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万見
- PDB-8v1h: Crystal structure of human pre-mascRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v1h
タイトルCrystal structure of human pre-mascRNA
要素pre-mascRNA
キーワードRNA / non-coding RNAs / cancer / mascRNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Skeparnias, I. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of MALAT1 RNA maturation and mascRNA biogenesis.
著者: Skeparnias, I. / Bou-Nader, C. / Anastasakis, D.G. / Fan, L. / Wang, Y.X. / Hafner, M. / Zhang, J.
履歴
登録2023年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pre-mascRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3552
ポリマ－24,3321
非ポリマー231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.986, 40.651, 123.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 pre-mascRNA


分子量: 24332.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M lithium chloride, 0.01 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M MES (pH 6.5) and 35% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月29日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40.83 Å / Num. obs: 5028 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.26
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 491 / CC1/2: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.89→40.83 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 255 5.27 %
Rwork0.1975 --
obs0.2004 4832 94.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→40.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1541 1 0 1542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0622675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.008868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00672
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.5873 Å / Origin y: 6.2369 Å / Origin z: 33.2639 Å
111213212223313233
T0.4735 Å2-0.2042 Å20.1909 Å2-0.9174 Å2-0.1045 Å2--0.7728 Å2
L3.7894 °2-0.7525 °20.0495 °2-1.3389 °2-0.0587 °2--0.756 °2
S0.2679 Å °-0.7433 Å °0.35 Å °0.0023 Å °-0.0918 Å °-0.015 Å °-0.0737 Å °0.1626 Å °-0.2403 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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