PDB-8v1p: CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH UBF9092

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v1p

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH UBF9092

要素

Glucose-induced degradation protein 4 homolog

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / UBIQUITIN / PRO/N-DEGRON / PROTEIN DEGRADATION / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

Vacuolar import/degradation protein Vid24 / Vacuolar import and degradation protein / ubiquitin ligase complex / Regulation of pyruvate metabolism / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosol / N,N~2~-bis[(4-methoxyphenyl)methyl]glycinamide / Glucose-induced degradation protein 4 homolog

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Dong, C. / Dong, A. / Calabrese, M. / Wang, F. / Owen, D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH UBF9092
著者: Dong, C. / Dong, A. / Calabrese, M. / Wang, F. / Owen, D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.

履歴

登録	2023年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2023年12月6日	ID: 7S12
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v1p.cif.gz	84.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v1p.ent.gz	60.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v1p_validation.pdf.gz	751.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v1p_full_validation.pdf.gz	751.5 KB	表示
XML形式データ	8v1p_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	8v1p_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucose-induced degradation protein 4 homolog

ヘテロ分子

19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.099, 40.099, 201.017
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Glucose-induced degradation protein 4 homolog / Vacuolar import and degradation protein 24 homolog 分子量: 19547.725 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 124-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GID4, C17orf39, VID24 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IVV7
#2: 化合物	ChemComp-98C / N,N~2~-bis[(4-methoxyphenyl)methyl]glycinamide 分子量: 314.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl 8.5, 30% PEG3350, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 8994 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.112 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 88354

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.21-2.25	5.9	0.688	436	0.757	0.928	0.289	0.75	0.854	99.5
2.25-2.29	7.2	0.638	418	0.767	0.932	0.246	0.687	0.815	99.5
2.29-2.33	8.5	0.51	442	0.916	0.978	0.18	0.543	0.845	99.8
2.33-2.38	9.7	0.448	439	0.915	0.978	0.149	0.474	0.852	99.8
2.38-2.43	10.3	0.425	423	0.948	0.986	0.137	0.447	0.841	100
2.43-2.49	10.9	0.365	449	0.957	0.989	0.113	0.382	0.916	100
2.49-2.55	11.4	0.282	425	0.966	0.991	0.087	0.295	0.897	100
2.55-2.62	11.4	0.237	429	0.982	0.996	0.073	0.248	0.939	100
2.62-2.7	11.1	0.185	463	0.986	0.996	0.058	0.194	1.011	100
2.7-2.78	11.4	0.155	421	0.992	0.998	0.048	0.163	1.02	100
2.78-2.88	11	0.127	461	0.994	0.999	0.04	0.133	1.052	99.8
2.88-3	11	0.1	429	0.995	0.999	0.031	0.105	1.111	100
3-3.14	10.3	0.08	454	0.997	0.999	0.026	0.084	1.263	99.6
3.14-3.3	9.3	0.068	448	0.998	1	0.024	0.072	1.338	100
3.3-3.51	10.1	0.058	442	0.998	0.999	0.019	0.061	1.453	100
3.51-3.78	9.9	0.051	463	0.999	1	0.017	0.054	1.427	99.4
3.78-4.16	10.5	0.047	453	0.998	0.999	0.015	0.049	1.409	99.3
4.16-4.76	9.7	0.041	469	0.999	1	0.014	0.044	1.399	98.3
4.76-6	9.1	0.039	482	0.999	1	0.013	0.042	1.313	98.4
6-50	8.3	0.036	548	0.999	1	0.013	0.039	1.261	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.21→39.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 20.391 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27817	895	10 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.22208	8016	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.576 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.21→39.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1298	0	23	6	1327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.641	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.242	1.564	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.899	5	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.109	23.125	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.957	15	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.213	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	337
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.279	3.918	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.267	3.915	661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.359	5.865	826
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.364	5.868	827
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.268	4.004	704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.266	4.003	705
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.333	5.968	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.886	43.446	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.884	43.434	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.211→2.269 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	66	-
R_work	0.299	572	-
obs	-	-	99.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.7185 Å / Origin y: 14.1425 Å / Origin z: -13.5238 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0403 Å²	-0.0682 Å²	-0.0314 Å²	-	0.2913 Å²	0.0992 Å²	-	-	0.0798 Å²
L	4.0538 °²	-0.9609 °²	-1.0435 °²	-	3.187 °²	0.6301 °²	-	-	5.0504 °²
S	0.0663 Å °	0.2329 Å °	0.304 Å °	0.258 Å °	-0.2776 Å °	-0.3366 Å °	0.0126 Å °	0.0335 Å °	0.2113 Å °

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