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- PDB-8v4b: NMR structure of a synthetic analogue of Ramoplanin A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v4b
タイトルNMR structure of a synthetic analogue of Ramoplanin A2
要素Ramoplanin A2 synthetic analogue
キーワードANTIBIOTIC / Antibiotic peptide / Synthetic peptide / Ramoplanin A2 / non ribosomal peptide / arylglycine / solid phase peptide synthesis
機能・相同性HEXANOIC ACID
機能・相同性情報
生物種Actinoplanes (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Swarbrick, J.D. / Marschall, E.A. / Cryle, M.J. / Tailhades, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2003325 オーストラリア
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Synthetic ramoplanin analogues are accessible by effective incorporation of arylglycines in solid-phase peptide synthesis.
著者: Marschall, E. / Cass, R.W. / Prasad, K.M. / Swarbrick, J.D. / McKay, A.I. / Payne, J.A.E. / Cryle, M.J. / Tailhades, J.
履歴
登録2023年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年4月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ramoplanin A2 synthetic analogue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1492
ポリマ－2,0331
非ポリマー1161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Ramoplanin A2 synthetic analogue


分子量: 2033.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Actinoplanes (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸


分子量: 116.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O2
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY 250-450ms
161isotropic12D 1H-1H NOESY 250-350ms
381isotropic12D 1H-1H NOESY 250-350ms
121isotropic12D 1H-1H TOCSY 70ms
271isotropic12D 1H-1H TOCSY 70ms
391isotropic12D 1H-1H TOCSY 70ms
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic12D 13C H2BC
151isotropic12D 13C HMBC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 4 mM Peptide, 10 mM D3 Acetate buffer, 80% H2O / 20% DMSO(D6)
詳細: 4mM peptide/sa/sample. Recorded at 15C, 25C, and 40C
Label: all temps / 溶媒系: 80% H2O / 20% DMSO(D6)
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
4 mMPeptidenatural abundance1
10 mMAcetate bufferD31
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
180% H2O / 20% DMSO(D6) / 10mM Acetate pH 4.510 mM40C4.51 atm313 K
280% H2O / 20% DMSO(D6) / 10mM Acetate pH 4.510 mM25C4.51 atm298 K
380% H2O / 20% DMSO(D6) / 10mM Acetate pH 4.510 mM15C4.51 atm288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001Z axis cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002Z axis cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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