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万見
- PDB-8v2y: Room temperature X-ray Crystal Structure of FMN-bound long-chain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v2y
タイトルRoom temperature X-ray Crystal Structure of FMN-bound long-chain flavodoxin from Rhodopseudomonas palustris
要素Flavodoxin
キーワードFLAVOPROTEIN / FMN-bound long chain Flavodoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, long chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Ansari, A. / Khan, S.A. / Miller, A.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0021283 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure, dynamics, and redox reactivity of an all-purpose flavodoxin.
著者: Khan, S. / Ansari, A. / Brachi, M. / Das, D. / El Housseini, W. / Minteer, S. / Miller, A.F.
履歴
登録2023年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin
B: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6824
ポリマ－35,7702
非ポリマー9132
水1,54986
1
A: Flavodoxin
ヘテロ分子

B: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6824
ポリマ－35,7702
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.692, 58.878, 60.898
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid -6 through 19 or (resid 20...
d_2ens_1(chain "B" and (resid -6 through 33 or (resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALATYRTYRAA-6 - 531 - 60
d_12ASPASPGLYGLYAA57 - 8564 - 92
d_13THRTHRTYRTYRAA88 - 9095 - 97
d_14PHEPHEGLYGLYAA94 - 120101 - 127
d_15LYSLYSALAALAAA127 - 128134 - 135
d_16ASPASPTHRTHRAA131 - 160138 - 167
d_17FMNFMNFMNFMNAC201
d_21ALAALATHRTHRBB-6 - 1601 - 167
d_22FMNFMNFMNFMNBD201

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.995035782273, 0.0075197324557, -0.0992332888701), (0.0366232366679, 0.954833993936, -0.294874180896), (0.0925339425948, -0.297044605484, -0.950369387039)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.995035782273, 0.0075197324557, -0.0992332888701), (0.0366232366679, 0.954833993936, -0.294874180896), (0.0925339425948, -0.297044605484, -0.950369387039)
ベクター: 0.642816501744, -4.02474641622, -30.0266723298)

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要素

#1: タンパク質 Flavodoxin


分子量: 17884.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
遺伝子: RPA2117 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N7Y7
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.3-0.6M magnesium formate, 15-20% polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→28.27 Å / Num. obs: 7368 / % possible obs: 97.83 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47.92 Å2 / CC1/2: 0.922 / Rmerge(I) obs: 0.1291 / Rrim(I) all: 0.1528 / Net I/σ(I): 9.11
反射 シェル解像度: 2.86→3.08 Å / Num. unique obs: 1366 / CC1/2: 0.842

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→28.27 Å / SU ML: 0.3659 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.1821
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 737 10.02 %
Rwork0.2193 6619 -
obs0.2249 7356 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2314 0 62 87 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00572409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78463269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0549380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0751840
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.735412693386 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.86-3.080.36131370.29191229X-RAY DIFFRACTION91.07
3.08-3.380.35181490.25131345X-RAY DIFFRACTION99.87
3.39-3.870.26851490.22261335X-RAY DIFFRACTION99.73
3.87-4.870.23161490.18031339X-RAY DIFFRACTION99.87
4.88-28.270.25841530.21451371X-RAY DIFFRACTION98.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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