Phosphosugar-binding transcriptional regulator


分子量: 32650.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ybbH_2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4M6CQT5
#2: 糖 ChemComp-BMX / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-6-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / N-acetyl-6-O-phosphono-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-ManpNAc6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 15.5 mg/mL protein + 0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2, 40% v/v PEG300 + 10 mM ligand (ManNac-6-P), cryoprotectant: 50:50 ethylene glycol/glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→47.7 Å / Num. obs: 15063 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 70.7 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.2461 / Net I/σ(I): 7.49
反射 シェル解像度: 2.95→3.056 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1478 / CC1/2: 0.355 / CC star: 0.724 / % possible all: 99.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC8.0.013精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20161205データ削減
Aimless8.0.013データスケーリング
MOLREP8.0.012位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 8TX9

8tx9


解像度: 2.95→47.7 Å / SU ML: 0.394 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.498
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3013 767 5.1 %
Rwork0.2515 14285 -
obs0.2539 15052 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3712 0 41 0 3753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00493819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67265161
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1167504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.180.35031950.34522759X-RAY DIFFRACTION99.9
3.18-3.50.32681370.31312835X-RAY DIFFRACTION100
3.5-40.3261440.25072833X-RAY DIFFRACTION99.9
4-5.040.25211580.22012841X-RAY DIFFRACTION99.97
5.04-47.10.30441330.2323017X-RAY DIFFRACTION99.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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