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Yorodumi- PDB-8v1k: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8v1k | |||||||||
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Title | Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Francisella tularensis | |||||||||
Components | Outer-membrane lipoprotein carrier protein | |||||||||
Keywords | LIPID TRANSPORT / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / LolA | |||||||||
Function / homology | Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, Proteobacteria / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / periplasmic space / Outer-membrane lipoprotein carrier protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Francisella tularensis Authors: Lovell, S. / Woodward, E.L. / Cooper, A. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8v1k.cif.gz | 169.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8v1k.ent.gz | 132.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8v1k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v1k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23821.699 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 (bacteria) Gene: lolA / Plasmid: FrtuB.17730.a.VM3 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5NEJ3 #2: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 35.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Morpheus Fusion H10: 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 25%w/v PEG 3350, 0.05M Tris (base), 0.05M BICINE, 0.3% w/v Sodium-L ascorbate, 0.3% w/v Choline Chloride, 0.3% v/v D-Panthenol, 0.3% w/v ...Details: Morpheus Fusion H10: 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 25%w/v PEG 3350, 0.05M Tris (base), 0.05M BICINE, 0.3% w/v Sodium-L ascorbate, 0.3% w/v Choline Chloride, 0.3% v/v D-Panthenol, 0.3% w/v Pyridoxine hydrochloride, 0.3% w/v Thiamine hydrochloride, FrtuB.17730.a.VM3.PB00127 at 6.2 mg/mL. Plate 13568 well H10 drop2. Puck: PSL-1012, Cryo: direct |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 6, 2023 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→42.28 Å / Num. obs: 34082 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 235202 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.84 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.894 / Num. measured all: 13173 / Num. unique obs: 1980 / CC1/2: 0.754 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 0.97 / Χ2: 0.65 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8→26.53 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→26.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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