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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v1h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human pre-mascRNA | ||||||
要素 | pre-mascRNA | ||||||
キーワード | RNA / non-coding RNAs / cancer / mascRNA | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.89 Å | ||||||
データ登録者 | Skeparnias, I. / Zhang, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural basis of MALAT1 RNA maturation and mascRNA biogenesis. 著者: Skeparnias, I. / Bou-Nader, C. / Anastasakis, D.G. / Fan, L. / Wang, Y.X. / Hafner, M. / Zhang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v1h.cif.gz | 90.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v1h.ent.gz | 68.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8v1h_validation.pdf.gz | 387 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8v1h_full_validation.pdf.gz | 387.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8v1h_validation.xml.gz | 3.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8v1h_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v1h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8v1iC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24332.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M lithium chloride, 0.01 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M MES (pH 6.5) and 35% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月29日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40.83 Å / Num. obs: 5028 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.26 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 491 / CC1/2: 0.99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.89→40.83 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89→40.83 Å
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拘束条件 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.5873 Å / Origin y: 6.2369 Å / Origin z: 33.2639 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |