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- PDB-8v15: Human SIRT3 bound to p53-AMC peptide, Carba-NAD, and Honokiol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v15
タイトルHuman SIRT3 bound to p53-AMC peptide, Carba-NAD, and Honokiol
要素
  • GLN-PRO-LYS-FDL
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Activator / Complex / Deacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / positive regulation of superoxide dismutase activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD-dependent histone deacetylase activity / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation ...positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / positive regulation of superoxide dismutase activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD-dependent histone deacetylase activity / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transferase activity / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / : / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-Y4T / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chakrabarti, R. / Ghosh, A. / Guan, X. / Upadhyay, A. / Dumpati, R.K. / Munshi, S. / Roy, S. / Chall, S. / Rahnamoun, A. / Reverdy, C. ...Chakrabarti, R. / Ghosh, A. / Guan, X. / Upadhyay, A. / Dumpati, R.K. / Munshi, S. / Roy, S. / Chall, S. / Rahnamoun, A. / Reverdy, C. / Errasti, G. / Delacroix, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: biorxiv / 年: 2023
タイトル: Computationally Driven Discovery and Characterization of SIRT3 Activating Compounds that Fully Recover Catalytic Activity under NAD+ Depletion
著者: Chakrabarti, R. / Ghosh, A. / Guan, X. / Upadhyay, A. / Dumpati, R.K. / Munshi, S. / Roy, S. / Chall, S. / Rahnamoun, A. / Reverdy, C. / Errasti, G. / Delacroix, T.
履歴
登録2023年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
B: GLN-PRO-LYS-FDL
C: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
D: GLN-PRO-LYS-FDL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8029
ポリマ－64,0804
非ポリマー1,7225
水55831
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
B: GLN-PRO-LYS-FDL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7684
ポリマ－32,0402
非ポリマー7282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
2
C: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
D: GLN-PRO-LYS-FDL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0345
ポリマ－32,0402
非ポリマー9943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.683, 159.432, 53.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial


分子量: 31340.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NTG7
#2: タンパク質・ペプチド GLN-PRO-LYS-FDL


分子量: 699.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Residues 317-320 of acetylated p53 -- QPK(KAc) -- linked to 7-amino-4-methylcoumarin
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 36分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CNA / CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-(アミノカルボニル)-1-[4β-[[(5′-アデノシルオキシ)オキシラトホスフィニルオキシ]オキシラトホスフィニ(以下略)


分子量: 662.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N7O13P2
#5: 化合物 ChemComp-Y4T / (1P)-3',5-di(prop-2-en-1-yl)[1,1'-biphenyl]-2,4'-diol / Honokiol / ホノキオ-ル


分子量: 266.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M ...詳細: SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M HEPES, pH 7.5 as reservoir. Following formation of the ternary complex, crystals were soaked with carba-NAD (10 mM).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.16 Å / Num. obs: 21620 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 964 / CC1/2: 0.807

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 13.322 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.608 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30262 1038 4.8 %RANDOM
Rwork0.19442 ---
obs0.19947 20550 95.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å2-0 Å20.12 Å2
2---0.15 Å2-0 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→44.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4286 0 110 31 4427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0124529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9141.8446194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9571.7319891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.7795547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.0725.34943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.94310685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.9385.4952194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.9395.4942191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.8329.8322730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.8339.8312729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.3186.2872335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.3166.2882336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.75411.2753462
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.66160.345350
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.66360.355348
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 62 -
Rwork0.285 1310 -
obs--81.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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