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- PDB-8uwt: A X-ray Crystallographic Structure Model of a Glycoside Hydrolase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uwt
タイトルA X-ray Crystallographic Structure Model of a Glycoside Hydrolase (GH) Family 39 (GH39)-like Enzyme Encoded within a Xylan Utilization Locus of the pSOL1 Megaplasmid of Clostridium acetobutylicum
要素Possible beta-xylosidase diverged, family 5/39 of glycosyl hydrolases and alpha-amylase C (Greek key) C-terminal domain
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase Family 39 / Clostridium acetobutylicum / pSOL1 / Xylan
機能・相同性Glycoside hydrolase superfamily / hydrolase activity / FORMIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / Possible beta-xylosidase diverged, family 5/39 of glycosyl hydrolases and alpha-amylase C (Greek key) C-terminal domain
機能・相同性情報
生物種Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者St John, F.J. / Fujimoto, Z.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)L17552 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A X-ray Crystallographic Structure Model of a Glycoside Hydrolase (GH) Family 39 (GH39)-like Enzyme Encoded within a Xylan Utilization Locus of the pSOL1 Megaplasmid of Clostridium acetobutylicum
著者: St John, F.J. / Fujimoto, Z.
履歴
登録2023年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible beta-xylosidase diverged, family 5/39 of glycosyl hydrolases and alpha-amylase C (Greek key) C-terminal domain
B: Possible beta-xylosidase diverged, family 5/39 of glycosyl hydrolases and alpha-amylase C (Greek key) C-terminal domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,89539
ポリマ－90,8562
非ポリマー2,03937
水15,709872
1
A: Possible beta-xylosidase diverged, family 5/39 of glycosyl hydrolases and alpha-amylase C (Greek key) C-terminal domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,25618
ポリマ－45,4281
非ポリマー82817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Possible beta-xylosidase diverged, family 5/39 of glycosyl hydrolases and alpha-amylase C (Greek key) C-terminal domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,63921
ポリマ－45,4281
非ポリマー1,21120
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.407, 88.245, 106.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Possible beta-xylosidase diverged, family 5/39 of glycosyl hydrolases and alpha-amylase C (Greek key) C-terminal domain


分子量: 45427.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mega plasmid pSOL1
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
遺伝子: CA_P0117 / 詳細 (発現宿主): pET27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q97TI4

-
非ポリマー , 6種, 909分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 872 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.98 %
解説: Thin 2D plates no more than a few microns thick growing as a rosette
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Hampton Research PEGRx HT: Condition 80 (G8): 0.2 M Sodium Formate, 0.1 M BICINE pH 8.5, 20% PEG5000 MME. This condition was extensively refined and the crystal which generated the data for ...詳細: Hampton Research PEGRx HT: Condition 80 (G8): 0.2 M Sodium Formate, 0.1 M BICINE pH 8.5, 20% PEG5000 MME. This condition was extensively refined and the crystal which generated the data for this deposit consisted of the same, but had pH adjusted to 8.3.

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月12日 / 詳細: Rhodium coated silicon single crystal
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→100 Å / Num. obs: 96886 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 1062381
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.613.81.5361670.2770.6580.7511.720.83360.6
1.61-1.675.71.35487850.0720.3680.5511.4721.00286.7
1.67-1.758.81.22897130.5110.8230.4211.3030.90595.5
1.75-1.8411.41.004101640.7990.9420.3071.0510.90199.6
1.84-1.95120.704101510.9170.9780.2110.7360.94100
1.95-2.112.30.427102640.9610.990.1260.4460.985100
2.1-2.3213.30.282102460.9820.9950.080.2941.036100
2.32-2.6512.90.183103030.9920.9980.0530.191.067100
2.65-3.3412.70.105103690.9970.9990.030.1091.015100
3.34-100130.059107240.99910.0170.0610.77499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→35.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.089 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17987 4294 5.2 %RANDOM
Rwork0.14238 ---
obs0.14429 78644 80.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.324 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→35.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6250 0 130 872 7252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0126735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5391.6419137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4581.57913732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9975849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59623.029350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.399151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6891535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3041.6173312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3041.6173313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9192.424174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.922.4214175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1961.8933423
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0581.8483358
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1932.7054959
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.72620.938125
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.57620.2317927
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.553→1.594 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 26 -
Rwork0.31 562 -
obs--7.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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