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Yorodumi- PDB-8ux2: Chromobacterium violaceum mono-ADP-ribosyltransferase CteC in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ux2 | ||||||||||||
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Title | Chromobacterium violaceum mono-ADP-ribosyltransferase CteC in complex with NAD+ | ||||||||||||
Components | NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / mono-ADP-ribosyltransferase / ADP-ribosylation / bacterial effector | ||||||||||||
Function / homology | glycosyltransferase activity / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / host cell / extracellular region / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Chromobacterium violaceum (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.87 Å | ||||||||||||
Authors | Zhang, Z. / Rondon, H. / Das, C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: Crystal structure of bacterial ubiquitin ADP-ribosyltransferase CteC reveals a substrate-recruiting insertion. Authors: Zhang, Z. / Rondon-Cordero, H.M. / Das, C. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ux2.cif.gz | 299.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ux2.ent.gz | 244 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ux2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ux2_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8ux2_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 8ux2_validation.xml.gz | 31.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8ux2_validation.cif.gz | 46 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8ux2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8ux2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27580.500 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chromobacterium violaceum (bacteria) / Gene: cteC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q7NY09 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.25M calcium acetate, 20% PEG 3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 17, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.87→41.47 Å / Num. obs: 60539 / % possible obs: 99.81 % / Redundancy: 11.5 % / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 22.18 |
Reflection shell | Resolution: 1.87→1.938 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Num. unique obs: 5877 / CC1/2: 0.747 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.87→41.47 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.87→41.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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