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- PDB-8v3w: CryoEM Structure of Diffocin - precontracted - Baseplate - focuse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v3w
タイトルCryoEM Structure of Diffocin - precontracted - Baseplate - focused refinement on triplex region
要素
  • Hub-Hydrolase (CD1368)
  • Sheath (CD1363)
  • Sheath initiator (CD1370)
  • Spike (CD1369)
  • TRI-1 (CD1372)
  • TRI-2 (CD1371)
  • Tape measure protein (CD1366)
  • Tube (CD1364)
  • Tube tail (CD1367)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Phage tail-like / bacteriocin / baseplate / pre-contraction
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function, DUF2577 / Protein of unknown function (DUF2577) / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / Protein of unknown function DUF2634 / : / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / Protein of unknown function (DUF2634) / : / Phage tail tube protein / XkdM-like superfamily ...Protein of unknown function, DUF2577 / Protein of unknown function (DUF2577) / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / Protein of unknown function DUF2634 / : / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / Protein of unknown function (DUF2634) / : / Phage tail tube protein / XkdM-like superfamily / Phage tail tube protein / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF2577 family protein / Phage portal protein / XkdP-like protein / DUF2634 domain-containing protein / Base plate protein / Base plate protein / C40 family peptidase / Phage tail sheath protein / Phage-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cai, X.Y. / He, Y. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI085318 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Atomic structures of a bacteriocin targeting Gram-positive bacteria.
著者: Xiaoying Cai / Yao He / Iris Yu / Anthony Imani / Dean Scholl / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
要旨: Due to envelope differences between Gram-positive and Gram-negative bacteria, engineering precision bactericidal contractile nanomachines requires atomic-level understanding of their structures; ...Due to envelope differences between Gram-positive and Gram-negative bacteria, engineering precision bactericidal contractile nanomachines requires atomic-level understanding of their structures; however, only those killing Gram-negative bacteria are currently known. Here, we report the atomic structures of an engineered diffocin, a contractile syringe-like molecular machine that kills the Gram-positive bacterium Clostridioides difficile. Captured in one pre-contraction and two post-contraction states, each structure fashions six proteins in the bacteria-targeting baseplate, two proteins in the energy-storing trunk, and a collar linking the sheath with the membrane-penetrating tube. Compared to contractile machines targeting Gram-negative bacteria, major differences reside in the baseplate and contraction magnitude, consistent with target envelope differences. The multifunctional hub-hydrolase protein connects the tube and baseplate and is positioned to degrade peptidoglycan during penetration. The full-length tape measure protein forms a coiled-coil helix bundle homotrimer spanning the entire diffocin. Our study offers mechanical insights and principles for designing potent protein-based precision antibiotics.
履歴
登録2023年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TRI-2 (CD1371)
A: TRI-2 (CD1371)
N: TRI-1 (CD1372)
C: Spike (CD1369)
B: Tape measure protein (CD1366)
G: Tube tail (CD1367)
L: Sheath initiator (CD1370)
c: Sheath (CD1363)
a: Tube (CD1364)
I: Tube (CD1364)
D: Sheath (CD1363)
H: Hub-Hydrolase (CD1368)
S: Sheath (CD1363)
R: Tube (CD1364)
P: Tube (CD1364)
K: Sheath (CD1363)
J: TRI-2 (CD1371)
M: TRI-2 (CD1371)
Q: TRI-1 (CD1372)
v: TRI-2 (CD1371)
r: TRI-2 (CD1371)
4: TRI-1 (CD1372)
t: Spike (CD1369)
s: Tape measure protein (CD1366)
w: Tube tail (CD1367)
2: Sheath initiator (CD1370)
AA: Sheath (CD1363)
9: Tube (CD1364)
z: Tube (CD1364)
u: Sheath (CD1363)
x: Hub-Hydrolase (CD1368)
8: Sheath (CD1363)
7: Tube (CD1364)
5: Tube (CD1364)
1: Sheath (CD1363)
O: Sheath initiator (CD1370)
T: Tube tail (CD1367)
0: TRI-2 (CD1371)
3: TRI-2 (CD1371)
6: TRI-1 (CD1372)
Y: TRI-2 (CD1371)
U: TRI-2 (CD1371)
i: TRI-1 (CD1372)
W: Spike (CD1369)
V: Tape measure protein (CD1366)
y: Tube tail (CD1367)
Z: Tube tail (CD1367)
g: Sheath initiator (CD1370)
F: Sheath initiator (CD1370)
q: Sheath (CD1363)
p: Tube (CD1364)
d: Tube (CD1364)
X: Sheath (CD1363)
b: Hub-Hydrolase (CD1368)
n: Sheath (CD1363)
m: Tube (CD1364)
k: Tube (CD1364)
f: Sheath (CD1363)
j: Sheath initiator (CD1370)
o: Tube tail (CD1367)
e: TRI-2 (CD1371)
h: TRI-2 (CD1371)
l: TRI-1 (CD1372)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,995,97863
ポリマ－1,995,97863
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 9種, 63分子 EAJMvr03YUehNQ46ilCtWBsVGwTyZo...

#1: タンパク質
TRI-2 (CD1371)


分子量: 39603.281 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: rtbJ / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A1X9JZB1
#2: タンパク質
TRI-1 (CD1372)


分子量: 26473.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: rtbK / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A1X9JZH3
#3: タンパク質 Spike (CD1369)


分子量: 12626.413 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: BN1095_340096 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A031WFB8
#4: タンパク質 Tape measure protein (CD1366)


分子量: 89157.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: SAMEA3375112_00268 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A9Q9TVH0
#5: タンパク質
Tube tail (CD1367)


分子量: 16234.616 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: BN1095_340093 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A031WFY8
#6: タンパク質
Sheath initiator (CD1370)


分子量: 16549.959 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: BN1095_340097 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A069AE46
#7: タンパク質
Sheath (CD1363)


分子量: 39268.430 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: SAMEA3375112_00264 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A9Q7ZU73
#8: タンパク質
Tube (CD1364)


分子量: 16028.353 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: xkdM / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A031WFC4
#9: タンパク質 Hub-Hydrolase (CD1368)


分子量: 65426.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: rtbG / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A1X9K255

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Diffocin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116539 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008118659
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.687160068
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.29915648
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04518387
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00520349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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