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万見
- PDB-8v14: Structure of NRAP-1 and its role in NMDAR signaling -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v14
タイトルStructure of NRAP-1 and its role in NMDAR signaling
要素NMDA receptor auxiliary protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / NMDAR / NRAP-1 / Synapse / Postsynaptic / Neurotransmitter
機能・相同性Low-density lipoprotein receptor domain class A / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / NMDA receptor auxiliary protein
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Whitby, F.G. / Goodell, D.J. / Maricq, A.V. / Hill, C.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS125359 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS110173 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Functional and Structural Studies of NRAP-1 and NMDAR signaling
著者: Goodell, D.M. / Maricq, A.V.
履歴
登録2023年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NMDA receptor auxiliary protein
B: NMDA receptor auxiliary protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3914
ポリマ－36,3112
非ポリマー802
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, AUC indicates clearly that the protein is monomeric in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.358, 75.921, 152.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NMDA receptor auxiliary protein


分子量: 18155.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: nrap-1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G5EEF9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.35
詳細: 17 mg/mL purified NRAP-1 in 150 mM sodium chloride, 15 mM HEPES, 1 mM calcium chloride, pH 7.35, 1:1 with crystallization solution (26% PEG8000, 100 mM CHES, pH 9.8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.12 Å / Num. obs: 38804 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 54.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.9450.25.36612269724430.8220.7595.421.2100
9.11-38.145.30.047195114310.9990.0070.04781.299.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 7.106 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.1226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2289 1932 5 %RANDOM
Rwork0.1936 ---
obs0.1954 36758 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 194.44 Å2 / Biso mean: 52.871 Å2 / Biso min: 28.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å20 Å20 Å2
2--1.7 Å20 Å2
3----3.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→38.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2528 0 2 193 2723
Biso mean--49.26 53.82 -
残基数----334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8281.6483562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4531.5795529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5615340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06624.634123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.01815437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.44158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02510
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 140 -
Rwork0.316 2675 -
all-2815 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9135-1.9091-1.86372.03642.25654.99580.119-0.0087-0.1556-0.11140.04850.02660.23450.5296-0.16760.0980.0515-0.00040.0945-0.03390.14459.963937.547251.3507
21.465-0.718-0.7261.48091.4774.10490.0646-0.11890.274-0.13720.0426-0.0883-0.60820.0733-0.10720.1035-0.00020.01960.0229-0.01060.065417.978831.169721.1738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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