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- PDB-8v4o: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with AMP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v4o
タイトルCrystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with AMP from Candida albicans
要素Acetyl-coenzyme A synthetase 2
キーワードLIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Acetyl-coenzyme A synthetase 2
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Acetyl-coenzyme A synthetase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with AMP from Candida albicans
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P.
履歴
登録2023年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2
B: Acetyl-coenzyme A synthetase 2
C: Acetyl-coenzyme A synthetase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,83419
ポリマ-227,7253
非ポリマー2,10916
3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.463, 139.463, 544.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-coenzyme A synthetase 2


分子量: 75908.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: ACS2 / プラスミド: CaalA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NJN3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Berkeley B12: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 200 mM Ammonium sulfate. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM AMP added to the protein prior to ...詳細: Berkeley B12: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 200 mM Ammonium sulfate. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM AMP added to the protein prior to crystallization. Plate: 13581 well B12 drop 1. Puck: PSL-1602, Cryo: 10% PEG 200 + 90% well.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月8日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.68 Å / Num. obs: 87373 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 1732654
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 2.229 / Num. measured all: 83770 / Num. unique obs: 4413 / CC1/2: 0.747 / Rpim(I) all: 0.524 / Rrim(I) all: 2.29 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5162精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→49.68 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 4340 4.98 %
Rwork0.215 --
obs0.2162 87175 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13960 0 122 177 14259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54919714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5015072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.730.38881460.38722721X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.760.35361560.34092662X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.80.36141490.32762731X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.830.31261350.31332685X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.870.28461370.29862710X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.910.30881480.29342740X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.950.35721430.29142702X-RAY DIFFRACTION100
2.95-2.990.31851460.28892673X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.040.29531580.28392726X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.090.31611290.27852725X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.140.3281480.29672699X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.20.35461430.30152711X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.260.27081610.29072729X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.330.27681310.26852746X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.40.31531290.24762758X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.480.26641590.24872699X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.570.2781430.2292747X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.660.24671600.22082718X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.770.23971510.21722753X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.890.21781310.21692758X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.030.22761380.20312742X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.190.18751510.17882771X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.380.17611270.16522800X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.620.16551240.15762792X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.90.18691500.15562783X-RAY DIFFRACTION100
4.91-5.280.19551450.16962817X-RAY DIFFRACTION100
5.28-5.810.23371470.19172847X-RAY DIFFRACTION100
5.81-6.650.22881380.19322866X-RAY DIFFRACTION100
6.65-8.380.22511550.19292900X-RAY DIFFRACTION100
8.38-49.680.20321620.18783124X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0302-0.0862-0.64770.95610.21281.9226-0.07140.0254-0.0319-0.05390.3155-0.1492-0.21250.3402-0.22840.5314-0.08250.0470.5722-0.00770.656336.267832.5087-21.6033
21.06940.05790.10210.8780.23041.30220.01170.20980.087-0.15950.03160.03260.0263-0.2137-0.01890.4801-0.01730.01680.50830.10730.47855.906135.9733-24.1812
31.21050.71970.25981.1448-0.67632.60560.10380.031-0.16350.0115-0.13430.08310.5653-0.5053-0.01050.6778-0.1327-0.01670.78610.05280.6279-5.294717.4275-26.7101
41.39250.1168-0.26860.93120.23151.24650.01770.2938-0.0071-0.21280.08580.07450.0738-0.3084-0.10650.535-0.05140.00290.55430.08160.4668.35128.2093-29.5673
51.28970.17810.5760.82190.11651.3202-0.04220.3386-0.2485-0.31470.2571-0.2280.4620.146-0.16830.7196-0.05510.12270.60150.01730.566328.736919.2894-36.1736
60.6377-0.3851-0.07681.02780.00551.4443-0.1323-0.0474-0.11670.05090.1525-0.06630.10120.0696-0.03460.4893-0.00380.02460.44880.02760.464123.140425.14-10.3605
70.73260.26270.08030.9474-0.09260.6101-0.0069-0.0891-0.23020.05820.1109-0.010.196-0.0589-0.06140.6895-0.00160.0130.59790.04260.611818.72999.3615-15.3124
81.0399-0.9155-0.11471.9237-0.64981.1391-0.0020.1497-0.1466-0.26820.17030.23380.3905-0.1953-0.11590.8738-0.0972-0.08670.60820.04180.629310.7374-3.5794-18.1012
91.02970.00270.14451.4601-0.77622.407-0.18180.24840.0686-0.1656-0.2745-0.4421-0.64160.6440.360.8172-0.07610.00160.65980.05360.678722.3522-8.1201-10.7831
100.6676-0.1831-0.28821.09280.25961.2994-0.0362-0.03630.09630.07620.07560.05570.0059-0.1902-0.0350.40020.05550.07530.5120.12430.5059-6.3449.408215.9278
110.9204-0.321-0.09580.12760.130.4551-0.2514-0.0588-0.00290.03210.04460.32140.3492-0.34170.12950.86870.1540.16340.85870.09490.9091-32.299663.199922.0512
120.8719-0.82360.64081.7851-1.16652.2602-0.8204-0.033-1.0122-0.13630.521-0.07140.3168-0.48960.20721.0973-0.0510.33380.7910.00421.3892-45.945553.626317.3717
130.3845-0.17970.02260.1695-0.23440.82070.22410.52710.6731-0.6483-0.02240.0491-0.7166-0.6036-0.24931.22520.27570.10021.10560.40031.0528-12.90978.0197-43.0776
140.8999-0.1787-0.19160.96980.1510.49960.24920.39230.2515-0.3526-0.0461-0.0077-0.4175-0.2017-0.15970.74520.16840.06490.88850.28630.7691-11.227461.9819-23.4508
151.2760.0273-0.30110.78260.07510.97860.08310.2420.1112-0.1638-0.09630.2705-0.2231-0.5323-0.01820.55540.169-0.07051.01050.13320.8331-29.867751.3676-18.4412
161.0822-0.354-0.35370.7170.40390.73780.19290.29680.2641-0.1544-0.15270.1597-0.1541-0.5801-0.05370.60840.1825-0.0670.98810.19520.8155-25.455859.8251-22.0187
170.1853-0.0147-0.26030.82370.11990.86440.00930.47220.6377-0.31430.09220.3662-0.4312-0.836-0.06381.14040.56810.04921.34680.4881.3337-34.607177.3251-31.6547
180.99140.03610.34260.682-0.17180.30230.06860.40820.4937-0.60420.0120.5259-0.7279-0.4434-0.0781.23040.3904-0.05231.35830.45591.0425-20.031969.1835-45.2109
190.39460.0708-0.0421.2872-0.02260.94710.07860.60670.3014-0.46160.34060.4909-0.3619-0.4585-0.42960.97010.2151-0.13181.19220.28810.8402-15.043154.6486-45.0181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 65 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 198 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 199 through 249 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 250 through 387 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 388 through 437 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 438 through 531 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 532 through 584 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 585 through 645 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 646 through 684 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 21 through 532 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 533 through 587 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 588 through 681 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 21 through 65 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 66 through 136 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 137 through 249 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 250 through 370 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 371 through 411 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 412 through 498 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 499 through 548 )

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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