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- PDB-8v11: Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v11
タイトルStructure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex
要素
  • Ipl1/Nuf2 chimera protein
  • Kinetochore protein NDC80
  • Kinetochore protein SPC24
  • Kinetochore protein SPC25
キーワードCELL CYCLE / Stu2 / tension sensing / Ndc80 / kinetochore
機能・相同性
機能・相同性情報


centromere clustering / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / sister chromatid biorientation / meiotic chromosome segregation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / spindle pole body ...centromere clustering / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / sister chromatid biorientation / meiotic chromosome segregation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / spindle pole body / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / kinetochore / cell division / protein-containing complex binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Spc24, Fungi, globular domain superfamily / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein NUF2 / Kinetochore protein SPC25 / Kinetochore protein NDC80 / Kinetochore protein SPC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Zahm, J.A. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2024
タイトル: A communication hub for phosphoregulation of kinetochore-microtubule attachment.
著者: Zahm, J.A. / Harrison, S.C.
履歴
登録2023年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetochore protein NDC80
B: Ipl1/Nuf2 chimera protein
C: Kinetochore protein SPC24
D: Kinetochore protein SPC25
E: Kinetochore protein NDC80
F: Ipl1/Nuf2 chimera protein
G: Kinetochore protein SPC24
H: Kinetochore protein SPC25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,9408
ポリマ－166,9408
非ポリマー00
水00
1
A: Kinetochore protein NDC80
B: Ipl1/Nuf2 chimera protein
C: Kinetochore protein SPC24
D: Kinetochore protein SPC25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4704
ポリマ－83,4704
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13390 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area41170 Å2
手法PISA
2
E: Kinetochore protein NDC80
F: Ipl1/Nuf2 chimera protein
G: Kinetochore protein SPC24
H: Kinetochore protein SPC25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4704
ポリマ－83,4704
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13700 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area40930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.757, 114.757, 423.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 113 through 275 or resid 277 through 312 or resid 314 through 684))
d_2ens_1(chain "E" and (resid 113 through 275 or resid 277 through 312 or resid 314 through 684))
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "F"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "G"
d_1ens_4(chain "D" and resid 3 through 220)
d_2ens_4chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAALAVALVALAA113 - 2753 - 165
d_12ens_1LYSLYSVALVALAA277 - 312167 - 202
d_13ens_1ILEILEGLUGLUAA314 - 684204 - 272
d_21ens_1ALAALAVALVALEE113 - 2753 - 165
d_22ens_1LYSLYSVALVALEE277 - 312167 - 202
d_23ens_1ILEILEGLUGLUEE314 - 684204 - 272
d_11ens_2ILEILEGLNGLNBB48 - 145119 - 227
d_21ens_2ILEILEGLNGLNFF48 - 145119 - 227
d_11ens_3ASNASNGLYGLYCC6 - 2126 - 99
d_21ens_3ASNASNGLYGLYGG6 - 2126 - 99
d_11ens_4SERSERSERSERDD3 - 2203 - 114
d_21ens_4SERSERSERSERHH3 - 2203 - 114

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

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要素

#1: タンパク質 Kinetochore protein NDC80 / 80 kDa spindle component protein / Nuclear division cycle protein 80 / Two-hybrid interaction with ...80 kDa spindle component protein / Nuclear division cycle protein 80 / Two-hybrid interaction with DMC1 protein 3


分子量: 32460.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NDC80, HEC1, TID3, YIL144W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40460
#2: タンパク質 Ipl1/Nuf2 chimera protein


分子量: 26548.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IPL1, NUF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33895
#3: タンパク質 Kinetochore protein SPC24


分子量: 11752.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SPC24, YMR117C, YM9718.16C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04477
#4: タンパク質 Kinetochore protein SPC25


分子量: 12709.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SPC25, YER018C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40014

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.57 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1.0309 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0309 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.95→48.53 Å / Num. obs: 10981 / % possible obs: 42.6 % / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 98.15 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.556 / Rpim(I) all: 0.135 / Rrim(I) all: 0.573 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.95→4.448 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 3.899 / Num. unique obs: 785 / CC1/2: 0.609 / Rpim(I) all: 0.909 / Rrim(I) all: 4.006 / % possible all: 10.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.95→48.53 Å / SU ML: 0.7326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.7832
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3266 559 5.1 %
Rwork0.2666 10412 -
obs0.2696 10971 42.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 162.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.95→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11239 0 0 0 11239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005711461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.125715467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05921731
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00542013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1524385
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.21255604163
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.63049277242
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.81705749813
ens_4d_2DDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.89725207791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.95-4.350.3173320.2383522X-RAY DIFFRACTION8.84
4.35-4.980.3083910.21571501X-RAY DIFFRACTION25.15
4.98-6.270.35431100.32232155X-RAY DIFFRACTION35.25
6.28-48.530.32513260.2656234X-RAY DIFFRACTION97.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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