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- PDB-8v0e: ANK repeat of MIB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v0e
タイトルANK repeat of MIB1
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase MIB1
  • Unidentified MIB1 peptide
キーワードLIGASE / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


neural tube formation / blood vessel development / heart looping / positive regulation of endocytosis / negative regulation of neuron differentiation / somitogenesis / Notch signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus ...neural tube formation / blood vessel development / heart looping / positive regulation of endocytosis / negative regulation of neuron differentiation / somitogenesis / Notch signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / RING-type E3 ubiquitin transferase / centriolar satellite / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / endocytosis / neuron differentiation / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / in utero embryonic development / postsynaptic density / protein ubiquitination / centrosome / glutamatergic synapse / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mind bomb, SH3 repeat domain / E3 ubiquitin-protein ligase MIB1/2, zinc finger, ZZ-type / Mind bomb SH3 repeat domain / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type ...Mind bomb, SH3 repeat domain / E3 ubiquitin-protein ligase MIB1/2, zinc finger, ZZ-type / Mind bomb SH3 repeat domain / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ankyrin repeat / Ring finger / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase MIB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Cao, R. / Blacklow, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA220340 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural requirements for activity of Mind bomb1 in Notch signaling.
著者: Cao, R. / Gozlan, O. / Airich, A. / Tveriakhina, L. / Zhou, H. / Jiang, H. / Cole, P.A. / Aster, J.C. / Klein, T. / Sprinzak, D. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2023年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase MIB1
B: E3 ubiquitin-protein ligase MIB1
D: Unidentified MIB1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2903
ポリマ－84,2903
非ポリマー00
水2,720151
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase MIB1
D: Unidentified MIB1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3672
ポリマ－42,3672
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase MIB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9231
ポリマ－41,9231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.997, 137.470, 96.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-844-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 438 through 447 or resid 452...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 438 through 447 or resid 452...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALAVALVALAA438 - 44730 - 39
d_12LYSLYSASPASPAA452 - 45544 - 47
d_13ASPASPASPASPAA45749
d_14ASNASNGLYGLYAA459 - 46051 - 52
d_15CYSCYSCYSCYSAA46254
d_16THRTHRASPASPAA466 - 47858 - 70
d_17LYSLYSLYSLYSAA48173
d_18VALVALHISHISAA488 - 51780 - 109
d_19GLYGLYLYSLYSAA519 - 528111 - 120
d_110ARGARGPROPROAA530 - 620122 - 212
d_111PROPROLEULEUAA622 - 715214 - 307
d_112GLNGLNVALVALAA717 - 724309 - 316
d_113LYSLYSLYSLYSAA749341
d_114SERSERLYSLYSAA751 - 794343 - 386
d_21ALAALAVALVALBB438 - 44730 - 39
d_22LYSLYSASPASPBB452 - 45544 - 47
d_23ASPASPASPASPBB45749
d_24ASNASNGLYGLYBB459 - 46051 - 52
d_25CYSCYSASPASPBB462 - 47854 - 70
d_26LYSLYSLYSLYSBB48173
d_27VALVALHISHISBB488 - 51780 - 109
d_28GLYGLYLYSLYSBB519 - 528111 - 120
d_29ARGARGPROPROBB530 - 620122 - 212
d_210PROPROLEULEUBB622 - 715214 - 307
d_211GLNGLNVALVALBB717 - 724309 - 316
d_212LYSLYSLYSLYSBB749341
d_213SERSERLYSLYSBB751 - 794343 - 386

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999999272908, 9.16693003375E-5, 0.0012024057755), (-9.92469810117E-5, -0.999980127479, -0.00630355439657), (0.00120180403824, -0.00630366914845, 0.999979409499) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999999272908, 9.16693003375E-5, 0.0012024057755), (-9.92469810117E-5, -0.999980127479, -0.00630355439657), (0.00120180403824, -0.00630366914845, 0.999979409499)
ベクター: 79.0038798246, 130.568098992, 0.552363727212)

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase MIB1


分子量: 41923.336 Da / 分子数: 2 / 断片: ANK repeat / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86YT6, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド Unidentified MIB1 peptide


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN
配列の詳細Chain D is fragment of MIB1 that cannot be registered to the sample sequence due to weak density.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1M Ammonium tartrate dibasic, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→47.74 Å / Num. obs: 37769 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 45.29 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 14.29
反射 シェル解像度: 2.39→2.44 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 1868 / CC1/2: 0.528 / CC star: 0.831 / Rpim(I) all: 0.568 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-20001.20.1_4487データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→47.64 Å / SU ML: 0.3004 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3302
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 1843 4.89 %
Rwork0.2066 35871 -
obs0.2083 37714 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→47.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5190 0 0 156 5346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94297120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521827
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.20011934
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.581683503596 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.450.3031260.25252467X-RAY DIFFRACTION88.41
2.45-2.530.3051290.25352636X-RAY DIFFRACTION93.19
2.53-2.610.28781610.24152709X-RAY DIFFRACTION97.12
2.61-2.70.27081500.24712766X-RAY DIFFRACTION99.12
2.7-2.810.27351570.22472791X-RAY DIFFRACTION98.79
2.81-2.940.26781410.22012806X-RAY DIFFRACTION99.33
2.94-3.090.27371510.20662760X-RAY DIFFRACTION99.08
3.09-3.290.25661570.22162824X-RAY DIFFRACTION99.7
3.29-3.540.25281410.21052789X-RAY DIFFRACTION99.66
3.54-3.90.23281210.18682850X-RAY DIFFRACTION99.6
3.9-4.460.19821260.17442840X-RAY DIFFRACTION99.36
4.46-5.620.24291520.20362755X-RAY DIFFRACTION97.58
5.62-47.640.21631310.20532878X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03608060822580.0511754541435-0.007509146025480.469316217051-0.2053935083560.0811538080491-0.453361125702-0.104147045632-0.300366027089-0.1589420362470.2473811044820.2949597526590.771903382533-0.154992105089-0.008452521634860.9316138687960.004445519079620.1074726083270.9192459357680.01506841067720.37471984158139.745833877875.592483178845.1545222656
20.0352723387382-0.0116985885124-0.06826876898850.375615952676-0.2119913121070.207537765841-0.296318495038-0.4252147617010.134955068747-0.1586028504880.161708408205-0.0658732663128-0.1196805987120.126301588536-0.003615761223030.8290347189330.1115175489640.09246820021050.9919098400660.01969951381470.34476589843441.742284388181.702669655840.8902400998
30.2247500809120.0736413732735-0.1382385398150.310578937056-0.292736722930.2609011347390.1699079878650.00902763304340.2774614675960.283527939112-0.1840285622690.04490355211630.2993662873220.3643522681770.001681276690510.680834958789-0.0861414793923-0.0375696280080.850710858741-0.0974185418480.31796202443944.597327226686.365197218331.6129922995
40.904567508810.430248010841-0.8697499829120.393184750878-0.2622649257131.43841544120.0273857101693-0.2772389532130.1672886789130.131112938553-0.0874871600531-0.001961568609860.07404720824570.115033221626-0.0001516662085790.3455867643660.042074087829-0.03767387506470.333965211884-0.02789535774180.26290549736848.742150171487.584522236212.6271339816
50.455658436497-0.182062711097-0.6184492284320.3064182193770.3189020582230.94880121546-0.0359711646438-0.08444252741870.0736432714782-0.04089854577250.0842668999575-0.181137594230.04633327805050.0437190928199-5.29908028226E-50.2695550394710.073877745435-0.0004860262184870.2113950580720.05909866773770.32175823980456.517622515989.0732943562-7.24363668354
60.10455457987-0.048863992165-0.08950532157430.334218054087-0.1980479633120.607363066227-0.152230009489-0.0982082201474-0.2248221165370.02377901110280.0568570609178-0.229065769110.853936742213-0.146583275698-0.009485055562590.5248940740450.131525215427-0.002364096838580.2791715826410.05352629842670.32986463459157.904053457279.5116336538-15.8465751015
70.1800506693460.0987169976329-0.07010056694180.234191877155-0.0199254433584-0.0496029431232-0.192836873472-0.1249263357650.02944017702790.04984533049670.231112434318-0.09069547664740.04892938191820.2218675979540.0001388414349330.4015765005990.199963218961-0.007477156855710.4853275670030.03434600964670.38298633446270.127967663175.9350590759-20.2373469582
80.38925945835-0.135926996898-0.400996555434-0.0182600274320.06923884045760.373571463158-0.0225712922770.6695427086-0.2429509283650.0384448847251-0.310767409160.4161105223670.134230521576-0.456286488376-0.07090147222440.532140676840.04952146870080.05615149402310.265718423207-0.07240743674450.31602682321264.894800911369.3199581995-22.7214405316
90.5276681492440.268683868548-0.1236582849820.2718825387460.1352028086720.159619429441-0.2940947951820.5212243502340.0504529830893-0.5929209656960.339546661753-0.350072439913-0.001088208470720.519622943049-0.008342630966180.624622198750.2062641950030.06444105457820.680362025187-0.05122189453930.41921838482869.078969018279.3499103739-29.9470381182
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120.122446695433-0.1989279835980.3878075438960.0932186791571-0.09166383306420.555465416120.1066489400520.1255174957350.0888655412612-0.38228051411-0.304072089523-0.0337689164541-0.1659365759820.1415831785530.0002510034150450.5035574271530.167548178375-0.02855793579080.4464671502790.2070352023150.77338026712310.779346971256.8818801741-20.9986050473
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140.248485083020.300594472089-0.02567746743620.371646527145-0.0270367380450.00750643369353-0.492578124060.1475229150720.2027666489120.172467190868-0.362432008764-0.200102085982-0.0059740920353-0.1472541816310.00333683935851.25218494429-0.144023055496-0.2210428779280.729254566175-0.04768697506070.80176560652850.495761967966.772894686860.4962063483
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 428 through 451 )AA428 - 4511 - 24
22chain 'A' and (resid 452 through 485 )AA452 - 48525 - 58
33chain 'A' and (resid 486 through 518 )AA486 - 51859 - 91
44chain 'A' and (resid 519 through 618 )AA519 - 61892 - 191
55chain 'A' and (resid 619 through 668 )AA619 - 668192 - 241
66chain 'A' and (resid 669 through 688 )AA669 - 688242 - 261
77chain 'A' and (resid 689 through 721 )AA689 - 721262 - 294
88chain 'A' and (resid 722 through 761 )AA722 - 761295 - 311
99chain 'A' and (resid 762 through 794 )AA762 - 794312 - 344
1010chain 'B' and (resid 429 through 518 )BB429 - 5181 - 87
1111chain 'B' and (resid 519 through 688 )BB519 - 68888 - 257
1212chain 'B' and (resid 689 through 762 )BB689 - 762258 - 310
1313chain 'B' and (resid 763 through 794 )BB763 - 794311 - 342
1414chain 'D' and (resid 1 through 5 )DC1 - 51 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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