ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.20.1_4487精密化 | Aimless | | データスケーリング | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→67.17 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.68 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2642 | 816 | 5.01 % |
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Rwork | 0.2453 | - | - |
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obs | 0.2463 | 16289 | 99.96 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→67.17 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2588 | 0 | 0 | 3 | 2591 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 2637 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.124 | 3556 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d4.594 | 355 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.07 | 396 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.012 | 456 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.4-2.55 | 0.4308 | 131 | 0.3974 | 2517 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.55-2.75 | 0.3753 | 114 | 0.3046 | 2550 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.75-3.02 | 0.3705 | 145 | 0.3604 | 2525 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.02-3.46 | 0.323 | 140 | 0.2894 | 2558 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.46-4.36 | 0.2705 | 127 | 0.2385 | 2583 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.36-67.17 | 0.2132 | 159 | 0.2022 | 2740 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 3.9867 | -1.2192 | -1.4935 | 2.8635 | -0.0781 | 2.9702 | 0.0951 | -0.0082 | -0.1368 | -0.0616 | 0.177 | -0.007 | -0.0471 | 0.5313 | 0.5446 | 0.4103 | -0.0384 | -0.006 | 0.8047 | -0.2198 | 0.5881 | -15.3071 | 12.5437 | -11.7868 | 2 | 4.1273 | -0.221 | -1.2768 | 2.3544 | -0.1367 | 2.5459 | -0.3112 | 0.2548 | -0.4851 | 0.3528 | 0.0957 | 0.2618 | 0.2559 | -0.3193 | -0.0017 | 0.4015 | 0.0154 | 0.036 | 0.4885 | -0.061 | 0.5231 | -30.5102 | 16.5354 | 1.25 | 3 | 2.2003 | 1.6655 | -1.1934 | 4.0882 | -0.067 | 3.4284 | 0.4593 | -0.3961 | 0.5287 | 0.3792 | 0.3711 | -0.654 | -0.2849 | 0.8637 | 1.0038 | 0.4312 | -0.0949 | -0.0981 | 0.8312 | -0.3318 | 0.5914 | -14.5489 | 28.8505 | 0.4634 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A'2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'B'3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'C' | | |
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