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- PDB-8uz8: Crystal Structure of CiaD from Campylobacter jejuni (C-terminal f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uz8
タイトルCrystal Structure of CiaD from Campylobacter jejuni (C-terminal fragment, Orthorhombic P form)
要素2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / CiaD
機能・相同性: / CiaD-like protein / host cell cytosol / extracellular region / 1,4-BUTANEDIOL / : / Campylobacter invasion antigen D
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of CiaD from Campylobacter jejuni (C-terminal fragment, Orthorhombic P form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P. / Buchko, G.W.
履歴
登録2023年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
B: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7376
ポリマ－46,4662
非ポリマー2714
水724
1
A: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4684
ポリマ－23,2331
非ポリマー2353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2692
ポリマ－23,2331
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.959, 139.933, 21.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase / CiaD


分子量: 23233.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: Cj0788 / プラスミド: CajeA.19923.a.LA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0PAA2
#2: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus Fusion A2: 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000, 0.04M Imidazole; 0.06M MES monohydrate (acid), pH 6.5, 0.02M 1,6-Hexanediol; 0.02M 1-Butanol, 0.02M 1,2-Propanediol; 0.02M 2- ...詳細: Morpheus Fusion A2: 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000, 0.04M Imidazole; 0.06M MES monohydrate (acid), pH 6.5, 0.02M 1,6-Hexanediol; 0.02M 1-Butanol, 0.02M 1,2-Propanediol; 0.02M 2-Propanol; 0.02M 1,4-Butanediol; 0.02M 1,3-Propanediol, 5 mM MnCl2, 5 mM CoCl2 , 5 mM NiCl2, 5 mM Zn(OAc)2 . CajeA.19923.a.LA1.PB00122 at 27 mg/mL. Plate: 13443 well A2, drop 1. Puck: PSL-1703, Cryo: Direct. Mass spectrometry indicated a truncated fragment of the full-length protein ~7,142 Da-7,161 Da. The electron density best fit residues approximately spanning Ser 106-Lys 165.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月9日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→46.96 Å / Num. obs: 5660 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 34581
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Num. measured all: 2472 / Num. unique obs: 394 / CC1/2: 0.892 / Rpim(I) all: 0.337 / Rrim(I) all: 0.851 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→44.52 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 274 4.88 %
Rwork0.2133 --
obs0.2152 5613 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→44.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 0 14 4 980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7521312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.209378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004166
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-3.090.29511330.272597X-RAY DIFFRACTION100
3.09-44.520.23561410.19692742X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.16040.12160.0350.616-0.39410.17660.1517-0.02930.0540.8838-0.15080.19270.0224-0.0982-00.4654-0.04080.04420.4026-0.01270.4702-6.7549-1.927-1.0392
20.6285-0.48380.69590.3799-0.62091.14050.10150.27990.0445-0.7077-0.13330.0313-0.10560.1556-0.00420.671-0.05080.03260.49590.01520.47923.018125.0612-8.1087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 110:165)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 106:165)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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