PDB-8uzv: Structure of TDP1 catalytic domain complexed with compound IB02

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uzv

タイトル

Structure of TDP1 catalytic domain complexed with compound IB02

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / phosphodiesterase / drug target / cancer / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / single strand break repair / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.846 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Barakat, I. / Wang, W. / Agama, K. / Al Mahmud, M.R. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of TDP1 catalytic domain complexed with compound IB02
著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Barakat, I. / Wang, W. / Agama, K. / Al Mahmud, M.R. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.

履歴

登録	2023年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uzv.cif.gz	389.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uzv.ent.gz	316.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.790, 104.808, 193.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1

分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 610分子

#2: 化合物	ChemComp-Y9G / 8-{[2-(fluorosulfonyl)ethyl]amino}-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid 分子量: 314.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁FN₂O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.846→50 Å / Num. obs: 87230 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.046 / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4283 / CC_1/2: 0.773 / CC star: 0.934 / R_sym value: 0.882

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.846→43.802 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1933	2000	2.3 %
R_work	0.1627	-	-
obs	0.1634	87141	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.846→43.802 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7066	0	89	597	7752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	10463
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.337	6139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1079
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1336

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.892	0.2677	125	0.2104	5303	X-RAY DIFFRACTION	88
1.892-1.9432	0.2456	141	0.1931	6060	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9432-2.0004	0.1996	144	0.1836	6077	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0004-2.0649	0.2123	141	0.1752	6049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0649-2.1387	0.2172	143	0.1665	6049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1387-2.2243	0.2218	143	0.1645	6082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2243-2.3256	0.1908	142	0.1606	6076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3256-2.4482	0.1788	144	0.1605	6111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4482-2.6015	0.2163	143	0.1633	6116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6015-2.8024	0.1973	144	0.1696	6124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8024-3.0843	0.1958	145	0.1733	6168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0843-3.5305	0.2091	146	0.1621	6186	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5305-4.4473	0.1483	146	0.1401	6239	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4473-43.8	0.1885	153	0.159	6501	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.879	-0.1917	0.1504	1.1117	-0.2575	1.7164	-0.0559	-0.2307	0.1154	0.0688	-0.0091	0.0718	-0.0987	-0.1915	0.058	0.1349	0.0292	-0.0077	0.1276	-0.0126	0.1542	1.5515	0.3171	-35.81
2	1.3332	0.258	0.3608	0.6421	-0.0328	2.3562	-0.0715	0.0211	0.1502	-0.079	0.0382	0.1686	-0.1216	-0.2599	0.0078	0.106	0.0211	-0.0179	0.0956	0.0042	0.1836	0.762	-0.0914	-48.3479
3	1.557	-0.3996	0.4201	1.5342	-0.5542	1.7351	0.092	0.2379	-0.2757	-0.2089	-0.0503	0.0033	0.3532	0.1105	-0.0036	0.1851	-0.0041	-0.0055	0.1364	-0.0229	0.1968	14.1192	-15.9285	-53.4358
4	0.9465	-0.0492	0.3501	0.1232	0.0549	1.2882	0.0351	-0.0887	-0.1273	0.0283	-0.0195	-0.0006	0.216	0.0525	-0.0138	0.1374	0.0016	-0.0079	0.0964	0.0242	0.1731	17.8864	-14.9848	-40.1387
5	2.3535	0.548	0.0351	0.4822	-0.6045	4.7162	0.0711	0.0508	0.2329	0.1213	-0.1576	-0.0439	-0.4591	0.6073	0.1038	0.1449	-0.0208	0.0169	0.1864	0.0114	0.2339	26.9817	-5.0212	-42.8596
6	1.0089	2.0981	0.7039	6.7169	1.9303	4.7338	0.1575	-0.4897	-0.0668	0.7161	-0.2087	0.3268	0.6358	-0.5004	0.0204	0.232	-0.0412	0.0318	0.3505	0.1004	0.2025	18.2386	-17.967	-18.4202
7	1.666	0.1365	0.3436	0.8592	-0.3845	2.4648	-0.0348	0.3389	0.2276	-0.0692	-0.1686	-0.1989	-0.2079	0.4636	0.0917	0.1772	-0.023	0.0053	0.2945	0.1344	0.2302	12.4482	11.1421	-89.4942
8	2.4971	-1.6074	-1.3139	2.9868	-0.8812	3.8898	-0.0846	0.1589	0.1508	0.2814	-0.1833	-0.4214	-0.0834	0.4578	0.1969	0.1327	0.0076	-0.0478	0.2579	0.0982	0.2397	17.0807	2.9463	-70.4838
9	1.1022	0.1035	0.6396	0.8508	-0.0574	2.4438	0.1332	-0.032	-0.2114	0.0552	-0.108	-0.0344	0.5265	0.0749	-0.0281	0.2178	0.0498	0.0164	0.1919	0.0531	0.2275	5.628	-7.8901	-79.7373
10	2.5045	0.2287	0.8953	2.5496	-1.4839	5.6359	0.0332	-0.0436	-0.2956	-0.1138	0.1719	0.049	0.6835	-0.6236	-0.2126	0.1506	-0.023	0.0107	0.2454	-0.0163	0.1889	-8.0419	-4.968	-92.0552
11	0.9498	0.1239	0.5731	0.5566	-0.463	2.6135	0.043	0.1274	-0.1722	-0.137	-0.0392	-0.0566	0.4772	-0.0541	-0.0089	0.2087	0.015	0.0221	0.2029	0.0187	0.2004	-1.2195	-5.5936	-90.1131
12	1.189	0.3007	-0.128	0.4954	-1.322	6.8111	-0.0392	0.0691	-0.026	-0.0133	0.0167	0.0409	-0.171	-0.4608	0.037	0.1079	0.018	0.0025	0.2576	0.0133	0.2147	-8.472	2.5793	-94.887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 280 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 281 through 344 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 345 through 436 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 437 through 548 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 549 through 588 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 589 through 608 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 162 through 303 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 304 through 330 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 331 through 421 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 422 through 452 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 453 through 548 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 549 through 608 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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