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- PDB-8v0d: Ubch5B-RING3 of MIB1 fusion structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v0d
タイトルUbch5B-RING3 of MIB1 fusion structure
要素Ubch5B-RING3 of MIB1 fusion protein
キーワードLIGASE / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


neural tube formation / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / central nervous system neuron differentiation / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / blood vessel development / heart looping / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of endocytosis / negative regulation of neuron differentiation / somitogenesis ...neural tube formation / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / central nervous system neuron differentiation / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / blood vessel development / heart looping / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of endocytosis / negative regulation of neuron differentiation / somitogenesis / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Notch signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Peroxisomal protein import / Regulation of TNFR1 signaling / protein modification process / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / CLEC7A (Dectin-1) signaling / centriolar satellite / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / endocytosis / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / in utero embryonic development / postsynaptic density / protein ubiquitination / centrosome / glutamatergic synapse / protein-containing complex / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mind bomb, SH3 repeat domain / E3 ubiquitin-protein ligase MIB1/2, zinc finger, ZZ-type / Mind bomb SH3 repeat domain / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type ...Mind bomb, SH3 repeat domain / E3 ubiquitin-protein ligase MIB1/2, zinc finger, ZZ-type / Mind bomb SH3 repeat domain / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ankyrin repeat / Ring finger / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / E3 ubiquitin-protein ligase MIB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cao, R. / Blacklow, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA220340 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural requirements for activity of Mind bomb1 in Notch signaling.
著者: Cao, R. / Gozlan, O. / Airich, A. / Tveriakhina, L. / Zhou, H. / Jiang, H. / Cole, P.A. / Aster, J.C. / Klein, T. / Sprinzak, D. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2023年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ubch5B-RING3 of MIB1 fusion protein
A: Ubch5B-RING3 of MIB1 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7517
ポリマ－52,4242
非ポリマー3275
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.985, 65.119, 135.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 99 or resid 101 through 104 or resid 106 through 148))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 0 through 99 or resid 101 through 104 or resid 106 through 148))
d_1ens_2(chain "C" and resid 945 through 1006)
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERILEILEAB0 - 991 - 100
d_12ens_1LYSLYSLEULEUAB101 - 104102 - 105
d_13ens_1ILEILEGLYGLYAB106 - 148107 - 149
d_21ens_1SERSERILEILEBA0 - 991 - 100
d_22ens_1LYSLYSLEULEUBA101 - 104102 - 105
d_23ens_1ILEILEGLYGLYBA106 - 148107 - 149
d_11ens_2ALAALATYRTYRBA945 - 1006176 - 237
d_21ens_2ALAALATYRTYRAB945 - 1006176 - 237

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

-
要素

#1: タンパク質 Ubch5B-RING3 of MIB1 fusion protein


分子量: 26212.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B, MIB1, DIP1, KIAA1323, ZZANK2
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62837, UniProt: Q86YT6, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 4% v/v TacsimateTM pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→37.16 Å / Num. obs: 18194 / % possible obs: 91.35 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 45.79 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 16.86
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 932 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.288

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→37.16 Å / SU ML: 0.3252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.003
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 938 5.16 %
Rwork0.2127 17242 -
obs0.2142 18180 91.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3379 0 5 39 3423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00723475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95464717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.00711341
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.12392001655
ens_2d_2BAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.00079986885
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.530.31031140.30742292X-RAY DIFFRACTION86.24
2.53-2.690.32761230.27122465X-RAY DIFFRACTION91.58
2.69-2.890.2811530.28212476X-RAY DIFFRACTION91.86
2.89-3.180.27791320.26682470X-RAY DIFFRACTION92.33
3.18-3.650.28281720.23662529X-RAY DIFFRACTION94.71
3.65-4.590.23541280.18072447X-RAY DIFFRACTION90.93
4.59-37.160.16721160.16682563X-RAY DIFFRACTION91.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.353690267145-0.304758251409-0.2710832637921.264245712750.2588218054860.6300655958660.01002938370050.0181256649879-0.06350649481040.0378208477521-0.1638875993630.2129273457390.385408288974-0.00364065306385-8.04948279E-50.555322490810.006285184010510.04778878874660.419143814099-0.01876586765390.5590423393950.516-7.99555.299
20.366114621980.506959967651-0.1157360767532.679803555531.736117104491.56597121408-0.100393378522-0.001450141499330.1044601296350.0390428972127-0.0660286189276-0.0949485692329-0.0970194989778-0.175280531123-0.00143255543950.478436220650.03342211414320.02994434396730.3136181089980.02456424507120.506587394716.2053.90663.961
30.566918643588-0.0582012486810.1876029339630.182846757399-0.1962371138590.224223591663-0.42028755177-0.08681334179070.0916170682886-0.07616009493930.274133471424-0.218223772459-0.2515395547910.2908541985450.0006112746481740.625918013356-0.09791774268540.004563571777240.434076223345-0.02752139971060.5606743385558.7817.05651.343
40.2860532642730.1010734386230.1331095470010.3021287710310.02926801149810.302032468827-0.1126875754720.209873489965-0.133535287625-0.3384684939970.336179013582-0.420629330311-0.214539868740.386988063120.0001020575069380.515888017025-0.008832591836160.02177238141710.362582221476-0.05510948773710.53207378007216.47510.51663.999
50.1859653004990.350313248457-0.3649068300160.6689001809430.1282005568260.501874696233-0.0255172013114-0.3338708649660.1988841366280.699404258296-0.266619921249-0.2242986071460.07355680603890.04132768504870.0001752436382930.861824427760.08536830416460.04105402207460.440881623410.01180711089450.64221868987317.0447.51177.494
60.0503341864644-0.1575573553340.008108277433130.150048288843-0.05839103431690.0225400633428-0.3550041856960.1804657044260.2588401033710.5723884641030.358901435874-0.743576205632-0.4287542210260.0502374659752-0.000740080802051.50936032460.1309326008460.02304195829490.6896312092090.001333071255750.66831790217811.358-23.45743.59
71.15794175703-0.0717762245570.6340659147080.120616785836-0.5545161360771.120078489790.3030814948820.2378158586440.1493038076720.014125300383-0.09255778675590.189617433923-0.0254614053789-0.09324071042610.00019935903870.8044414887180.03187187237220.1172245253040.588564930977-0.02822086876310.576062124467.213-0.68834.917
80.989932978866-0.861724545812-0.4475795484681.345659716970.03410279554151.37067246560.16943893671-0.500272093912-0.5185002791230.4118214192740.0185558150692-0.1896013303520.244115666221-0.365177382803-4.12878307879E-50.4609015703770.0564320209288-0.02423597517970.7792147516090.1031602557690.58711109175218.493-34.06818.692
91.03586146398-0.0009432574750560.2653203842520.88748638507-0.174106244572.700738020990.0562402747549-0.1469512177130.159896202154-0.133485468846-0.03047510922-0.163702977946-0.330973684781-0.5296726729830.0003903364150.3090459640980.0727849429121-0.02954805681810.678085320508-0.01614863868070.50437295446913.265-30.2196.195
100.1209157111240.179606474590.149531109520.6614293745040.2522043562570.144672983477-0.1470384806720.2752433155520.8338274041540.02861639286250.176507725731-0.327015329606-1.3426553805-0.7853026600020.001371851309440.9175355801050.328150560008-0.001886591717250.7335375490030.02490378417280.6745539743897.003-24.913-4.348
110.808105101031-0.57613265884-0.5237218409190.748989722660.6025033320811.89504644954-0.1169238698360.761693684464-0.6944795446140.0873928095693-0.1097703484941.044395265340.675931844897-2.00129324177-0.3384200050990.303733559841-0.0376504481428-0.248630255331.341270537320.01170697619570.4899898179053.224-37.516-7.862
120.1512142405980.1108865215640.0933716584680.04621522326120.03956150622620.0186439227796-0.03599363411820.358903526209-0.463864097808-0.1711537274590.4007835873660.5637130354210.0883605916762-0.210166858217-0.000670057252221.15692004202-0.01141087277710.1663406003020.7645383987480.03647786861050.8706037953855.221-26.33535.859
130.9674592573850.2556085149310.3453730594120.9217893462350.01279363492070.2993134711560.2686279276130.078954777198-0.0531312564929-0.184011007289-0.255057055992-0.0488941838289-0.3053855006150.3865760742040.0002226637205020.6484235776070.15942009647-0.01262694699880.778910113781-0.01337557996680.46880062851917.414-10.36523.058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 0:31 )B0 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 32:84 )B32 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 85:98 )B85 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 99:130 )B99 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 131:148 )B131 - 148
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 943:961 )B943 - 961
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 962:1006 )B962 - 1006
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 0:38 )A0 - 38
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 39:111 )A39 - 111
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 112:120 )A112 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 121:148 )A121 - 148
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 945:961 )A945 - 961
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 962:1006 )A962 - 1006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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