PDB-8v4p: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with Aden...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v4p

タイトル

Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with Adenosine-5'-allylphosphate from Candida albicans

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase 2

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Acetyl-coenzyme A synthetase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with Adenosine-5'-allylphosphate from Candida albicans
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2023年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v4p.cif.gz	722.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v4p.ent.gz	600 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v4p	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

C: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

ヘテロ分子

231 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.543, 138.543, 543.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 2 分子量: 75908.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: ACS2 / プラスミド: CaalA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NJN3

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非ポリマー , 5種, 387分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-WPO / 5'-O-{(S)-hydroxy[(prop-2-en-1-yl)oxy]phosphoryl}adenosine 分子量: 387.285 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₈N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Berkeley B12: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 200 mM Ammonium sulfate. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM Adenosine-5'-allylphosphate added to ...詳細: Berkeley B12: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 200 mM Ammonium sulfate. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM Adenosine-5'-allylphosphate added to the protein prior to crystallization. Plate: 13583 well B12 drop 2. Puck: PSL-1611, Cryo: 10% PEG 200 + 90% well.

結晶

マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.8 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Berkeley B12: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 200 mM Ammonium sulfate. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM Adenosine-5'-allylphosphate added to ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月8日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.51 Å / Num. obs: 137721 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.125 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 2787850
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.3 % / R_merge(I) obs: 2.881 / Num. measured all: 142098 / Num. unique obs: 6684 / CC_1/2: 0.812 / R_pim(I) all: 0.632 / R_rim(I) all: 2.95 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5162	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→49.51 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	6783	4.94 %
R_work	0.2114	-	-
obs	0.2127	137405	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14009	0	211	366	14586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14594
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.516	19908
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.939	5150
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3565	228	0.3262	4249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.35	0.3466	245	0.3069	4276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.38	0.3332	224	0.2925	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.41	0.3272	229	0.2776	4251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.44	0.3216	214	0.2721	4289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.2997	233	0.2707	4298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.51	0.2955	217	0.2673	4260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.55	0.2949	206	0.2665	4296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.59	0.3284	251	0.2767	4247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.63	0.3512	228	0.2956	4308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.3075	208	0.2991	4302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.73	0.3038	221	0.28	4315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.78	0.3043	217	0.2558	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.84	0.2939	230	0.2447	4310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.2823	232	0.242	4291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.97	0.2879	207	0.2474	4341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.04	0.3007	226	0.2542	4313	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.12	0.2997	219	0.2638	4330	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.21	0.3086	216	0.2768	4381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.32	0.2861	231	0.2488	4317	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.44	0.276	221	0.2321	4362	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.57	0.2281	234	0.2177	4352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.74	0.2306	220	0.2082	4379	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-3.93	0.2197	203	0.1968	4423	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.18	0.1722	253	0.1721	4370	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.5	0.1868	235	0.1579	4418	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-4.95	0.1653	218	0.1462	4478	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.67	0.1956	219	0.168	4484	X-RAY DIFFRACTION	100
5.67-7.14	0.2222	243	0.194	4564	X-RAY DIFFRACTION	100
7.14-49.51	0.2147	255	0.1945	4852	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2624	-1.3352	-0.9493	3.644	0.1322	2.2849	-0.0922	-0.0356	-0.0109	0.0882	0.2706	-0.3315	-0.1892	0.5065	-0.0901	0.501	-0.1668	0.0446	0.5699	-0.0736	0.5617	35.4969	32.478	-22.1729
2	1.3893	0.4262	0.4979	1.3471	0.611	2.5266	-0.0247	0.2471	-0.0372	-0.3334	0.1242	0.1017	0.0201	-0.2464	-0.0931	0.5667	-0.0501	-0.0094	0.5106	0.067	0.4729	2.1075	30.6104	-25.028
3	2.1268	-0.1277	-0.155	0.8619	0.3542	2.2111	0.0141	0.1655	0.0098	-0.3207	0.0714	0.1315	0.1037	-0.2858	-0.1024	0.637	-0.11	-0.0261	0.45	0.0824	0.437	3.2883	29.1781	-26.2709
4	1.5974	-0.3776	-0.6993	1.2219	0.1755	3.3337	-0.0444	0.3133	-0.0842	-0.4364	0.1397	-0.2036	0.3075	0.1618	-0.087	0.6567	-0.1199	0.0809	0.4505	-0.0412	0.4142	23.0567	23.3838	-32.8676
5	0.9593	-0.118	0.2552	1.51	0.2733	1.3614	-0.0585	0.0298	-0.1979	-0.1011	0.1769	0.0127	0.2433	0.0067	-0.1132	0.5639	-0.0028	0.0247	0.4261	0.0073	0.4407	19.6234	17.597	-10.0196
6	1.7078	-1.4322	0.9126	6.2594	-5.0717	5.0145	0.0374	0.2108	-0.1862	-0.6052	0.2991	0.4733	0.451	-0.0819	-0.3573	0.8633	-0.0594	-0.047	0.5069	-0.0414	0.5263	10.3696	-3.6377	-18.0583
7	1.0332	-1.1282	1.1439	3.6161	-4.6762	7.3634	-0.1189	0.1062	0.2109	-0.1795	-0.3727	-0.5699	-0.529	0.8634	0.4923	0.8052	-0.1147	0.001	0.5759	0.0141	0.6648	22.0286	-8.0653	-10.6708
8	1.625	-1.1025	-0.3912	1.4015	0.4799	1.2753	-0.0993	-0.4263	0.6452	0.2961	0.3356	-0.2172	-0.2131	0.0629	-0.2123	0.7666	0.1212	0.0621	0.5882	-0.0904	0.7619	0.4053	68.3287	25.361
9	0.7979	-0.3876	-0.2283	1.3245	0.3328	1.389	-0.1115	-0.1104	0.0644	0.166	0.1537	0.1551	0.0221	-0.1756	-0.043	0.4482	0.0649	0.0756	0.4471	0.0913	0.462	-6.3206	45.7602	15.3227
10	0.3902	-0.2045	0.1528	3.5647	2.9568	4.4572	-0.0596	0.0235	0.1298	0.1768	-0.1013	0.5847	0.0877	-0.4662	0.2265	0.4786	0.1382	0.0476	0.615	0.1144	0.6813	-22.3722	62.9085	15.4171
11	4.3314	-0.608	-1.498	2.9779	-3.009	5.0883	-0.7911	-0.0754	-1.1804	0.344	0.3841	0.1972	0.6986	-0.778	0.3766	1.1578	0.0345	0.1862	0.7861	0.0198	1.1495	-45.53	53.6797	18.3826
12	0.0158	0.0306	-0.1897	0.1853	-0.5667	1.8682	0.3288	0.5689	0.6242	-0.698	-0.032	0.2717	-0.8772	-0.5498	-0.1886	1.4877	0.2955	-0.0203	1.0412	0.4366	0.966	-13.8213	77.8508	-43.0828
13	1.9401	-0.1418	-0.6299	1.5462	0.5774	1.6032	0.0873	0.2907	0.1799	-0.3884	-0.2007	0.3607	-0.3295	-0.3972	0.1076	0.6496	0.1396	-0.1657	0.7129	0.1276	0.6678	-24.6878	54.5655	-18.5308
14	1.0042	0.3305	-0.0742	0.459	0.1179	1.0216	0.16	0.5173	0.4023	-0.6177	-0.0992	0.3377	-0.5164	-0.5712	-0.0496	1.2442	0.353	-0.1903	1.0279	0.2909	0.9422	-24.7201	68.4594	-35.6242
15	1.4778	0.0313	0.5061	3.507	-1.4924	3.0836	0.1223	0.6341	0.1523	-0.657	0.1236	0.5404	-0.1959	-0.1899	-0.3202	1.2028	0.1564	-0.2325	1.0301	0.1913	0.7059	-15.7271	54.5097	-45.0136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 65 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 249 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 250 through 339 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 340 through 468 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 469 through 584 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 585 through 645 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 646 through 684 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 21 through 65 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 66 through 498 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 499 through 560 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 561 through 681 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 21 through 65 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 66 through 283 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 284 through 498 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 499 through 548 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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