PDB-8v16: Esterase with a monomeric cooperative, hysteresis or allokairy

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v16

タイトル

Esterase with a monomeric cooperative, hysteresis or allokairy

要素

Esterase 1

キーワード

HYDROLASE / esterase / hysteresis/allokairy / metagenomic / alpha/beta-Hydrolases

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Esterase 1

機能・相同性情報

生物種

uncultured proteobacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Guzzo, C.R. / Vinces, T.G.C. / Visnardi, A.B.

資金援助

ブラジル, 2件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2022/08730-7; 2019/00195-2; 2020/04680-0; 2021/05262-0; 2021/10577-0; 2017/17303-7	ブラジル
Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel	01	ブラジル

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Monomeric Esterase: Insights into Cooperative Behavior, Hysteresis/Allokairy.
著者: Vinces, T.C. / de Souza, A.S. / Carvalho, C.F. / Visnardi, A.B. / Teixeira, R.D. / Llontop, E.E. / Bismara, B.A.P. / Vicente, E.J. / Pereira, J.O. / de Souza, R.F. / Yonamine, M. / Marana, S. ...

履歴

登録	2023年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v16.cif.gz	225.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v16.ent.gz	175.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

C: Esterase 1

A: Esterase 1

B: Esterase 1

D: Esterase 1

ヘテロ分子

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Esterase 1

ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Esterase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Esterase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Esterase 1

ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.076, 105.891, 145.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Esterase 1 分子量: 29978.604 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Amazonian Dark Soil 由来: (組換発現) uncultured proteobacterium (環境試料) 遺伝子: ade1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RP / 参照: UniProt: A0A8E4UR43
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 and, 30% w/v Polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.9772 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月19日詳細: vertical focusing mirror (side-bounce sagittal cylindrical mirror)
放射	モノクロメーター: horizontal Double-Crystal Monochromator (DCM) equipped with two pairs of Si crystals (111 and 311) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→30 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 36 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.77→1.87 Å / Num. unique obs: 33449 / CC_1/2: 0.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.469 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	4413	5 %
R_work	0.1797	83854	-
all	0.182	-	-
obs	-	88267	99.959 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.215 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.256 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.471 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8190	0	24	357	8571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	8434
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.649	11455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.49	1.557	18466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.134	5	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.908	5	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.326	10	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.795	10	352
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	7125
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.292	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.967	3.261	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.967	3.261	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.953	4.871	5299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.953	4.871	5300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.208	3.82	4188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.207	3.82	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.268	5.509	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.267	5.51	6153
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.889	64.768	35562
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.888	64.73	35399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.266	321	0.241	6098	X-RAY DIFFRACTION	100
1.949-2.002	0.282	314	0.224	5971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.002-2.06	0.271	304	0.215	5769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.123	0.25	297	0.202	5634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.123-2.192	0.235	287	0.194	5469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.269	0.236	278	0.18	5274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.269-2.354	0.216	270	0.187	5128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.354-2.45	0.237	258	0.186	4913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.558	0.226	250	0.184	4743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.558-2.682	0.25	239	0.185	4533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.682-2.825	0.237	226	0.202	4303	X-RAY DIFFRACTION	99.9779
2.825-2.995	0.264	218	0.194	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.995-3.2	0.243	203	0.192	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.453	0.216	190	0.185	3608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.453-3.777	0.198	176	0.174	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
3.777-4.215	0.196	159	0.151	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
4.215-4.851	0.167	143	0.139	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.965
4.851-5.903	0.193	122	0.163	2314	X-RAY DIFFRACTION	100
5.903-8.191	0.18	97	0.174	1849	X-RAY DIFFRACTION	99.9486
8.191-30	0.169	60	0.17	1145	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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