PDB-8uzn: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uzn

タイトル

Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (AMP bound)

要素

Betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB)

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (AMP bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2023年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uzn.cif.gz	757.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uzn.ent.gz	627.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uzn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8uzn_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uzn_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8uzn_validation.xml.gz	69.7 KB	表示
CIF形式データ	8uzn_validation.cif.gz	96.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzn	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (7)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (7)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

C: Betaine aldehyde dehydrogenase

D: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.883, 100.503, 123.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Betaine aldehyde dehydrogenase 分子量: 54062.281 Da / 分子数: 4 / 変異: V62A, Q485P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア) 株: KCTC 2190 / 遺伝子: betB_3 / プラスミド: KlaeA.00020.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A447LC14
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: JCSG+ G8: 20% PEG 3350, 0.15 M DL-malic acid, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13677, well G8 drop 1. Overnight soak with 10mM AMP in crystallant. Puck: PSL-0503, Cryo: 30% PEG3350 + 70% crystallant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月9日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→123.07 Å / Num. obs: 109052 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 435688
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Num. measured all: 33712 / Num. unique obs: 8000 / CC_1/2: 0.748 / R_pim(I) all: 0.443 / R_rim(I) all: 0.925 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→123.07 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	5201	4.78 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.187	108806	97.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→123.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14757	0	96	529	15382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	15359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.783	20902
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.989	5684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	2366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2731

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.17	0.306	184	0.2866	3384	X-RAY DIFFRACTION	97
2.17-2.2	0.3598	183	0.28	3408	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2-2.23	0.3359	158	0.2817	3435	X-RAY DIFFRACTION	97
2.23-2.26	0.347	178	0.2801	3438	X-RAY DIFFRACTION	98
2.26-2.28	0.2773	181	0.2643	3437	X-RAY DIFFRACTION	98
2.28-2.32	0.3037	179	0.245	3389	X-RAY DIFFRACTION	98
2.32-2.35	0.2569	180	0.2345	3436	X-RAY DIFFRACTION	98
2.35-2.38	0.2597	178	0.2248	3471	X-RAY DIFFRACTION	98
2.38-2.42	0.2974	160	0.227	3428	X-RAY DIFFRACTION	98
2.42-2.46	0.2681	178	0.2227	3428	X-RAY DIFFRACTION	98
2.46-2.5	0.2546	188	0.2144	3428	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5-2.55	0.2528	176	0.2118	3446	X-RAY DIFFRACTION	98
2.55-2.6	0.2425	179	0.2084	3430	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6-2.65	0.2563	165	0.2111	3489	X-RAY DIFFRACTION	98
2.65-2.71	0.2729	195	0.2203	3437	X-RAY DIFFRACTION	98
2.71-2.77	0.279	180	0.2336	3420	X-RAY DIFFRACTION	98
2.77-2.84	0.3035	180	0.2303	3462	X-RAY DIFFRACTION	98
2.84-2.92	0.2919	163	0.2241	3461	X-RAY DIFFRACTION	98
2.92-3	0.2618	160	0.2187	3524	X-RAY DIFFRACTION	98
3-3.1	0.2485	137	0.2151	3484	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1-3.21	0.248	158	0.2088	3456	X-RAY DIFFRACTION	98
3.21-3.34	0.2567	152	0.2083	3481	X-RAY DIFFRACTION	98
3.34-3.49	0.2487	165	0.2061	3447	X-RAY DIFFRACTION	98
3.49-3.68	0.1959	174	0.1843	3464	X-RAY DIFFRACTION	98
3.68-3.91	0.1667	192	0.1638	3390	X-RAY DIFFRACTION	97
3.91-4.21	0.1696	169	0.1438	3461	X-RAY DIFFRACTION	97
4.21-4.63	0.1508	161	0.1242	3510	X-RAY DIFFRACTION	99
4.63-5.3	0.153	178	0.13	3525	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3-6.68	0.1608	185	0.1647	3504	X-RAY DIFFRACTION	99
6.68-123.07	0.1606	185	0.1515	3532	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0439	-0.0609	-0.0297	0.0832	0.0379	0.0357	0.0193	0.0051	-0.3295	-0.145	-0.1202	-0.3679	0.1004	0.3549	-0	0.3498	0.0252	0.0857	0.4203	0.0466	0.4599	93.5222	-13.45	19.3778
2	0.068	-0.0717	-0.0759	0.1903	0.0487	0.2437	-0.0805	0.0035	-0.2061	-0.2303	-0.0795	-0.2351	0.0391	0.137	-0.0026	0.2969	0.0042	-0.0137	0.3377	0.0234	0.3341	83.1405	-10.945	22.5433
3	0.084	0.0254	-0.0372	0.0563	-0.0416	0.0271	0.1627	0.0603	0.1221	-0.0854	-0.0834	0.1382	-0.0479	0.0496	0	0.3743	-0.0303	-0.0321	0.3406	-0.0179	0.302	76.8581	8.0068	25.7917
4	0.1231	0.0835	-0.0585	0.179	0.0651	0.1968	0.1897	-0.0868	0.3094	-0.0036	-0.0201	-0.0083	-0.3671	0.1719	0.1156	0.4169	-0.096	0.0493	0.2703	0.0196	0.3661	79.0264	18.3607	30.971
5	0.1223	-0.012	-0.1443	0.0074	0.0148	0.1333	-0.0442	0.129	-0.1021	-0.0607	-0.0718	-0.0123	-0.086	-0.1028	0	0.3422	0	-0.0142	0.3369	-0.0189	0.3357	66.0403	-11.5151	20.6609
6	0.0632	0.0626	0.0472	0.0666	0.0764	0.0511	-0.0279	0.2075	-0.1039	-0.0219	0.035	0.4493	0.0026	-0.2504	0.0001	0.2981	-0.0477	0.0692	0.3914	-0.041	0.5448	26.5898	-23.9527	37.3498
7	0.0746	0.0773	-0.0502	0.2434	0.0156	0.0392	-0.1016	0.1137	-0.1559	0.0514	-0.0065	0.0915	0.0941	-0.2184	-0.0003	0.3023	-0.0112	0.0141	0.3324	-0.0084	0.3752	37.057	-20.1558	37.871
8	0.0777	0.0183	-0.0017	0.0032	-0.006	0.0739	0.0105	-0.1083	-0.0975	0.0689	-0.0141	0.0086	0.0485	0.0572	-0	0.3602	0.0267	0.0487	0.3337	-0.0096	0.35	43.7144	-9.1513	53.6993
9	0.0569	-0.039	-0.0247	0.022	0.0271	0.0564	0.011	-0.2357	0.0698	0.2719	-0.0234	0.2429	-0.0844	-0.1355	-0	0.4212	0.0414	0.1033	0.4467	-0.0069	0.4158	33.5869	1.8152	61.8204
10	0.2391	0.1153	-0.0449	0.1257	0.0765	0.1059	-0.046	-0.1895	-0.1095	0.1275	0.0274	0.0261	0.0708	-0.0134	0	0.343	0.0116	0.0046	0.337	0.0209	0.2761	50.8686	-10.021	51.1831
11	0.0651	-0.0748	-0.0285	0.0936	0.0233	0.0318	0.0112	0.2262	0.0577	-0.1242	-0.0471	0.0385	-0.0647	-0.0949	-0.0516	0.5547	0.2341	-0.006	0.838	0.1902	0.3374	45.8518	4.9037	-6.5022
12	0.0183	-0.0077	-0.0143	0.0338	0.0415	0.0329	0.014	0.109	0.1806	0.0373	-0.0362	-0.1065	-0.1625	-0.2169	-0	0.3394	0.0646	-0.0016	0.4283	0.0616	0.3588	46.5392	2.8453	15.4849
13	0.3083	-0.0584	-0.1765	0.0991	0.0931	0.2128	0.0873	0.3519	0.0203	0.0265	-0.0797	-0.0182	-0.1119	-0.1741	0.049	0.2735	0.0711	-0.0375	0.4991	0.0234	0.2182	51.5829	-4.0813	10.1747
14	0.2164	-0.1258	0.1367	0.0745	-0.0879	0.1186	-0.0658	0.3245	-0.0812	-0.0971	-0.1402	0.0469	0.0107	-0.1984	-0.0813	0.3664	-0.0381	0.0112	0.6019	-0.2174	0.3904	61.3902	-19.2355	0.5531
15	0.0606	0.014	-0.006	0.0102	0.0156	0.0237	-0.1112	0.3606	-0.2673	-0.2224	-0.0696	-0.0571	0.0612	-0.3701	-0.404	0.4056	-0.0827	0.05	0.8743	-0.5757	0.2046	59.1444	-26.4673	-11.7489
16	0.1787	0.0765	-0.1273	0.0328	-0.0264	0.1218	-0.0906	0.1619	-0.1759	-0.0184	0.0544	-0.0319	-0.055	0.0006	-0.0001	0.3027	-0.0317	-0.0087	0.3574	-0.0885	0.312	64.4999	-17.2193	15.985
17	0.0099	-0.0218	0.0167	0.1277	0.0202	0.0721	0.0264	-0.4767	-0.3215	0.1306	-0.0428	-0.1341	0.2151	-0.1328	0.129	0.4783	0.0122	-0.0588	0.6603	0.2898	0.4315	74.1515	-30.1156	58.2045
18	0.2706	0.023	0.2445	0.224	-0.1616	0.4341	0.1018	-0.4931	-0.1895	-0.0563	-0.1135	-0.0029	0.1281	-0.0096	-0.3297	0.338	0.065	-0.0156	0.423	0.3338	0.4051	68.8411	-29.0068	49.0489
19	0.4427	-0.0203	0.2759	0.051	0.0501	0.2387	0.0807	-0.2895	-0.2746	-0.0544	0.12	-0.0023	0.2425	-0.2234	0.0713	0.6843	-0.0857	-0.0158	0.2303	0.1759	0.8289	58.9497	-44.165	39.5133
20	0.0655	0.0636	0.0225	0.0649	0.0065	-0.007	-0.0346	-0.0463	-0.1747	0.0626	-0.0012	0.0303	0.2489	-0.0256	-0.1337	1.1758	0.0065	-0.0307	0.2228	0.3056	1.1042	65.5195	-59.9857	39.1235
21	0.0218	-0.0167	-0.0111	0.0224	-0.0003	0.053	-0.1316	0.0309	-0.0932	0.1124	-0.0206	0.0106	0.1847	-0.0525	-0.0884	0.9404	-0.3109	-0.0421	0.2522	0.2606	1.1163	55.118	-55.9061	36.2396
22	0.207	-0.1077	0.1687	0.4398	-0.1133	0.2905	-0.0761	-0.1796	-0.2823	0.1793	0.0658	0.151	0.1379	-0.2185	-0.0323	0.2848	-0.0675	0.0375	0.1782	0.0789	0.4721	55.7932	-29.0432	34.7046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 230 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 231 through 290 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 291 through 441 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 442 through 490 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 3 through 81 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 82 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 231 through 290 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 291 through 363 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 364 through 490 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 3 through 42 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 43 through 81 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 82 through 230 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 231 through 290 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 291 through 409 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 410 through 490 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 5 through 81 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 82 through 230 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 231 through 290 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 291 through 363 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 364 through 409 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 410 through 490 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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