[日本語] English
万見
- PDB-8uy3: Fem1B with FNIP1 and Tom20 fragment -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uy3
タイトルFem1B with FNIP1 and Tom20 fragment
要素
  • Folliculin-interacting protein 1
  • Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
  • Protein fem-1 homolog B
キーワードPROTEIN BINDING / Fem1B FNP1 ubiquitin / proteasome / reductive stress response / TOM complex electron transport chain mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


Amino acids regulate mTORC1 / tRNA import into mitochondrion / TOM complex / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / mitochondrion targeting sequence binding / positive regulation of B cell apoptotic process / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / regulation of pro-B cell differentiation ...Amino acids regulate mTORC1 / tRNA import into mitochondrion / TOM complex / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / mitochondrion targeting sequence binding / positive regulation of B cell apoptotic process / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / regulation of pro-B cell differentiation / migrasome / negative regulation of lysosome organization / protein-transporting ATPase activity / branching involved in prostate gland morphogenesis / Neddylation / immature B cell differentiation / ATPase inhibitor activity / regulation of DNA damage checkpoint / B cell apoptotic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Mitochondrial protein import / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / death receptor binding / negative regulation of TOR signaling / epithelial cell maturation / protein targeting to mitochondrion / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / protein import into mitochondrial matrix / TOR signaling / positive regulation of TOR signaling / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / sperm midpiece / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to starvation / cell periphery / positive regulation of protein-containing complex assembly / enzyme activator activity / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / mitochondrial outer membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / lysosomal membrane / apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain / Folliculin-interacting protein N-terminus / Folliculin-interacting protein middle domain / Folliculin-interacting protein C-terminus / Tripartite DENN domain, FNIP1/2-type / Tripartite DENN FNIP1/2-type domain profile. / Protein import receptor MAS20, metazoan ...Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain / Folliculin-interacting protein N-terminus / Folliculin-interacting protein middle domain / Folliculin-interacting protein C-terminus / Tripartite DENN domain, FNIP1/2-type / Tripartite DENN FNIP1/2-type domain profile. / Protein import receptor MAS20, metazoan / Protein import receptor MAS20 / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / Folliculin-interacting protein 1 / Protein fem-1 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gee, C.L. / Manford, A.G. / McMinimy, R. / Rape, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Reactive oxygen species control protein degradation at the mitochondrial import gate.
著者: McMinimy, R. / Manford, A.G. / Gee, C.L. / Chandrasekhar, S. / Mousa, G.A. / Chuang, J. / Phu, L. / Shih, K.Y. / Rose, C.M. / Kuriyan, J. / Bingol, B. / Rape, M.
履歴
登録2023年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein fem-1 homolog B
C: Protein fem-1 homolog B
B: Protein fem-1 homolog B
D: Protein fem-1 homolog B
E: Folliculin-interacting protein 1
F: Folliculin-interacting protein 1
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
K: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
H: Folliculin-interacting protein 1
I: Folliculin-interacting protein 1
M: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,61123
ポリマ－205,56211
非ポリマー1,04912
水00
1
A: Protein fem-1 homolog B
E: Folliculin-interacting protein 1
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6967
ポリマ－53,2323
非ポリマー4644
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protein fem-1 homolog B
F: Folliculin-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0945
ポリマ－45,8672
非ポリマー2273
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Protein fem-1 homolog B
K: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
H: Folliculin-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4596
ポリマ－53,2323
非ポリマー2273
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein fem-1 homolog B
I: Folliculin-interacting protein 1
M: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3635
ポリマ－53,2323
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.715, 183.715, 183.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A" and (resid 3 through 235 or resid 237...
d_2ens_1chain "B" and (resid 3 through 235 or resid 237...
d_3ens_1chain "C" and (resid 3 through 235 or resid 237...
d_4ens_1chain "D" and (resid 3 through 235 or resid 237...
d_1ens_2chain "E" and resid 16 through 29
d_2ens_2chain "F" and resid 13 through 26
d_1ens_3chain "H" and resid 18 through 28
d_2ens_3chain "I"
d_1ens_4chain "J" and (resid 66 through 104 or resid 106 through 126)
d_2ens_4chain "K" and (resid 66 through 104 or resid 106 through 126)
d_3ens_4chain "M"

NCSアンサンブル:
ID
ens_4
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.990085966522, 0.0274586684137, 0.137752678468), (0.122980772746, -0.304363462536, 0.944583830164), (0.0678638963736, 0.952160125295, 0.297969104719)-51.1939141176, 55.2953611283, -34.6038749275
2given(0.992103824726, -0.0426756922247, 0.117935517373), (-0.118610780042, -0.0136441789195, 0.992847077469), (-0.0407613030043, -0.998995806635, -0.0185982392349)-44.0349558798, 43.46624009, 44.1977644954
3given(-0.989243349496, 0.105246870845, 0.101590804977), (0.129405318073, 0.953469682141, 0.272304661901), (-0.0682045389486, 0.282521966254, -0.956833046801)-100.404801887, 11.3626923288, -8.27509794477
4given(0.989886438386, -0.0593425755421, 0.128853784688), (-0.127368542283, 0.0281811230829, 0.991455031123), (-0.062466739447, -0.997839808301, 0.0203377342162)-43.140539238, 40.9343468159, 43.8254756521
5given(0.999834305161, 0.00470096131771, -0.0175858802958), (0.0173397810789, 0.0480736569754, 0.998693273982), (0.0055402360262, -0.998832730975, 0.0479841777784)-45.0992683096, 44.2023684422, 43.7910230956
6given(-0.986540766137, 0.144004744901, 0.0774593454362), (0.0520477553328, -0.172522545547, 0.983629504663), (0.155010799347, 0.974422190185, 0.162705400531)-53.9685208202, 50.1590953606, -35.6468045866
7given(-0.961713099018, 0.271420835007, 0.0379294806436), (0.274048409124, 0.953595757538, 0.124710066401), (-0.00232048147091, 0.130329818267, -0.991467979229)-104.778624697, 12.2774448918, -3.48221437833

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 7分子 ACBDJKM

#1: タンパク質
Protein fem-1 homolog B / FEM1b / FEM1-beta / Fem-1-like death receptor-binding protein alpha / Fem-1-like in apoptotic ...FEM1b / FEM1-beta / Fem-1-like death receptor-binding protein alpha / Fem-1-like in apoptotic pathway protein alpha / F1A-alpha / mt-Fem


分子量: 42362.277 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-377 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fem1b, F1aa, Kiaa0396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2G0
#3: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / Mitochondrial 20 kDa outer membrane protein / Outer mitochondrial membrane receptor Tom20


分子量: 7364.442 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 62-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM20, KIAA0016 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15388

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 EFHI

#2: タンパク質・ペプチド
Folliculin-interacting protein 1


分子量: 3504.970 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 590-619 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fnip1, Kiaa1961 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68FD7

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 mg/mL protein complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 1 mM TCEP were mixed in a 2:1 ratio with the reservoir solution containing 30% PEG 3350, 0.2M Ammonium Citrate pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.1 Å / Num. obs: 31515 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 98.08 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.403 / Rsym value: 0.384 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 4.283 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4939 / CC1/2: 0.383 / Rpim(I) all: 1.415 / Rrim(I) all: 4.513

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→45.93 Å / SU ML: 0.5137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.6775
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 1579 5.03 %
Rwork0.2391 29809 -
obs0.2404 31388 91.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13694 0 38 0 13732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002313984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.527718957
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03692148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00372461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.51135130
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.30.40811370.35642905X-RAY DIFFRACTION99.25
3.3-3.420.32661510.3392922X-RAY DIFFRACTION98.59
3.42-3.560.3335770.33161806X-RAY DIFFRACTION61.02
3.56-3.720.32551320.30322011X-RAY DIFFRACTION69.53
3.72-3.880.36771160.29162502X-RAY DIFFRACTION98.94
3.93-4.160.27471580.24952680X-RAY DIFFRACTION97.9
4.16-4.480.28241630.2392986X-RAY DIFFRACTION100
4.48-4.930.24491400.22812943X-RAY DIFFRACTION100
4.93-5.650.29551990.22882950X-RAY DIFFRACTION99.97
5.65-7.10.29171320.22813014X-RAY DIFFRACTION100
7.11-45.930.17781740.18273090X-RAY DIFFRACTION99.91

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る