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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v1k | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Francisella tularensis | |||||||||
要素 | Outer-membrane lipoprotein carrier protein | |||||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / LolA | |||||||||
機能・相同性 | Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, Proteobacteria / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / ペリプラズム / Outer-membrane lipoprotein carrier protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Francisella tularensis 著者: Lovell, S. / Woodward, E.L. / Cooper, A. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v1k.cif.gz | 169.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v1k.ent.gz | 132.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v1k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v1k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23821.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 (バクテリア) 遺伝子: lolA / プラスミド: FrtuB.17730.a.VM3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5NEJ3 #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.43 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus Fusion H10: 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 25%w/v PEG 3350, 0.05M Tris (base), 0.05M BICINE, 0.3% w/v Sodium-L ascorbate, 0.3% w/v Choline Chloride, 0.3% v/v D-Panthenol, 0.3% w/v ...詳細: Morpheus Fusion H10: 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 25%w/v PEG 3350, 0.05M Tris (base), 0.05M BICINE, 0.3% w/v Sodium-L ascorbate, 0.3% w/v Choline Chloride, 0.3% v/v D-Panthenol, 0.3% w/v Pyridoxine hydrochloride, 0.3% w/v Thiamine hydrochloride, FrtuB.17730.a.VM3.PB00127 at 6.2 mg/mL. Plate 13568 well H10 drop2. Puck: PSL-1012, Cryo: direct |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月6日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→42.28 Å / Num. obs: 34082 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 235202 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.894 / Num. measured all: 13173 / Num. unique obs: 1980 / CC1/2: 0.754 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 0.97 / Χ2: 0.65 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→26.53 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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