PDB-8v3a: Crystal structure of KRAS-G12C (GDP-bound) in complex with BBO-8520

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v3a

タイトル

Crystal structure of KRAS-G12C (GDP-bound) in complex with BBO-8520

要素

GTPase KRas

キーワード

ONCOPROTEIN/INHIBITOR / KRAS / RAS / K-ras / KRAS4b / inhibitor / BBO8520 / BBO-8520 / BBO / TheRas / BridgeBio / oncoprotein / ONCOPROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / positive regulation of glial cell proliferation / FRS-mediated FGFR1 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / G protein activity / actin cytoskeleton organization / Ca2+ pathway / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / Ras protein signal transduction / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Chan, A.H. / Bratcher, D.R. / Simanshu, D.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2025
タイトル: Discovery of BBO-8520, a First-In-Class Direct and Covalent Dual Inhibitor of GTP-Bound (ON) and GDP-Bound (OFF) KRASG12C.
著者: Maciag, A.E. / Stice, J.P. / Wang, B. / Sharma, A.K. / Chan, A.H. / Lin, K. / Singh, D. / Dyba, M. / Yang, Y. / Setoodeh, S. / Smith, B.P. / Ju, J.H. / Jeknic, S. / Rabara, D. / Zhang, Z. / ...

履歴

登録	2023年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8v3a.ent.gz	127.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v3a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リンク

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#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (47)
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RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (47)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (6)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPase KRas

B: GTPase KRas

ヘテロ分子

41.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: GTPase KRas

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GTPase KRas

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.680, 101.770, 118.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-388- HOH
2	1	B-459- HOH

#1: タンパク質	GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19358.836 Da / 分子数: 2 / 変異: G12C C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-Y8N / BBO-8520 (bound form) / (4P)-2-amino-4-{4-[(2S,5R)-2,5-dimethyl-4-propanoylpiperazin-1-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}-6-(trifluoromethyl)quinazolin-7-yl}-7-fluoro-1-benzothiophene-3-carbonitrile 分子量: 731.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₃₅F₆N₇O₂S / 詳細: Reacted form present. / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Na3 citrate pH 5.5, 20% PEG 4000, 10% isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97911 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→41.65 Å / Num. obs: 49656 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 15.29

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.67-1.71	0.996	3676	0.629	1.157	1
1.71-1.76	0.716	3586	0.781	0.831	1
1.76-1.81	0.536	3488	0.879	0.621	1
1.81-1.87	0.37	3400	0.937	0.43	1
1.87-1.93	0.252	3279	0.966	0.293	1
1.93-2	0.188	3201	0.978	0.219	1
2-2.07	0.145	3042	0.983	0.169	1
2.07-2.16	0.112	2952	0.99	0.131	1
2.16-2.25	0.082	2816	0.994	0.097	1
2.25-2.36	0.07	2675	0.995	0.083	1
2.36-2.49	0.063	2572	0.996	0.074	1
2.49-2.64	0.054	2438	0.997	0.063	1
2.64-2.82	0.047	2267	0.997	0.054	1
2.82-3.05	0.04	2117	0.998	0.047	1
3.05-3.34	0.033	1937	0.998	0.039	1
3.34-3.73	0.029	1759	0.998	0.034	1
3.73-4.31	0.024	1525	0.999	0.028	1
4.31-5.28	0.022	1310	0.999	0.026	1
5.28-7.47	0.023	1025	0.999	0.026	1
7.47-41.65	0.021	591	0.999	0.024	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→41.65 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	4965	10 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.1594	49640	98.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→41.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2683	0	160	329	3172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2944
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.962	4023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.402	1165
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	443
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.69	0.3597	165	0.3711	1484	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.71	0.3963	166	0.3491	1496	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.73	0.3379	165	0.3151	1487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.75	0.3214	168	0.2778	1502	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.77	0.2531	164	0.2536	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2316	168	0.2178	1509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.82	0.2393	165	0.2049	1491	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.85	0.2062	162	0.1818	1460	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-1.88	0.204	168	0.1858	1506	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-1.91	0.2019	166	0.1716	1499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2027	167	0.1761	1498	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-1.98	0.2161	165	0.1836	1491	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.02	0.2353	165	0.1869	1481	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.06	0.2088	165	0.1589	1495	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.1	0.179	167	0.1473	1498	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1-2.15	0.184	167	0.15	1503	X-RAY DIFFRACTION	99
2.15-2.21	0.1787	165	0.1437	1477	X-RAY DIFFRACTION	98
2.21-2.27	0.2037	164	0.1501	1477	X-RAY DIFFRACTION	98
2.27-2.33	0.1885	165	0.148	1488	X-RAY DIFFRACTION	98
2.33-2.41	0.1963	164	0.1549	1479	X-RAY DIFFRACTION	99
2.41-2.49	0.1815	166	0.156	1489	X-RAY DIFFRACTION	98
2.49-2.59	0.1894	167	0.155	1507	X-RAY DIFFRACTION	98
2.59-2.71	0.1904	165	0.1583	1478	X-RAY DIFFRACTION	97
2.71-2.86	0.1899	164	0.1532	1486	X-RAY DIFFRACTION	97
2.86-3.03	0.1774	165	0.1469	1482	X-RAY DIFFRACTION	97
3.03-3.27	0.1348	165	0.1433	1485	X-RAY DIFFRACTION	97
3.27-3.6	0.1824	163	0.1444	1467	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6-4.12	0.1555	163	0.1265	1469	X-RAY DIFFRACTION	95
4.12-5.18	0.1452	165	0.1233	1479	X-RAY DIFFRACTION	95
5.19-41.65	0.1952	171	0.1619	1538	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0324	-0.0704	0.0596	0.0819	-0.0655	0.0401	0.0694	0.1926	-0.2891	-0.2454	0.1323	-0.0814	-0.0925	0.0789	-0.0001	0.2533	-0.017	-0.0396	0.2614	-0.0303	0.2514	-22.0836	-10.2335	-45.267
2	0.1392	0.0088	-0.1113	0.2338	0.1235	-0.0001	-0.0107	-0.0956	0.0031	0.0986	0.0082	-0.1105	-0.0187	0.0296	0	0.2333	-0.0083	-0.0145	0.236	0.0127	0.2213	-10.7986	-9.7197	-32.0423
3	0.1345	-0.1277	0.0161	0.1445	-0.0752	-0.0356	-0.0619	0.1275	-0.2496	-0.0522	0.0771	-0.0895	0.0509	-0.0643	0	0.2249	-0.0346	-0.0167	0.2535	0.0072	0.3115	-20.9786	-15.5657	-42.5432
4	0.0789	0.0417	-0.037	0.0442	-0.0508	0.0247	0.0038	0.0534	-0.1809	-0.144	0.005	-0.262	0.0301	0.0146	-0	0.2588	0.0003	0.0119	0.2238	-0.0019	0.2012	-11.7322	2.5405	-47.0394
5	0.0936	0.0388	-0.0432	0.1404	-0.1206	0.0698	0.2062	0.0749	-0.1142	-0.0176	0.1173	0.0842	0.0075	-0.0612	-0.0002	0.2413	0.0047	-0.0002	0.245	-0.0028	0.2405	-20.4656	-0.7941	-33.3629
6	-0.0253	0.005	0.0088	0.1828	-0.0076	0.0562	0.0316	0.0187	0.1189	0.0534	0.0125	0.2307	-0.0729	-0.2362	-0	0.2482	0.0002	0.0072	0.2612	-0.0176	0.2907	-20.6771	7.6848	-37.7813
7	0.1282	0.0012	-0.0903	0.0576	0.0066	0.0504	0.0636	-0.0017	0.0071	0.0821	0.0711	0.3607	-0.2994	-0.0432	0.0004	0.2507	0.0008	-0.0187	0.264	-0.0026	0.3383	-26.6722	1.456	-39.6554
8	-0.0074	-0.0025	-0.0019	0.0184	0.011	0.0506	0.1537	-0.4129	0.1459	0.3773	-0.0715	-0.1014	-0.1801	-0.3084	-0.0005	0.3866	-0.0466	0.0451	0.3838	-0.0432	0.2269	-20.4157	-1.3137	-19.0663
9	0.0238	-0.0188	0.0211	0.0219	0.014	0.0589	0.1239	-0.404	0.321	0.6627	0.0613	0.3722	-0.0302	-0.3441	-0.0002	0.3477	-0.0124	0.0916	0.3513	-0.0109	0.5017	-30.8491	5.7404	-28.1214
10	0.1535	0.0992	-0.1136	0.0989	-0.0299	0.1098	0.0503	0.0044	0.0565	0.2981	-0.0825	0.2648	-0.0423	0.0121	0.0001	0.2589	-0.0127	0.0202	0.2419	0.0126	0.2802	-24.3706	-7.4898	-27.6576
11	0.0411	0.0777	-0.0396	0.1436	0.0326	0.1686	0.0412	-0.0606	-0.1539	0.0561	0.1012	0.2148	-0.0793	-0.2584	0.0004	0.2305	0.0057	-0.0027	0.2728	-0.0006	0.2922	-30.0186	-9.3245	-39.9581
12	0.4148	0.1805	0.2522	0.1806	-0.1005	0.2757	0.081	-0.0923	0.1134	0.1908	-0.0852	0.2052	-0.0313	0.0199	-0.0001	0.2543	-0.0354	0.0314	0.2132	-0.0244	0.2217	-27.8005	-22.7617	-14.3183
13	0.1125	-0.0185	0.074	0.0695	0.0324	0.1287	0.0582	-0.0766	0.1167	0.0199	-0.0283	-0.2525	-0.0273	0.1223	0.0002	0.274	-0.0264	-0.0044	0.2551	-0.0077	0.3302	-18.7125	-30.7105	-15.2435
14	0.5963	0.0352	-0.1125	0.2291	-0.0314	0.0835	-0.0256	-0.2969	0.2325	0.4911	0.0198	-0.0904	-0.314	0.1818	0.0428	0.4032	-0.0578	0.0203	0.2382	-0.0643	0.334	-27.9059	-15.3489	-11.1277
15	0.5776	0.4493	-0.0088	0.7446	0.1666	0.1987	0.2404	-0.3966	-0.1324	0.3351	-0.1763	-0.1309	-0.0217	-0.0241	0.0347	0.2684	-0.0763	0.0311	0.2963	-0.0175	0.1405	-36.6977	-33.6769	-5.994
16	0.5691	0.5306	0.0345	0.4862	-0.1548	0.2712	0.0774	0.0618	0.1014	-0.0141	-0.019	0.1068	-0.0134	-0.054	-0	0.2113	-0.0065	0.0201	0.2213	-0.0105	0.2083	-38.8434	-30.1328	-19.7
17	0.0441	0.0218	0.0061	0.0697	0.0201	0.0067	0.0099	0.6339	0.0073	-0.3419	0.0707	-0.0562	0.0377	0.2111	0.0002	0.2927	-0.0009	0.033	0.3308	-0.0347	0.2184	-26.5763	-31.6042	-33.7651
18	0.0802	0.0257	-0.0301	0.0711	0.0199	0.051	0.0898	0.4814	0.0023	-0.0938	-0.0199	0.3122	0.0202	-0.2869	-0.0004	0.2751	0.012	-0.0307	0.3034	0.0373	0.2539	-41.5777	-27.2964	-31.3524
19	0.0546	0.0198	-0.0576	0.1025	-0.061	-0.004	-0.0321	0.4783	0.229	-0.0904	0.0643	0.0029	-0.1554	0.071	0.0001	0.2558	-0.0043	0.0234	0.2726	0.0177	0.2824	-28.0477	-22.4222	-27.2258
20	0.0688	0.0477	0.0046	0.1932	-0.1122	0.1878	0.2255	0.1306	0.6873	0.1812	0.0515	0.0341	-0.2296	0.0023	-0.0002	0.307	0.0051	0.0812	0.2205	0.0112	0.3653	-35.8481	-15.0073	-18.3727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 57 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 87 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 105 through 116 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 117 through 126 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 127 through 137 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 138 through 151 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 152 through 168 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 0 through 25 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 26 through 37 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 38 through 57 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 58 through 74 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 75 through 116 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 117 through 126 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 127 through 137 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 138 through 151 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 152 through 168 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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