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万見
- PDB-8v2z: Cryo-EM Structure of Smooth Muscle Gamma Actin (ACTG2) Mutant R257C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v2z
タイトルCryo-EM Structure of Smooth Muscle Gamma Actin (ACTG2) Mutant R257C
要素Actin, gamma-enteric smooth muscleアクチン
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Filament / Actin (アクチン) / Smooth Muscle (平滑筋) / CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin filament / mesenchyme migration / Smooth Muscle Contraction / filopodium / cell periphery / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lamellipodium / cell body / blood microparticle / 細胞骨格 ...myosin filament / mesenchyme migration / Smooth Muscle Contraction / filopodium / cell periphery / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lamellipodium / cell body / blood microparticle / 細胞骨格 / hydrolase activity / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin, gamma-enteric smooth muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Palmer, N.J. / Carman, P.J. / Ceron, R.H. / Dominguez, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Smooth Muscle Gamma Actin (ACTG2) Filament Mutant R257C
著者: Ceron, R.H. / Baez-Cruz, F.A. / Palmer, N.J. / Carman, P.J. / Boczkowska, M. / Heuckeroth, R.O. / Ostap, E.M. / Dominguez, R.
履歴
登録2023年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, gamma-enteric smooth muscle
B: Actin, gamma-enteric smooth muscle
C: Actin, gamma-enteric smooth muscle
D: Actin, gamma-enteric smooth muscle
E: Actin, gamma-enteric smooth muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,66615
ポリマ－209,4095
非ポリマー2,25810
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Actin, gamma-enteric smooth muscle / アクチン / Alpha-actin-3 / Gamma-2-actin / Smooth muscle gamma-actin


分子量: 41881.762 Da / 分子数: 5 / 変異: R257C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Smooth Muscle平滑筋 / 遺伝子: ACTG2, ACTA3, ACTL3, ACTSG / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P63267, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: ACTG2 R257C Filament / タイプ: COMPLEX / 詳細: ACTG2 filaments, purified from Expi293 cells / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Smooth
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293
緩衝液pH: 8 / 詳細: Actin F-buffer
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
15 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
2100 mMPotassium ChlorideKCl1
30.2 mMCalcium ChlorideCaCl21
41 mMEGTAC14H24N2O101
51 mMMagnesium ChlorideMgCl21
60.2 mMATPアデノシン三リン酸C10H15N5O10P21
試料濃度: 0.168 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: ACTG2 F-actin in the ADP state. R257C mutation
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot Force: 0 Blot Time: 2.5 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1021

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4粒子像選択Filament tracer job
2EPU画像取得
4cryoSPARC4CTF補正CTF correction job
7Coot0.9.8.3モデルフィッティング
12cryoSPARC4３次元再構成Helix Refinement
13PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -166.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.5 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 473627 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8F8P

8f8p


Accession code: 8F8P / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00414960
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74920310
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.3682085
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0522250
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0082600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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