PDB-8v2e: Crystal structure of B055 scaffold boost immunogen in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v2e

タイトル

Crystal structure of B055 scaffold boost immunogen in complex with a mature 10E8 Fab

要素

10E8 EPITOPE SCAFFOLD B055
Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN
Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / epitope-scaffold / boost immunogen / antigen-antibody complex

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Cho, S.Y. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2024
タイトル: Vaccination induces broadly neutralizing antibody precursors to HIV gp41.
著者: Torben Schiffner / Ivy Phung / Rashmi Ray / Adriana Irimia / Ming Tian / Olivia Swanson / Jeong Hyun Lee / Chang-Chun D Lee / Ester Marina-Zárate / So Yeon Cho / Jiachen Huang / Gabriel ...
要旨: A key barrier to the development of vaccines that induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against human immunodeficiency virus (HIV) and other viruses of high antigenic diversity is the design ...

履歴

登録	2023年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v2e.cif.gz	498.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v2e.ent.gz	361.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8v2e_validation.pdf.gz	923.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v2e_full_validation.pdf.gz	938 KB	表示
XML形式データ	8v2e_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	8v2e_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	40825C 8sx3C 8tznC 8tzwC 8u03C 8u08C C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN

B: Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

C: 10E8 EPITOPE SCAFFOLD B055

D: Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN

E: Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

F: 10E8 EPITOPE SCAFFOLD B055

ヘテロ分子

140 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN

B: Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

C: 10E8 EPITOPE SCAFFOLD B055

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.1 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN

E: Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

F: 10E8 EPITOPE SCAFFOLD B055

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.1 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.032, 84.941, 205.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体

Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN

分子量: 25203.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN

分子量: 22989.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: タンパク質

10E8 EPITOPE SCAFFOLD B055

分子量: 21636.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月16日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→50 Å / Num. obs: 41203 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 63.8 Å² / CC_1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 2.62→2.68 Å / Num. unique obs: 2057 / CC_1/2: 0.502

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	v1.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.62→44.03 Å / SU ML: 0.4384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.8568
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2763	2101	5.07 %
R_work	0.2282	39312	-
obs	0.2306	39313	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→44.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8227	0	28	44	8299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	8480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8859	11625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0524	1318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	1508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.21	2772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.62-2.69	0.4598	137	0.4165	2450	X-RAY DIFFRACTION	94.21
2.69-2.75	0.457	134	0.3646	2568	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.75-2.83	0.3602	128	0.3169	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.83-2.91	0.3704	129	0.28	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.91-3	0.334	135	0.2788	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3-3.11	0.2903	128	0.2727	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.11-3.24	0.3223	152	0.2965	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.24-3.38	0.3426	141	0.2526	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.38-3.56	0.2687	141	0.2229	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.56-3.78	0.2482	145	0.2218	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.78-4.08	0.2477	144	0.2165	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.08-4.49	0.2566	151	0.1838	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.49-5.13	0.2491	172	0.1771	2608	X-RAY DIFFRACTION	98.76
5.13-6.46	0.2365	146	0.2172	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.76
6.47-44.03	0.2545	118	0.2116	2843	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.67303458062	0.452348132509	-1.00744528038	3.707866043	0.90026417646	6.13149305465	-0.289276967394	0.201581271832	-0.209879086864	-0.0926839894528	0.459228349005	0.159606916082	0.430906875583	-0.829329074769	-0.150874167268	0.454946374406	-0.167773843273	0.0640221515098	0.561837688668	0.0909461921308	0.462438888742	-26.3373353256	-14.3392889797	35.1202275328
2	9.5029901736	4.56167608178	5.00414850384	7.88607116728	1.48205933216	8.85526260372	-0.0574147502729	-0.591121296607	-0.115035151906	-0.0293748753156	-0.143153201452	-0.813158160612	0.475111587322	0.244638527046	0.162218846112	0.481891459698	-0.0489221365361	0.0193505470925	0.80005418413	-0.0462570021799	0.763035692273	-14.7158400748	-26.3122701951	3.99649528719
3	6.55081635044	3.68583657678	-1.11332090662	3.01299394564	-0.229938089421	0.358095001546	0.714957163972	-0.863936691446	-1.5576765482	0.243799787266	-0.605020051946	-0.87481716193	0.352687186689	1.87868684202	0.366449588854	0.498645677651	0.123227827164	0.0071610806964	1.29046459832	0.0712111146856	1.11843541897	-9.52077858364	-34.0192341998	0.260189506271
4	1.63655055727	0.925602238327	-1.3360830708	2.25387844824	-1.06238024296	8.16404610447	0.0204117424001	0.262827952315	0.209852883822	0.220472241548	0.296460113567	-0.0513021832979	-0.491607049716	-0.199807140754	-0.301349160061	0.339750878645	-0.0369312034598	0.0676399527513	0.492853727894	0.0329351223497	0.524252130007	-14.964548859	0.468818107672	25.6112204045
5	6.68929113393	4.17476495087	1.29823174026	5.94540653801	3.27592818225	8.28821223682	-0.797803341479	0.7086601059	0.584482140908	-1.85004979201	0.233873132233	0.800848738255	-1.23438057616	-0.299801616397	0.427967439962	0.713895913116	-0.0193572898105	-0.158576481799	0.774177481721	-0.120638441847	0.721993285656	-17.0409208992	-14.8963471245	-3.56136304582
6	6.30696999812	6.26236727905	-1.80511729419	9.41595349015	-1.2632893222	7.73115090743	1.66280315113	-2.37406095533	-0.41417553819	1.62366204771	-1.53699548071	-0.0791667094639	-0.597710654731	0.119938349094	-0.136875511953	1.39367532697	-0.160331696112	-0.0437223495313	0.828764376374	-0.143442534434	0.674652500935	-19.1974509458	1.00857741576	70.9552161397
7	8.61302756965	7.74878315758	-2.30350332767	9.51688024358	-1.18338796332	5.47032645768	0.610999404882	0.192623547632	-1.25736301279	1.20101923196	-0.380783138411	-1.51655737621	-0.650646318486	0.438935932628	-0.330381054346	1.10402598437	0.102000776776	-0.0241986077515	0.630929036778	-0.0182778164593	0.733834658685	-19.7535824623	-5.4317809384	63.9482304402
8	4.82353942089	2.32548459415	0.682876995573	4.31346497036	-3.64857510951	5.38417160548	-0.0633556287546	0.00908681301521	0.569828441825	-1.4410235326	0.350479908882	-1.15068690932	-2.12908050063	0.0743678686467	-0.349711649742	1.5111727378	-0.0410428869018	0.24577858818	0.570231535315	-0.0601437700426	0.784390479006	-15.6067716294	12.1263115289	57.7477786575
9	7.13988749076	4.76326468325	0.53190156781	8.60605447508	-1.69488958736	2.81819799329	-0.356473938544	0.0399600540852	-0.241276561685	0.484886510711	0.29326583071	-0.0390736536721	-0.205563591827	-0.235279562302	0.0302961098873	0.898070336526	0.204270154728	0.0776195782454	0.591598279759	-0.00735187952192	0.546104467694	-24.7066024266	0.0472127107028	61.9479078101
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33	4.63612014022	4.90493078729	2.02691327627	6.0830011019	0.918072744034	4.98161605503	-0.0799950753544	0.391349452768	0.361193985227	0.254914509763	0.124833434876	0.674083762187	1.07293418861	-0.232987209918	0.0628793258631	1.08130183367	0.19166614562	0.152482478658	0.565063568972	0.0128869027102	0.712742748422	-58.5039545032	-2.58855765566	60.0004567855
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35	3.72002747235	1.79877227688	-3.10552295058	6.11294518482	-1.88135827914	7.19710919041	-0.470448318809	-0.143226488259	-0.961694273939	1.08661807189	0.0651291865364	-0.373656387087	1.38130294395	0.164453339254	0.285018574423	1.17702207707	0.314589305632	0.0471040612897	0.610403487334	-0.00535963992653	0.513301461966	-53.0295116174	-6.6772422522	53.6874528964
36	3.30471583572	3.04935772603	2.55161484158	9.24785987194	9.05148577534	9.96598056749	-0.116692428075	0.253367237779	0.620573476325	-0.194486371729	-1.0939893653	1.56803464541	0.380296261236	0.749061340685	0.77847428794	2.19923937391	0.313366147088	0.201215014247	0.756059262932	-0.0159303503466	1.04050132863	-54.9487268177	-20.9564433979	62.7843047721
37	2.2117063842	-0.162083801324	0.186408594551	2.66112960279	-2.15985085645	2.85623633197	-0.0158957400875	0.022068222228	-0.11712983741	1.13243463679	0.0593499604378	-0.447800939216	1.24535828162	1.04158004299	0.141084170725	1.82934483879	0.723040807558	-0.0278455159066	1.09734919371	-0.130782963186	0.563349569621	-47.0257475848	-8.91090533563	64.6561178246

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 119 )	A	A	1 - 119	1 - 137
2	2	chain 'A' and (resid 120 through 183 )	A	A	120 - 183	138 - 193
3	3	chain 'A' and (resid 184 through 214 )	A	A	184 - 214	194 - 223
4	4	chain 'B' and (resid 2 through 118 )	B	B	2 - 118	1 - 120
5	5	chain 'B' and (resid 119 through 209 )	B	B	119 - 209	121 - 207
6	6	chain 'C' and (resid 3 through 21 )	C	C	3 - 21	1 - 19
7	7	chain 'C' and (resid 22 through 38 )	C	C	22 - 38	20 - 36
8	8	chain 'C' and (resid 39 through 51 )	C	C	39 - 51	37 - 49
9	9	chain 'C' and (resid 52 through 70 )	C	C	52 - 70	50 - 68
10	10	chain 'C' and (resid 71 through 85 )	C	C	71 - 85	69 - 83
11	11	chain 'C' and (resid 86 through 98 )	C	C	86 - 98	84 - 96
12	12	chain 'C' and (resid 99 through 114 )	C	C	99 - 114	97 - 112
13	13	chain 'C' and (resid 115 through 126 )	C	C	115 - 126	113 - 124
14	14	chain 'C' and (resid 127 through 140 )	C	C	127 - 140	125 - 138
15	15	chain 'C' and (resid 141 through 158 )	C	C	141 - 158	139 - 156
16	16	chain 'D' and (resid 1 through 17 )	D	D	1 - 17	1 - 17
17	17	chain 'D' and (resid 18 through 51 )	D	D	18 - 51	18 - 51
18	18	chain 'D' and (resid 52 through 111 )	D	D	52 - 111	52 - 129
19	19	chain 'D' and (resid 112 through 143 )	D	D	112 - 143	130 - 150
20	20	chain 'D' and (resid 144 through 193 )	D	D	144 - 193	151 - 191
21	21	chain 'D' and (resid 194 through 204 )	D	D	194 - 204	192 - 202
22	22	chain 'D' and (resid 205 through 214 )	D	D	205 - 214	203 - 212
23	23	chain 'E' and (resid 2 through 18 )	E	E	2 - 18	1 - 16
24	24	chain 'E' and (resid 19 through 48 )	E	E	19 - 48	17 - 46
25	25	chain 'E' and (resid 49 through 113 )	E	E	49 - 113	47 - 115
26	26	chain 'E' and (resid 114 through 129 )	E	E	114 - 129	116 - 131
27	27	chain 'E' and (resid 130 through 148 )	E	E	130 - 148	132 - 150
28	28	chain 'E' and (resid 149 through 173 )	E	E	149 - 173	151 - 170
29	29	chain 'E' and (resid 174 through 208 )	E	E	174 - 208	171 - 205
30	30	chain 'F' and (resid 3 through 21 )	F	F	3 - 21	1 - 19
31	31	chain 'F' and (resid 22 through 37 )	F	F	22 - 37	20 - 35
32	32	chain 'F' and (resid 38 through 51 )	F	F	38 - 51	36 - 49
33	33	chain 'F' and (resid 52 through 76 )	F	F	52 - 76	50 - 74
34	34	chain 'F' and (resid 77 through 85 )	F	F	77 - 85	75 - 83
35	35	chain 'F' and (resid 86 through 114 )	F	F	86 - 114	84 - 112
36	36	chain 'F' and (resid 115 through 126 )	F	F	115 - 126	113 - 124
37	37	chain 'F' and (resid 127 through 157 )	F	F	127 - 157	125 - 155

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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