PDB-8v0b: Structure of TDP1 catalytic domain complexed with compound IB05

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v0b

タイトル

Structure of TDP1 catalytic domain complexed with compound IB05

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / phosphodiesterase / drug target / cancer / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / single strand break repair / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Barakat, I. / Wang, W. / Agama, K. / Al Mahmud, M.R. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of TDP1 complexed with inhibitors
著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Barakat, I. / Wang, W. / Agama, K. / Al Mahmud, M.R. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.

履歴

登録	2023年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v0b.cif.gz	391.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v0b.ent.gz	318 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v0b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8v0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.937, 104.531, 192.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1

分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 690分子

#2: 化合物	ChemComp-YCI / 8-{4-[(fluorosulfonyl)oxy]phenyl}-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid 分子量: 363.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₀FNO₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 121541 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.031 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5861 / CC_1/2: 0.872 / CC star: 0.965 / R_pim(I) all: 0.269 / R_sym value: 0.611 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→40.552 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1883	2000	1.65 %
R_work	0.1641	-	-
obs	0.1645	121441	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.552 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7055	0	104	676	7835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7695
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.832	10493
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.097	6132
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1080
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6929	0.2603	136	0.2362	8133	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6929-1.7387	0.224	141	0.2096	8422	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7387-1.7899	0.2048	142	0.1877	8472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7899-1.8476	0.1902	142	0.1708	8475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8476-1.9137	0.1763	142	0.1683	8457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9137-1.9903	0.2519	142	0.1686	8484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9903-2.0809	0.2141	142	0.1558	8498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0809-2.1906	0.1949	143	0.1574	8519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1906-2.3278	0.1659	141	0.1575	8480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3278-2.5075	0.1885	144	0.1633	8564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5075-2.7598	0.2007	144	0.1681	8586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7598-3.159	0.1943	144	0.1682	8608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.159-3.9795	0.1767	146	0.1532	8692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9795-40.5	0.1655	151	0.1557	9051	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5323	-0.2467	0.2063	1.1235	-0.4161	1.6248	-0.0753	-0.208	0.0967	0.0902	0.0397	0.0853	-0.0942	-0.1989	0.0368	0.1151	0.0257	-0.003	0.1299	-0.0072	0.1207	1.688	-0.1974	-35.5837
2	1.4151	0.024	0.3408	1.0646	0.0301	2.21	-0.1236	0.0323	0.2304	-0.0604	0.0203	0.1114	-0.286	-0.2837	0.0663	0.0851	0.0155	-0.0195	0.0888	0.0063	0.1516	5.2393	3.3743	-47.3882
3	1.9586	-0.4245	-0.0564	1.2242	-0.197	1.9485	0.0435	0.13	-0.1306	-0.1009	-0.0369	0.1221	0.1479	-0.1797	0.0117	0.0969	-0.0311	-0.0282	0.1029	0.0056	0.1141	1.4244	-8.4162	-53.8331
4	2.9432	0.5365	0.2273	3.5165	-0.4569	1.9144	-0.0171	0.3531	-0.3677	-0.3268	-0.0312	-0.1054	0.548	0.2834	0.0962	0.2103	0.0542	0.0052	0.1845	-0.0337	0.2017	21.0148	-20.1327	-51.5192
5	1.0202	-0.0092	0.403	0.1971	-0.0304	1.2212	0.0429	-0.0438	-0.1381	0.0228	-0.0228	-0.008	0.2746	0.0856	-0.012	0.1443	0.0079	-0.0028	0.0907	0.0217	0.1447	17.9802	-15.1701	-40.1151
6	1.7317	-0.0519	-0.0005	0.4792	-0.2658	4.9084	0.0317	-0.039	0.0395	0.1267	-0.0818	-0.0233	-0.1055	0.3131	0.0593	0.0928	0.0039	-0.0035	0.1398	0.0095	0.1688	24.4286	-9.1588	-35.1487
7	1.6355	-0.0024	0.6836	1.0382	-0.5271	2.5619	-0.016	0.3332	0.1885	-0.0945	-0.1973	-0.2031	-0.2147	0.5216	0.0882	0.157	-0.0454	0.0049	0.3048	0.1229	0.1912	13.5587	11.2332	-89.6069
8	1.5417	-0.3859	0.2807	1.0824	-0.7095	1.2993	-0.0563	0.1102	0.1239	0.0877	-0.1617	-0.2081	-0.1074	0.5538	0.1644	0.1217	-0.011	-0.0101	0.2775	0.0887	0.1758	14.9051	5.7549	-76.7418
9	1.5452	0.6524	0.4315	1.9507	0.5962	2.7644	0.083	-0.0659	-0.27	0.1186	-0.1115	-0.1362	0.4842	0.1442	0.0234	0.1755	0.0543	0.0049	0.2049	0.0843	0.175	9.0574	-6.8132	-75.6479
10	1.7007	-0.1865	0.5397	1.5524	-0.2909	2.867	0.062	-0.1489	-0.3897	-0.0229	0.0202	0.0698	0.7558	-0.4429	-0.0391	0.2505	-0.076	0.0063	0.2556	0.0253	0.2188	-6.3427	-9.8715	-87.5669
11	0.9472	-0.0039	0.5493	0.3541	-0.3263	2.6087	0.0554	0.0946	-0.2023	-0.114	-0.0388	-0.0171	0.4514	-0.0984	-0.0211	0.184	0.002	0.0151	0.181	0.0189	0.1718	-1.3484	-5.5489	-89.8886
12	1.4338	0.2432	-0.4675	0.713	-1.3538	4.9475	-0.0217	0.0358	-0.01	-0.0396	0.0344	0.0478	-0.1457	-0.5334	0.0155	0.0927	0.01	-0.0024	0.2736	0.0037	0.173	-8.589	2.6509	-94.7167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 285 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 286 through 318 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 319 through 382 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 383 through 436 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 437 through 548 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 549 through 607 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 162 through 285 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 286 through 344 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 345 through 382 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 383 through 452 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 453 through 548 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 549 through 608 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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