PDB-8v10: Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v10

タイトル

Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex

要素

Kinetochore protein NDC80
Kinetochore protein SPC24
Kinetochore protein SPC25
Mps1/NUF2 chimera protein

キーワード

CELL CYCLE / tension sensing / Ndc80 / kinetochore

機能・相同性

機能・相同性情報

meiotic spindle checkpoint signaling / centromere clustering / spindle pole body duplication / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / sister chromatid biorientation / meiotic spindle assembly checkpoint signaling / meiotic chromosome segregation / kinetochore binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Zahm, J.A. / Harrison, S.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2024
タイトル: A communication hub for phosphoregulation of kinetochore-microtubule attachment.
著者: Zahm, J.A. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2023年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8v10.ent.gz	248.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/8v10	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8v11C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kinetochore protein NDC80

B: Mps1/NUF2 chimera protein

C: Kinetochore protein SPC24

D: Kinetochore protein SPC25

ヘテロ分子

85.4 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.657, 168.295, 230.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Kinetochore protein NDC80 分子量: 33256.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NDC80, HEC1, TID3, YIL144W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40460
#2: タンパク質	Mps1/NUF2 chimera protein 分子量: 27375.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MPS1, RPK1, YDL028C, D2785, NUF2, YOL069W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P54199, UniProt: P33895, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: タンパク質	Kinetochore protein SPC24 分子量: 11881.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SPC24, YMR117C, YM9718.16C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04477
#4: タンパク質	Kinetochore protein SPC25 分子量: 12822.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SPC25, YER018C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40014
#5: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 13% polyethylene glycol 8000, 1M sodium chloride 100 mM PIPES pH 6.1

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データ収集

回折	平均測定温度: 77.36 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1.0309 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0309 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.02→115.11 Å / Num. obs: 18187 / % possible obs: 64.98 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 67.66 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 3.02→3.398 Å / R_merge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 909 / CC_1/2: 0.683 / R_pim(I) all: 0.637 / R_rim(I) all: 0.181

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.02→115.11 Å / SU ML: 0.3592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.5023
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2707	900	5 %
R_work	0.2381	17102	-
obs	0.2399	18002	64.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.02→115.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5724	0	1	0	5725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0011	5818
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3489	7840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	876
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0018	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.2623	755

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.02-3.21	0.2209	10	0.3725	183	X-RAY DIFFRACTION	4.23
3.21-3.46	0.3359	52	0.3352	997	X-RAY DIFFRACTION	22.66
3.46-3.81	0.3594	141	0.2844	2688	X-RAY DIFFRACTION	60.88
3.81-4.36	0.2827	220	0.2339	4172	X-RAY DIFFRACTION	94.59
4.36-5.49	0.2415	234	0.2188	4442	X-RAY DIFFRACTION	99.81
5.5-115.11	0.2541	243	0.2326	4620	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.35176497657	0.174916035791	0.0930958925187	2.71051867898	-0.322105018784	1.03473415248	0.0359932668588	0.282504045873	0.355568976415	-0.666081224966	0.198536545645	-0.230763187308	-0.191042412344	0.149428757647	-0.0730230022955	1.17683898355	0.254737440333	-0.0167432808581	0.403512873199	0.0381852741318	0.948256240651	34.5225511237	-20.3641891954	86.6720089617
2	2.37876895218	-0.387855716433	2.43879968579	2.31028369122	-1.76805856907	3.55487416544	-0.0404000994475	0.591127559772	-0.0583626193717	-0.570068166103	-0.351638115445	-0.247363965467	-0.0393050800449	0.910491552151	0.311556790363	0.923875171576	0.291126345532	-0.0830281393379	0.370111061009	0.0548543248346	0.347411520664	17.2424824851	14.1303289756	80.0284825449
3	0.470451668803	-0.11304657613	0.0546760539991	0.543762642697	-0.345521309989	0.87870523814	-0.34600568847	0.31900240882	0.294354815241	0.128465224155	0.0586055612165	0.0933322465579	-0.156668583324	0.244367762899	-0.476128944188	0.0635225842228	-0.132485723985	-0.248480523481	0.268370759296	0.174189303139	0.311545855899	7.81471859191	36.0519273892	40.6187233345
4	0.851421388355	-0.000627893861892	0.235898350222	2.3656037412	-0.141168594817	1.40497688024	0.124611492963	-0.196455883645	-0.382640744134	-0.0263943799607	0.00550066470683	0.284481160571	0.334227326501	-0.307119927253	-0.0507032460831	1.10290520525	0.158076690826	-0.0569058505686	0.471409878086	0.198365443496	0.96588410402	6.53363292708	-0.227860302835	91.5980250386
5	1.44124313851	-1.11364087727	0.271059308847	3.17904355665	0.0683098118221	0.402898773369	0.346247751232	0.149456721379	-0.434234053508	-0.449152784547	-0.126524413293	-0.10756968466	0.125534973428	0.152719069398	0.140486816429	1.02918455496	0.405540039937	-0.151847068504	0.457826689259	0.2408811436	0.6501081418	18.6382351963	-5.20025724067	87.7493274105
6	0.547753552978	-0.0257960934437	0.115016541407	0.565213653722	-0.0823472454731	1.25426314602	-0.282249982513	0.199943209665	0.0767308195768	0.0533878588162	0.151390011257	-0.0427616311425	0.137601398215	-0.0718409071478	-0.144153719014	0.171279119701	-0.0982539799144	0.0125821135654	0.10044078694	0.0703257144417	0.185988560736	2.2634761824	27.7217646728	44.8097668904
7	0.487358602738	0.0274302573666	-0.207630002425	0.163557740352	-0.244817193257	1.10898800847	-0.0869900961751	0.439897327522	0.196913757263	-0.0152886817159	-0.00869785275051	0.143231686463	0.011565644587	-0.191689502722	-0.0443655750206	0.0858721450847	-0.273899289116	-0.028439532712	0.507664056014	0.181609024044	0.350589991	-8.3059128977	39.9175399104	9.35738580399
8	3.74415798459	0.271399374319	-0.882388477951	2.64519739215	-0.587733175462	0.485825123024	0.248460886633	-0.383379845984	-0.284994975027	-0.0184692358494	-0.0684192336415	-0.448159871446	0.0107670722001	0.375891403147	-0.165630992347	0.635818169675	-0.177319749881	0.13009106437	1.81661739669	0.282860103904	1.36809886326	8.03721145827	44.1533930498	-20.6060791089
9	3.82468299568	-0.111553704414	-0.546469148419	3.29168624882	-1.65932342745	6.64846718303	-0.164514991281	-0.0516842563794	-0.241291347971	-0.103985111897	-0.138638304219	-0.125084016838	0.660475908283	0.292874639589	0.279912562654	0.325339774589	-0.162493550767	0.113391143128	0.596608408452	0.1204415433	0.238729653764	4.69164894706	32.1643084827	17.2373860915
10	2.41097646951	-0.0656961618252	0.419033720506	0.460797762783	-0.491493575801	1.8166772503	0.0423272448095	0.00666515365103	0.0705880890288	0.143855070846	-0.0899077286818	-0.107571247787	-0.333638332496	0.440430646322	0.247682448529	0.424703916427	-0.250039548558	-0.0645965685555	1.17483091281	0.486231729504	0.446144321585	-7.65395155319	51.3091492197	-19.3153029047
11	4.23741905941	-1.58584542961	-1.48437123935	5.38445260105	-1.58365483504	2.13725662032	-0.15255497208	0.220565883903	-0.0175962105659	-0.348862978486	-0.0462255928975	-0.185374222246	-0.296322654729	0.209537796487	0.14469143342	0.642308570331	-0.305295861118	-0.197745263122	1.39371903094	0.473997520477	0.656095766709	-13.5958953791	52.6193655828	-33.1669435364
12	3.57794746306	-1.24647912464	1.43981227895	1.549719469	-0.562741742838	2.85133423562	0.373601190949	0.300772370353	-0.11145271894	-0.487538137977	-0.21283598179	0.528169659571	0.0563609052579	0.386420876904	-0.153891197408	0.636245825666	-0.0845938824689	-0.0735767652578	2.16800384164	0.308005148575	0.908372039512	-5.55328511142	50.2192618589	-37.009705658

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 113 through 247 )	A	A	113 - 247	1 - 135
2	2	chain 'A' and (resid 248 through 297 )	A	A	248 - 297	136 - 185
3	3	chain 'A' and (resid 298 through 682 )	A	A	298 - 682	186 - 268
4	4	chain 'B' and (resid 151 through 1064 )	B	B	151 - 1064	1 - 84
5	5	chain 'B' and (resid 1065 through 1140 )	B	B	1065 - 1140	85 - 160
6	6	chain 'B' and (resid 1141 through 1451 )	B	B	1141 - 1451	161 - 218
7	7	chain 'C' and (resid 6 through 55 )	C	C	6 - 55	1 - 50
8	8	chain 'C' and (resid 56 through 98 )	C	C	56 - 98	51 - 93
9	9	chain 'D' and (resid 1 through 26 )	D	D	1 - 26	1 - 26
10	10	chain 'D' and (resid 27 through 62 )	D	D	27 - 62	27 - 62
11	11	chain 'D' and (resid 63 through 83 )	D	D	63 - 83	63 - 83
12	12	chain 'D' and (resid 84 through 115 )	D	D	84 - 115	84 - 115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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