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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uxt | |||||||||
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タイトル | Acinetobacter baumannii Tse15 Rhs effector, toxin cleavage mutant (D1369N, D1391N) | |||||||||
要素 | Tse15 | |||||||||
キーワード | TOXIN / Rhs-effector / Rhs cargo effector / Type 6 secretion system effector / Acinetobacter baumannii toxin / YD-repeat protein / T6SS. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.77 Å | |||||||||
データ登録者 | Hayes, B.K. / Venugopal, H. / McGowan, S. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure of a Rhs effector clade domain provides mechanistic insights into type VI secretion system toxin delivery 著者: Hayes, B.K. / Harper, M. / Venugopal, H. / Lewis, J.M. / Wright, A. / Lee, H.-C. / Steele, J.R. / Steer, D.L. / Schittenhelm, R.B. / Boyce, J.D. / McGowan, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uxt.cif.gz | 527.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uxt.ent.gz | 431.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uxt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uxt_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8uxt_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uxt_validation.xml.gz | 51.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uxt_validation.cif.gz | 76.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8uxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8uxt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42775MC 8uy4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 181545.062 Da / 分子数: 1 / 変異: D1369N,D1391N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア) 遺伝子: ABBFA_02439 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: A0A5K6CSR3 |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Recombinant Tse15(D1369N, D1391N) protein / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.183 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50 mM Hepes pH 8.0; 300 mM NaCl |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 1.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1163105 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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