PDB-8uw6: Acetylornithine deacetylase from Escherichia coli, di-zinc form.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uw6

タイトル

Acetylornithine deacetylase from Escherichia coli, di-zinc form.

要素

Acetylornithine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Acetylornithine deacetylase / ArgE / M20 peptidase / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylornithine deacetylase / acetylornithine deacetylase activity / L-arginine biosynthetic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Endres, M. / Kelley, E. / Becker, D.P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2024
タイトル: N alpha-acetyl-L-ornithine deacetylase from Escherichia coli and a ninhydrin-based assay to enable inhibitor identification.
著者: Kelley, E.H. / Osipiuk, J. / Korbas, M. / Endres, M. / Bland, A. / Ehrman, V. / Joachimiak, A. / Olsen, K.W. / Becker, D.P.

履歴

登録	2023年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uw6.cif.gz	619.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uw6.ent.gz	511.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uw6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uw6_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uw6_full_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示
XML形式データ	8uw6_validation.xml.gz	65.7 KB	表示
CIF形式データ	8uw6_validation.cif.gz	97.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uw6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rsf
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP96129

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Acetylornithine deacetylase

B: Acetylornithine deacetylase

C: Acetylornithine deacetylase

D: Acetylornithine deacetylase

ヘテロ分子

173 kDa, 4 ポリマー
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1

B: Acetylornithine deacetylase

ヘテロ分子

A: Acetylornithine deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Acetylornithine deacetylase

ヘテロ分子

C: Acetylornithine deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.399, 126.323, 123.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Acetylornithine deacetylase / AO / Acetylornithinase / N-acetylornithinase / NAO 分子量: 42739.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Three N-terminal residues, SNA, are cloning artifacts 由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: argE, Z5515, ECs4886 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X742, acetylornithine deacetylase

#1: タンパク質

Acetylornithine deacetylase / AO / Acetylornithinase / N-acetylornithinase / NAO

分子量: 42739.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Three N-terminal residues, SNA, are cloning artifacts
由来: (組換発現)

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: argE, Z5515, ECs4886 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X742, acetylornithine deacetylase

-
非ポリマー , 5種, 1233分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris buffer, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→48.54 Å / Num. obs: 144787 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.6 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.132 / Χ²: 0.996 / Net I/av σ(I): 14.8 / Net I/σ(I): 5.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	5.3	1.001	1.24	7089	0.462	0.795	0.478	1.111	0.594	96.5
1.83-1.86	5.5	0.867		7154	0.57	0.852	0.402	0.956	0.625	96.4
1.86-1.9	5.6	0.761		7132	0.652	0.889	0.351	0.838	0.649	96.3
1.9-1.94	5.6	0.658		7176	0.734	0.92	0.303	0.725	0.676	96.9
1.94-1.98	5.6	0.562		7132	0.786	0.938	0.26	0.62	0.708	96.7
1.98-2.03	5.5	0.485		7181	0.84	0.956	0.225	0.535	0.746	96.8
2.03-2.08	5.5	0.413		7194	0.879	0.967	0.193	0.456	0.783	97.1
2.08-2.13	5.4	0.36		7171	0.896	0.972	0.169	0.398	0.799	97.1
2.13-2.2	5.4	0.302		7209	0.926	0.981	0.143	0.334	0.849	97.3
2.2-2.27	5.2	0.255		7237	0.94	0.984	0.124	0.284	0.887	97.5
2.27-2.35	5.2	0.226		7210	0.953	0.988	0.11	0.252	0.91	97.6
2.35-2.44	5.5	0.197		7225	0.966	0.991	0.093	0.218	0.947	97.8
2.44-2.55	5.2	0.164		7281	0.973	0.993	0.08	0.183	0.995	98
2.55-2.69	5.6	0.142		7276	0.984	0.996	0.065	0.156	1.073	98
2.69-2.86	5.7	0.118		7286	0.989	0.997	0.054	0.13	1.193	98.3
2.86-3.08	5.6	0.096		7347	0.993	0.998	0.045	0.106	1.284	98.5
3.08-3.39	5.5	0.074		7285	0.995	0.999	0.035	0.082	1.419	98.6
3.39-3.88	5.1	0.057		7368	0.996	0.999	0.028	0.063	1.587	98.7
3.88-4.88	4.7	0.046		7361	0.997	0.999	0.024	0.052	1.675	98.5
4.88-48.54	5	0.043		7473	0.998	0.999	0.022	0.049	1.68	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→48.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.074 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2033	7260	5 %	RANDOM
R_work	0.16288	-	-	-
obs	0.16493	137493	97.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.676 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	-0 Å²	-0.28 Å²
2-	-	-0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→48.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11872	0	91	1210	13173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	12545
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.665	17174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.506	1.579	27160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.709	5	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.403	5	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.841	10	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	14896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.912	1.891	6176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.911	1.891	6174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.843	3.39	7727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.843	3.39	7728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.659	2.265	6369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.659	2.265	6370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.166	3.999	9405
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.191	27.03	14309
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.079	24.77	14003
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.845 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	527	-
R_work	0.289	9839	-
obs	-	-	95.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1271	-0.039	0.2379	0.1073	-0.1353	0.4922	0.0315	-0.0247	-0.0069	-0.0109	-0.007	0.0221	0.0724	-0.0456	-0.0245	0.0459	0.0046	0.0179	0.0779	0.0035	0.0197	48.0751	59.0885	-16.0612
2	0.1748	-0.0333	-0.3294	0.1974	0.0516	0.6412	0.0216	-0.0181	0.0207	0.0136	0.0276	0.0164	-0.016	0.0571	-0.0492	0.0717	0.0003	-0.0194	0.063	-0.0006	0.0131	50.7943	62.9721	42.7748
3	0.136	-0.0297	-0.2554	0.1849	0.0598	0.5958	0.0178	-0.0215	0.0335	0.0282	0.017	-0.0621	-0.0718	0.0889	-0.0349	0.0233	-0.0122	-0.0171	0.0771	-0.0169	0.04	30.2335	30.2917	43.7426
4	0.1185	-0.0005	0.2235	0.2297	0.2731	0.8793	0.0019	0.0125	-0.0105	0.0256	0.0387	-0.012	-0.0812	0.0551	-0.0406	0.1171	-0.002	0.0133	0.0328	-0.0134	0.0071	24.5595	27.7553	102.6465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 506
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 506
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 506
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 506

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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