PDB-8uzd: The structure of IpCS3, a theobromine methyltransferase from Yerb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uzd

タイトル

The structure of IpCS3, a theobromine methyltransferase from Yerba Mate

要素

IpCS3

キーワード

PLANT PROTEIN / yerba mate / methyltransferase

機能・相同性

CAFFEINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

機能・相同性情報

生物種

Ilex paraguariensis (パラグアイチャ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.721 Å

データ登録者

Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Yerba mate ( Ilex paraguariensis ) genome provides new insights into convergent evolution of caffeine biosynthesis.
著者: Vignale, F.A. / Hernandez Garcia, A. / Modenutti, C.P. / Sosa, E.J. / Defelipe, L.A. / Oliveira, R. / Nunes, G.L. / Acevedo, R.M. / Burguener, G.F. / Rossi, S.M. / Zapata, P.D. / Marti, D.A. ...

履歴

登録	2023年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2024年1月24日	ID: 8T2G
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.2	2025年1月22日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uzd.cif.gz	149.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uzd.ent.gz	112.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IpCS3

B: IpCS3

ヘテロ分子

82.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IpCS3

ヘテロ分子

B: IpCS3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.675, 82.675, 226.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 26 - 366 / Label seq-ID: 26 - 366

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	IpCS3 分子量: 40816.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ilex paraguariensis (パラグアイチャ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン分子量: 194.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化	温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NH4SO4, 0.1 M Bis Tris methane pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月17日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→37.001 Å / Num. obs: 21910 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 25.79
反射シェル	解像度: 2.72→2.82 Å / Num. unique obs: 2122 / CC_1/2: 0.878

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.721→37.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 13.584 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.348 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	1083	4.943 %
R_work	0.1937	20826	-
all	0.197	-	-
obs	-	21909	99.9 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.035 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.035 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.721→37.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5292	0	0	48	5340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	5407
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.112	1.633	7332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.444	5	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.542	23.385	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.625	15	939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.968	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	3692
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.027	6.2	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.415	9.29	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.487	6.428	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.889	9.476	4028
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.247	83.369	7870
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	10370

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08362	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08362	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.721-2.791	0.369	78	0.284	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.791-2.868	0.387	59	0.281	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.951	0.36	69	0.258	1445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.951-3.041	0.351	72	0.237	1376	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.141	0.28	67	0.236	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.141-3.251	0.306	64	0.234	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.251-3.373	0.258	67	0.217	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.373-3.511	0.281	60	0.206	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
3.511-3.667	0.261	65	0.202	1167	X-RAY DIFFRACTION	100
3.667-3.845	0.219	56	0.203	1135	X-RAY DIFFRACTION	100
3.845-4.053	0.252	60	0.183	1070	X-RAY DIFFRACTION	100
4.053-4.298	0.226	49	0.183	1032	X-RAY DIFFRACTION	99.9076
4.298-4.593	0.197	55	0.159	965	X-RAY DIFFRACTION	99.9021
4.593-4.96	0.244	50	0.155	883	X-RAY DIFFRACTION	100
4.96-5.431	0.233	45	0.166	848	X-RAY DIFFRACTION	100
5.431-6.069	0.224	41	0.172	762	X-RAY DIFFRACTION	100
6.069-7	0.206	43	0.194	675	X-RAY DIFFRACTION	100
7-8.556	0.222	49	0.156	581	X-RAY DIFFRACTION	100
8.556-12.027	0.135	20	0.136	488	X-RAY DIFFRACTION	100
12.027-37.001	0.341	14	0.241	283	X-RAY DIFFRACTION	93.6909

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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