PDB-8uwv: Crystal structure of BT3984 SusD-like from Bacteroides thetaiotao...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uwv

タイトル

Crystal structure of BT3984 SusD-like from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.1 A resolution (Space group P21)

要素

BT3984 SusD-like

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / SusD-like / High-mannose N-glycan PUL / Bacteroides thetaiotaomicron

機能・相同性

SusD-like / Susd and RagB outer membrane lipoprotein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / metal ion binding / SusD homolog

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Sastre, D.E. / Navarro, M.V.A.S. / Sundberg, E.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of BT3984 SusD-like from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.1 A resolution (Space group P21)
著者: Sastre, D.E. / Navarro, M.V.A.S. / Sundberg, E.J.

履歴

登録	2023年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uwv.cif.gz	613.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uwv.ent.gz	509.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uwv_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uwv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8uwv_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	8uwv_validation.cif.gz	84.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uwv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BT3984 SusD-like

B: BT3984 SusD-like

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BT3984 SusD-like

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BT3984 SusD-like

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.370, 82.592, 100.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BT3984 SusD-like 分子量: 56809.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_3984 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A0N7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (INDEX G-11)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→46.18 Å / Num. obs: 355545 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 9.03 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_rim(I) all: 0.0476 / Net I/σ(I): 19.05
反射シェル	解像度: 1.08→1.119 Å / 冗長度: 1.3 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.63 / Num. unique obs: 15911 / CC_1/2: 0.943 / R_rim(I) all: 0.254 / % possible all: 41.19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.08→46.18 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 12.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.139	17777	5 %
R_work	0.1209	-	-
obs	0.1218	355499	91.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→46.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7742	0	1	1572	9315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	8013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.777	10936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.883	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	1169
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	1450

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.08-1.09	0.2376	112	0.2165	2113	X-RAY DIFFRACTION	17
1.09-1.1	0.2255	270	0.1854	5136	X-RAY DIFFRACTION	42
1.1-1.12	0.1835	377	0.1547	7157	X-RAY DIFFRACTION	58
1.12-1.13	0.1705	443	0.1404	8429	X-RAY DIFFRACTION	69
1.13-1.15	0.1513	504	0.1277	9576	X-RAY DIFFRACTION	78
1.15-1.16	0.1524	568	0.1221	10802	X-RAY DIFFRACTION	88
1.16-1.18	0.1413	630	0.1211	11975	X-RAY DIFFRACTION	97
1.18-1.2	0.1329	632	0.1157	11997	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2-1.21	0.1401	639	0.115	12141	X-RAY DIFFRACTION	99
1.21-1.23	0.1336	645	0.1166	12263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.26	0.1426	646	0.1122	12270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.28	0.1433	647	0.1163	12300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.3	0.1363	647	0.1156	12284	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.33	0.14	645	0.1127	12261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.36	0.1357	646	0.1119	12265	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.39	0.1425	646	0.1126	12280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.43	0.1355	647	0.111	12296	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.46	0.1387	645	0.1102	12251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.51	0.1324	648	0.109	12306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.56	0.1255	649	0.1086	12343	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.61	0.1361	648	0.1089	12305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.68	0.1268	646	0.1105	12270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.75	0.1346	647	0.1114	12304	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.84	0.1319	645	0.1131	12259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.96	0.1245	649	0.1159	12328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.11	0.1286	648	0.1152	12300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.32	0.1251	649	0.11	12342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.66	0.1344	649	0.1204	12332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-3.35	0.1462	650	0.1289	12355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-46.18	0.1541	660	0.1431	12528	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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