+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uzd | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of IpCS3, a theobromine methyltransferase from Yerba Mate | |||||||||
要素 | IpCS3 | |||||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / yerba mate / methyltransferase | |||||||||
機能・相同性 | CAFFEINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Ilex paraguariensis (パラグアイチャ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.721 Å | |||||||||
データ登録者 | Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Yerba mate (Ilex paraguariensis) genome provides new insights into convergent evolution of caffeine biosynthesis 著者: Vignale, F.A. / Hernandez Garcia, A. / Modenutti, C.P. / Sosa, E.J. / Defelipe, L.A. / Oliveira, R.R.M. / Nunes, G.L. / Acevedo, R.M. / Burguener, G.F. / Rossi, M. / Zapata, P.D. / Marti, D.A. ...著者: Vignale, F.A. / Hernandez Garcia, A. / Modenutti, C.P. / Sosa, E.J. / Defelipe, L.A. / Oliveira, R.R.M. / Nunes, G.L. / Acevedo, R.M. / Burguener, G.F. / Rossi, M. / Zapata, P.D. / Marti, D.A. / Oliveira, G. / Smith, M.N. / Dubs, N.M. / Nair, S.K. / Barkman, T.J. / Turjanski, A.G. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uzd.cif.gz | 149.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8uzd.ent.gz | 112.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uzd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uzd_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8uzd_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uzd_validation.xml.gz | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uzd_validation.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 26 - 366 / Label seq-ID: 26 - 366
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40816.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ilex paraguariensis (パラグアイチャ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NH4SO4, 0.1 M Bis Tris methane pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月17日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.72→37.001 Å / Num. obs: 21910 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 25.79 |
反射 シェル | 解像度: 2.72→2.82 Å / Num. unique obs: 2122 / CC1/2: 0.878 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.721→37.001 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 13.584 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.348 / 詳細: Hydrogens have not been used
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.37 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.721→37.001 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|