PDB-8v3v: ACAD11 D753N with 4-phosphovaleryl-CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v3v

タイトル

ACAD11 D753N with 4-phosphovaleryl-CoA

要素

Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11

キーワード

OXIDOREDUCTASE / acyl-CoA dehydrogenases / Dihedral / mitochondrial

機能・相同性

機能・相同性情報

very-long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / mitochondrial membrane / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Zhang, J. / Bartlett, A. / Rashan, E. / Yuan, P. / Pagliarini, D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM131795	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01DK098672	米国
Other private

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: ACAD10 and ACAD11 enable mammalian 4-hydroxy acid lipid catabolism
著者: Bartlett, A. / Rashan, E. / Zhang, J. / Yuan, P. / Pagliarini, D.

履歴

登録	2023年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v3v.cif.gz	429.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v3v.ent.gz	272.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	42955MC 42954C 8v3uC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11

B: Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11

C: Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11

D: Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11

ヘテロ分子

352 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "C"
d_2	ens_1	chain "B"
d_3	ens_1	chain "A"
d_4	ens_1	chain "D"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	54 - 775	53 - 774
d_1	2	FAD	FAD	FAD	FAD	C	G	801
d_2	1	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	54 - 775	53 - 774
d_2	2	FAD	FAD	FAD	FAD	B	F	801
d_3	1	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	54 - 775	53 - 774
d_3	2	FAD	FAD	FAD	FAD	A	E	801
d_4	1	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	54 - 775	53 - 774
d_4	2	FAD	FAD	FAD	FAD	D	H	801

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-1), (-1), (1)	330, 330
2	given	(-1), (1), (-1)	330, -2.84217094304E-14, 330
3	given	(1), (-1), (-1)	330, 330

#1: タンパク質	Acyl-Coenzyme A dehydrogenase family, member 11 分子量: 87332.211 Da / 分子数: 4 / 変異: D753N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Acad11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R4J0I6
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: ACAD11 D753N with FAD and 4-phosphovaleryl-CoA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4 詳細: 50mM HEPES, 50mM NaCl, 2% glycerol, 50uM FAD, 100uM 4-phosphovaleryl-CoA
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 54.06 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 2965

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
7	Coot	0.9.8	モデルフィッティング
19	PHENIX	1.20.1	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1294186

対称性

点対称性: D₂ (2回x2回 2面回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 297619 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT

原子モデル構築

Accession code: AF-Q80XL6-F1 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.51 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0019	14680
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.4264	20140
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0385	2544
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0024	2548
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.0068	2288

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	C	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	5.87321359596E-13
ens_1	d_3	C	C	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	2.25479479974E-13
ens_1	d_4	C	C	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	6.05560634446E-13

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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