PDB-8v17: HIV-CA Disulfide linked Hexamer with inhibitor bound - exploratio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v17

タイトル

HIV-CA Disulfide linked Hexamer with inhibitor bound - exploration of a benzothiazole

要素

Spacer peptide 1

キーワード

VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / HIV-1 / Human Immunodeficiency Virus / Capsid / HIV-CA / Capsid Inhibitor / HIV Restriction / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Goldstone, D.C. / Walsham, L.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: "Pseudosubstrate Envelope"/Free Energy Perturbation-Guided Design and Mechanistic Investigations of Benzothiazole HIV Capsid Modulators with High Ligand Efficiency.
著者: Xu, S. / Wang, S. / Zhou, Y. / Foley, N. / Sun, L. / Walsham, L. / Tang, K. / Shi, D. / Shi, X. / Zhang, Z. / Jiang, X. / Gao, S. / Liu, X. / Pannecouque, C. / Goldstone, D.C. / Dick, A. / Zhan, P.

履歴

登録	2023年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v17.cif.gz	140.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v17.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (5) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Spacer peptide 1

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spacer peptide 1

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.902, 90.902, 56.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	Spacer peptide 1 / SP1 / p2 分子量: 25248.982 Da / 分子数: 1 / 変異: A14C, E45C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現詳細: HIV-1 Capsid containing A14C/E45C/W184A/M185A to facilitate the formation of hexamers 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: NL4-3 / 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR(DE3) / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物	ChemComp-Y4X / N-(1,3-benzothiazol-5-yl)-3,5-difluoro-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-methyl-L-phenylalaninamide 分子量: 520.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₂F₂N₄O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus Condition D11

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→45.927 Å / Num. obs: 42672 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 42.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2134 / CC_1/2: 0.615 / R_pim(I) all: 1.184 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→45.927 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / WR_factor R_free: 0.179 / WR_factor R_work: 0.143 / SU B: 2.637 / SU ML: 0.042 / Average fsc free: 0.9762 / Average fsc work: 0.9858 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1714	2080	4.875 %
R_work	0.142	40585	-
all	0.144	-	-
obs	-	42665	99.986 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.094 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.106 Å²	-0.053 Å²	0 Å²
2-	-	-0.106 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.342 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1676	0	55	131	1862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.871	1.814	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.672	1.741	4043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.903	5	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.547	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.012	10	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.471	10	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	920
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.356	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.709	2.691	895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.662	2.689	895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.617	4.84	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.619	4.842	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.727	3.001	945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.722	3.001	946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.859	5.345	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.854	5.345	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.509	30.339	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	19.123	29.496	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.788	3	3588

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.307	135	0.239	3024	0.242	3159	0.944	0.965	100	0.227
1.539-1.581	0.254	139	0.219	2882	0.22	3022	0.959	0.971	99.9669	0.202
1.581-1.627	0.244	150	0.197	2852	0.2	3003	0.967	0.976	99.9667	0.176
1.627-1.677	0.215	145	0.163	2718	0.166	2863	0.971	0.984	100	0.143
1.677-1.732	0.259	142	0.153	2668	0.158	2811	0.96	0.986	99.9644	0.131
1.732-1.792	0.214	117	0.131	2586	0.135	2703	0.975	0.989	100	0.111
1.792-1.86	0.178	152	0.114	2470	0.117	2622	0.981	0.992	100	0.097
1.86-1.936	0.148	151	0.102	2361	0.105	2512	0.987	0.994	100	0.088
1.936-2.022	0.152	150	0.096	2300	0.099	2450	0.986	0.995	100	0.085
2.022-2.12	0.139	99	0.098	2183	0.099	2282	0.988	0.994	100	0.09
2.12-2.235	0.155	93	0.1	2118	0.102	2211	0.985	0.994	100	0.095
2.235-2.37	0.148	94	0.102	1984	0.104	2078	0.987	0.994	100	0.099
2.37-2.533	0.133	91	0.108	1886	0.109	1977	0.989	0.993	100	0.109
2.533-2.735	0.178	76	0.122	1742	0.124	1818	0.982	0.991	100	0.126
2.735-2.995	0.164	56	0.124	1625	0.125	1681	0.983	0.991	100	0.134
2.995-3.347	0.135	82	0.135	1460	0.135	1542	0.99	0.989	100	0.15
3.347-3.861	0.139	74	0.147	1275	0.147	1349	0.989	0.987	100	0.166
3.861-4.721	0.194	59	0.151	1097	0.153	1156	0.977	0.987	100	0.184
4.721-6.641	0.286	32	0.237	871	0.239	903	0.971	0.975	100	0.29
6.641-45.927	0.162	43	0.22	483	0.215	527	0.988	0.974	99.8102	0.287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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