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- PDB-8uzt: Mitochondrial single-stranded binding protein bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uzt
タイトルMitochondrial single-stranded binding protein bound to DNA
要素
  • Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
  • dTDNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / single-stranded binding protein / DNA BINDING PROTEIN / mitochondrial SSB / SSB / mitochondrial replication protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of helicase activity / positive regulation of mitochondrial DNA replication / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / : / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / enzyme activator activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding ...positive regulation of helicase activity / positive regulation of mitochondrial DNA replication / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / : / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / enzyme activator activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / DNA replication / mitochondrial matrix / chromatin binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Riccio, A.A. / Pedersen, L.C. / Bouvette, J. / Borgnia, J.M. / Copeland, W.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065078 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065078 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIC ES 103326 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structures of the mitochondrial single-stranded DNA binding protein with DNA and DNA polymerase γ.
著者: Amanda A Riccio / Jonathan Bouvette / Lars C Pedersen / Shruti Somai / Robert C Dutcher / Mario J Borgnia / William C Copeland /
要旨: The mitochondrial single-stranded DNA (ssDNA) binding protein, mtSSB or SSBP1, binds to ssDNA to prevent secondary structures of DNA that could impede downstream replication or repair processes. ...The mitochondrial single-stranded DNA (ssDNA) binding protein, mtSSB or SSBP1, binds to ssDNA to prevent secondary structures of DNA that could impede downstream replication or repair processes. Clinical mutations in the SSBP1 gene have been linked to a range of mitochondrial disorders affecting nearly all organs and systems. Yet, the molecular determinants governing the interaction between mtSSB and ssDNA have remained elusive. Similarly, the structural interaction between mtSSB and other replisome components, such as the mitochondrial DNA polymerase, Polγ, has been minimally explored. Here, we determined a 1.9-Å X-ray crystallography structure of the human mtSSB bound to ssDNA. This structure uncovered two distinct DNA binding sites, a low-affinity site and a high-affinity site, confirmed through site-directed mutagenesis. The high-affinity binding site encompasses a clinically relevant residue, R38, and a highly conserved DNA base stacking residue, W84. Employing cryo-electron microscopy, we confirmed the tetrameric assembly in solution and capture its interaction with Polγ. Finally, we derived a model depicting modes of ssDNA wrapping around mtSSB and a region within Polγ that mtSSB binds.
履歴
登録2023年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
A: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
G: dTDNA
C: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
D: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9897
ポリマ－76,8745
非ポリマー1152
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9620 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.201, 135.201, 78.081
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4

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要素

#1: タンパク質
Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial


分子量: 17708.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSBP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04837
#2: DNA鎖 dTDNA


分子量: 6038.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 and 200 mM sodium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.81 Å / Num. obs: 55728 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 35.06 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 55728 / CC1/2: 0.813

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→33.81 Å / SU ML: 0.2197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.2076
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 1953 3.5 %
Rwork0.1847 53772 -
obs0.1855 55725 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3325 337 7 233 3902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84715183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0584586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.34251430
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.31251280.33023397X-RAY DIFFRACTION87.56
1.95-20.25341320.25053622X-RAY DIFFRACTION92.69
2-2.060.22731340.21773695X-RAY DIFFRACTION94.89
2.06-2.130.24141350.19423750X-RAY DIFFRACTION96.16
2.13-2.20.22441350.1893787X-RAY DIFFRACTION96.67
2.2-2.290.21121390.19513833X-RAY DIFFRACTION97.54
2.29-2.390.24551390.2023809X-RAY DIFFRACTION98.01
2.39-2.520.25311430.19853915X-RAY DIFFRACTION98.54
2.52-2.680.21441390.1963852X-RAY DIFFRACTION98.84
2.68-2.880.20561420.19133929X-RAY DIFFRACTION99.24
2.88-3.170.22561430.19753951X-RAY DIFFRACTION99.61
3.17-3.630.19181440.16794000X-RAY DIFFRACTION99.69
3.63-4.580.16081460.15154033X-RAY DIFFRACTION99.71
4.58-33.810.21411540.18684199X-RAY DIFFRACTION99.04
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.72222202139-1.251666974181.69258967283.096444234421.592987078942.09212521512-0.278136800189-0.32860229135-0.4654146802370.2778127840430.00645373238146-0.222928930612-0.30487704326-0.4077456856180.2316183040280.298941854473-0.05538342011690.06639793287160.339078818099-0.08654511618360.39049177533645.095830253535.5970615076-20.3630621538
23.019807846531.74089253571-1.265990849728.48593888741-0.005738552146993.56963143895-0.2126147552180.239552277391-0.530661126194-0.4902181095070.202967064838-0.2563465295060.4273905624740.1069398595010.04366084432490.2703836237020.01071322741650.03105618680090.354641198275-0.1029583532840.30660570242548.801649912428.800612643-42.1558670789
38.887446272195.54512998179-0.6331321832913.72906182087-0.7503275168473.5659838202-0.09021639445170.2415334239760.0832047720406-0.1689627584460.0574925118201-0.271630384335-0.3246579852850.3933098081320.04167099307370.338103011827-0.0221244663810.06400889322220.379318976117-0.06916564273420.32182797116957.21951229639.180867977-41.7009426478
42.87897845353-0.3780973607540.7855219810724.69637863542-3.058999810967.39205972509-0.007304140200150.203358962846-0.237908821186-0.1766907238360.1108616556110.1371900023830.634000200376-0.343777319521-0.115190926750.341293860787-0.08868697984490.05195336896170.34009759215-0.1210178867940.36079685907139.710465806727.6359741718-42.6586086255
52.785450293510.212955495767-2.18095907836.5219814094-3.635285319163.52379614118-0.4799243712861.40600415618-1.16258608735-1.674381560120.271642366134-0.4478806068830.465148132343-0.6464419349780.2484165881690.54023198339-0.09413914114560.08624586203860.499794946127-0.1988673989190.36248779323647.79639290934.8548595202-51.3218066876
63.05998418992-0.08974871186270.1098402924214.55935184708-2.086190945267.664207722340.0388745837916-0.0906792698846-0.5204035691680.00753229778998-0.0274999881705-0.1656094215220.4715807504890.67454518532-0.02922656191990.326752446402-0.02074096834750.05657637463390.355323922456-0.1149958627580.37303383397753.291103666531.808401198-33.7714959066
77.64624414038-2.502418107863.210249664053.82579473592-3.812686543614.399178529810.1178167889840.247459086924-0.0500723785558-0.17952201379-0.1448663194540.1698151669440.1532118658310.0958544104512-0.07513916501460.375581898766-0.0514368616790.03791672435760.29470057488-0.1240289819590.28019373457644.064245115736.8306236379-41.1234566789
82.50182315367-0.2035839558720.6178503360531.92290331847-0.04102851679954.20222948947-0.0682662483408-0.115766819223-0.0237296928065-0.0370653235876-0.00574142450216-0.272873175153-0.2570345583880.442015263214-0.02550482225340.297613244187-0.06546996182090.05360904908770.365279892127-0.06187090492580.2917362626556.836087274541.9519727359-25.7764443429
93.8203563943-1.48409849961-3.298154791852.125235556160.4358709023563.329051172850.08906492560440.172688883560.610085131936-0.1141665372420.248979980616-1.48064476665-0.4554871217171.31355417911-0.09268035590640.417734018692-0.1205865956810.2856296504991.03226855029-0.1567815547610.87326630860376.412501241945.9449738072-24.3751526771
107.097253675842.325807772410.3747011972623.401829339661.599446718656.140502112030.0938887863346-0.664911214551-0.2162779375230.348485122598-0.0803448262196-0.2592800487510.03808792636210.5369299333830.02324175994390.2610551688930.02925587557580.01470349827640.456852268887-0.0242234967890.23313793883759.315128411739.5807309883-18.1961400612
115.513733396890.0376677134777-0.4562543531593.12750091655-1.606492971262.037959258470.01577167981410.0407879898277-0.650384662254-0.0923832587935-0.245229840812-0.5473431570360.141502589470.3560900719350.1765960883630.240407824063-0.03601219771360.02429858103450.360052961463-0.03394892388050.41078966507761.807442563837.9647560928-26.5069101661
123.17793742364-1.68129861875-3.028964120459.54927463111.954765697463.13319022348-0.8746975144030.0992474138445-0.9610640870680.792102868480.22608682087-0.7538025621921.472922863071.228319803240.4560615559050.5897826864980.1797954904170.06680988122990.8393026785420.1861995652470.60127789986460.087784040728.3930617409-14.3157592266
135.293623633241.33918513832-1.897508637181.754366803-0.1882550603622.19660917972-0.187871052598-0.692117121249-0.8178727403380.5464149682010.0504087636439-0.1298030237340.08028029634060.449164626270.1202208356840.4291548077860.02212934314470.08932678868790.379547878420.03116573187950.47017819097935.501824693933.7466293499-12.4599398561
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 26 through 32 )BA26 - 321 - 7
22chain 'B' and (resid 33 through 53 )BA33 - 538 - 28
33chain 'B' and (resid 54 through 89 )BA54 - 8929 - 54
44chain 'B' and (resid 90 through 101 )BA90 - 10155 - 66
55chain 'B' and (resid 102 through 106 )BA102 - 10667 - 71
66chain 'B' and (resid 107 through 130 )BA107 - 13072 - 88
77chain 'B' and (resid 131 through 142 )BA131 - 14289 - 100
88chain 'A' and (resid 26 through 46 )AC26 - 461 - 21
99chain 'A' and (resid 47 through 53 )AC47 - 5322 - 28
1010chain 'A' and (resid 54 through 106 )AC54 - 10629 - 66
1111chain 'A' and (resid 107 through 142 )AC107 - 14267 - 102
1212chain 'G' and (resid 3 through 7 )GD3 - 7
1313chain 'G' and (resid 8 through 12 )GD8 - 12
1414chain 'G' and (resid 13 through 19 )GD13 - 19
1515chain 'C' and (resid 26 through 46 )CE26 - 461 - 21
1616chain 'C' and (resid 47 through 53 )CE47 - 5322 - 28
1717chain 'C' and (resid 54 through 89 )CE54 - 8929 - 55
1818chain 'C' and (resid 90 through 106 )CE90 - 10656 - 72
1919chain 'C' and (resid 107 through 141 )CE107 - 14173 - 107
2020chain 'D' and (resid 22 through 43 )DF22 - 431 - 22
2121chain 'D' and (resid 44 through 89 )DF44 - 8923 - 53
2222chain 'D' and (resid 90 through 143 )DF90 - 14354 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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