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- PDB-8ux7: Dioclea megacarpa lectin (DmegA) complexed with X-Man -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ux7
タイトルDioclea megacarpa lectin (DmegA) complexed with X-Man
要素Dioclea megacarpa lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Legume / ConA-like / Dioclea
機能・相同性: / : / Chem-XMM
機能・相同性情報
生物種Macropsychanthus megacarpus (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Oliveira, M.V. / De Sloover, G. / Osterne, V.J.S. / Pinto-Junior, V.R. / Sacramento-Neto, J.C. / Van Damme, E.J.M. / Nascimento, K.S. / Cavada, B.S.
資金援助 ブラジル, ベルギー, 3件
組織認可番号国
Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
Research Foundation - Flanders (FWO)12T4622N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dioclea megacarpa lectin (DmegA) complexed with X-Man
著者: Oliveira, M.V. / De Sloover, G. / Osterne, V.J.S. / Pinto-Junior, V.R. / Sacramento-Neto, J.C. / Van Damme, E.J.M. / Nascimento, K.S. / Cavada, B.S.
履歴
登録2023年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dioclea megacarpa lectin
B: Dioclea megacarpa lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,26310
ポリマ－51,1252
非ポリマー1,1388
水1,53185
1
A: Dioclea megacarpa lectin
B: Dioclea megacarpa lectin
ヘテロ分子

A: Dioclea megacarpa lectin
B: Dioclea megacarpa lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,52620
ポリマ－102,2494
非ポリマー2,27716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area10130 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area33460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.350, 109.414, 126.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Dioclea megacarpa lectin


分子量: 25562.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macropsychanthus megacarpus (マメ科)
#4: 糖 ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15BrClNO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.8M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 0.5% PEGME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.46 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.46 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.661 Å / Num. obs: 31790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.148 / Num. measured all: 36823 / Num. unique obs: 2714 / CC1/2: 0.853 / Rpim(I) all: 0.322 / Rrim(I) all: 1.193 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
MOSFLM7.4.0データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREP11位相決定
Coot0.9.8.7モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→46.661 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 7.211 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 1593 5.017 %
Rwork0.2006 30159 -
all0.203 --
obs-31752 99.852 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 50.893 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0 Å2
2--0.007 Å20 Å2
3---0.013 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.661 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3548 0 57 85 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.6495023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4981.5787768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4965460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.591518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95810568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.56610150
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2697
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2050.23135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21840
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.090.21935
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1610.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.20.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1480.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1220.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3725.051852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3685.051852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1349.0482308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1359.0492309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9565.4471833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9555.4481834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.229.7862715
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2199.7862716
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.75648.8714043
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.74548.8394041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2570.4021260.3562205X-RAY DIFFRACTION99.9571
2.257-2.3190.3331240.3272111X-RAY DIFFRACTION99.9106
2.319-2.3860.3291100.2912081X-RAY DIFFRACTION99.9544
2.386-2.4590.3361100.2912033X-RAY DIFFRACTION100
2.459-2.5390.321890.2831962X-RAY DIFFRACTION99.9513
2.539-2.6280.3181000.2811948X-RAY DIFFRACTION99.9024
2.628-2.7270.366970.2741809X-RAY DIFFRACTION100
2.727-2.8380.3221000.2711774X-RAY DIFFRACTION99.9467
2.838-2.9640.274930.231707X-RAY DIFFRACTION99.9445
2.964-3.1080.292810.2111621X-RAY DIFFRACTION99.7071
3.108-3.2750.329840.2271563X-RAY DIFFRACTION99.637
3.275-3.4730.239780.2141450X-RAY DIFFRACTION99.6089
3.473-3.7110.256710.1931404X-RAY DIFFRACTION99.797
3.711-4.0060.224650.1821296X-RAY DIFFRACTION99.9266
4.006-4.3850.165620.1631217X-RAY DIFFRACTION99.766
4.385-4.8980.2530.1191091X-RAY DIFFRACTION100
4.898-5.6450.159530.137976X-RAY DIFFRACTION100
5.645-6.8880.238460.162838X-RAY DIFFRACTION100
6.888-9.6370.158330.132665X-RAY DIFFRACTION100
9.637-46.6610.179180.202408X-RAY DIFFRACTION97.931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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