PDB-8uw4: Crystal structure of hydroxyisourate hydrolase from Herbaspirillu...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8uw4

タイトル

Crystal structure of hydroxyisourate hydrolase from Herbaspirillum seropedicae

要素

5-hydroxyisourate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Enzyme

機能・相同性

hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / purine nucleobase metabolic process / 5-hydroxyisourate hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Herbaspirillum seropedicae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Magalhaes, M.T.Q. / Pereira, H.M. / Bleicher, L.

資金援助

ブラジル, 2件

組織	認可番号	国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	457851/2014-7	ブラジル
Minas Gerais State Agency for Research and Development (FAPEMIG)	Universal APQ-01898-22	ブラジル

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hydroxyisourate hydrolase from Herbaspirillum seropedicae
著者: Magalhaes, M.T.Q. / Pereira, H.M. / Bleicher, L.

履歴

登録	2023年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uw4.cif.gz	383.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uw4.ent.gz	314.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8uw4_validation.pdf.gz	493.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uw4_full_validation.pdf.gz	502.1 KB	表示
XML形式データ	8uw4_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	8uw4_validation.cif.gz	62.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uw4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (4) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 5-hydroxyisourate hydrolase

B: 5-hydroxyisourate hydrolase

C: 5-hydroxyisourate hydrolase

D: 5-hydroxyisourate hydrolase

E: 5-hydroxyisourate hydrolase

F: 5-hydroxyisourate hydrolase

G: 5-hydroxyisourate hydrolase

H: 5-hydroxyisourate hydrolase

117 kDa, 8 ポリマー
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1

A: 5-hydroxyisourate hydrolase

B: 5-hydroxyisourate hydrolase

C: 5-hydroxyisourate hydrolase

D: 5-hydroxyisourate hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 4 ポリマー
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2

E: 5-hydroxyisourate hydrolase

G: 5-hydroxyisourate hydrolase

F: 5-hydroxyisourate hydrolase

H: 5-hydroxyisourate hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.286, 102.662, 119.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	5-hydroxyisourate hydrolase 分子量: 14622.532 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Herbaspirillum seropedicae (バクテリア) 遺伝子: uraH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: D8J1G5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% w/v Polyethyleneglycol 3350, 100mM BIS-TRIS pH5.5 and 200mM Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45871 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45871 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→47.14 Å / Num. obs: 64495 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.191 / R_pim(I) all: 0.114 / R_rim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 243084
反射シェル	解像度: 2.15→2.2 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.713 / Num. measured all: 15559 / Num. unique obs: 4472 / CC_1/2: 0.57 / R_pim(I) all: 0.443 / R_rim(I) all: 0.843 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→46.71 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2602	3292	5.11 %	Random selection
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.2287	64457	99.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7053	0	0	811	7864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.559	9855
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.658	2580
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1112
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1280

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.18	0.3262	138	0.2776	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.21	0.3042	131	0.2706	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.324	135	0.267	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.3769	138	0.2735	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.3262	137	0.2606	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.2913	148	0.256	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.41	0.3385	150	0.2615	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.46	0.2841	120	0.256	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.51	0.2871	124	0.2491	2493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.57	0.3065	136	0.254	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.64	0.3105	154	0.2523	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.2817	157	0.2485	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.79	0.2851	112	0.2577	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.88	0.2852	137	0.2389	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.98	0.257	111	0.2393	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.1	0.269	144	0.2289	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.24	0.2548	159	0.2171	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.41	0.2516	157	0.2146	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.63	0.2273	143	0.2055	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.91	0.2291	142	0.2048	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.3	0.2189	103	0.2047	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.92	0.2047	149	0.1763	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.92-6.2	0.2053	131	0.2021	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-46.71	0.2305	136	0.2184	2608	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9395	4.3013	0.7161	9.0106	2.2453	1.181	-0.4135	0.1596	0.3614	-1.0694	0.1435	0.8692	-0.2048	0.2099	0.0265	0.1698	0.0369	-0.0471	0.1899	-0.0646	0.1919	2.1149	-7.8666	8.5555
2	0.5869	-1.4422	-0.037	3.3452	-0.6404	3.1676	-0.1893	-0.0553	0.1788	0.01	-0.1319	-0.5779	-1.1444	0.9132	0.0647	0.0731	-0.1399	0.042	0.3301	-0	0.1825	11.0975	8.2964	11.6764
3	4.5514	1.7513	0.0892	4.5877	-0.028	2.3437	-0.3522	-0.3317	-0.1325	-0.136	-0.0015	-0.0292	0.0336	-0.018	0.1362	0.1783	0.048	-0.0177	0.1315	-0.0155	0.1559	0.179	-8.5272	22.6959
4	2.5576	2.6444	0.3553	2.8921	0.2106	0.4708	-0.1464	0.2291	-0.3409	-0.0697	0.1514	-0.3026	0.1026	0.0778	0.0821	0.1704	0.0449	0.009	0.1871	-0.0279	0.208	5.3553	-9.8809	11.6251
5	3.0956	2.318	0.0217	4.1031	0.7088	1.7888	0.0159	-0.4111	-0.2601	-0.0154	-0.2777	-0.0994	0.0742	0.1117	0.19	0.1417	0.0091	-0.0478	0.1525	-0.0037	0.1207	2.9082	1.2338	19.7887
6	7.6844	-1.4548	-3.9184	4.2512	0.4306	3.5512	0.6398	-0.5857	0.6937	0.0824	-0.1262	-1.0218	-0.5833	1.7642	-0.2048	0.2364	-0.0044	-0.0185	0.4731	0.0067	0.3663	6.6311	13.4596	24.8218
7	0.7016	1.3001	0.5736	4.6284	0.7373	0.8211	0.0715	0.0488	-0.0865	-0.427	-0.1379	-0.0037	-0.2136	-0.1691	0.0776	0.1055	-0.0021	0.0167	0.2158	0.012	0.1997	-2.7046	-0.2789	11.5589
8	3.4572	0.9376	0.5092	3.4525	1.7988	6.3471	-0.1786	-0.0819	0.4678	-0.7414	0.2274	-0.2194	-1.7935	0.0452	-0.0021	0.2398	0.0623	0.0691	0.1761	-0.009	0.2972	-13.7723	17.2818	20.5485
9	3.4421	-0.2544	-1.8496	2.0971	-0.8262	5.6063	0.1026	0.4019	0.1366	-0.1593	0.2021	-0.3464	0.177	-1.0389	-0.0986	0.1928	-0.0692	0.0446	0.3158	0.0242	0.241	-20.2683	10.6966	8.8398
10	3.8297	-0.4602	0.8572	2.3284	-0.0822	4.4161	-0.1817	-0.5695	0.0519	0.4113	0.0257	-0.0402	0.477	-0.3107	-0.0586	0.1769	-0.0239	-0.003	0.1671	0.0008	0.1073	-13.7421	5.8966	30.4422
11	3.3264	1.4313	3.3027	1.3709	-0.032	6.5628	-0.3601	-0.2763	0.6596	-0.1838	0.0708	0.1511	-0.6795	-0.9535	0.2398	0.25	0.07	0.0255	0.2685	-0.044	0.2408	-20.0882	17.1259	22.2333
12	4.0881	-4.9964	0.6903	6.3731	-0.1264	2.3759	-0.2446	-1.2477	0.4362	1.2656	0.0261	0.7942	0.2107	0.1743	0.0911	0.56	-0.0683	0.1072	0.4122	-0.1383	0.247	-8.8787	18.0838	35.8927
13	2.0298	0.7087	2.1887	2.8978	2.0376	4.5483	-0.2584	0.1161	0.0987	0.0427	0.0128	0.1281	0.2153	0.1684	0.1937	0.1721	-0.0162	0.07	0.1645	-0.0175	0.1449	-14.7924	5.0709	19.9301
14	6.1469	-6.0743	-0.9635	8.9578	-1.2378	2.3357	0.075	0.4954	-0.8096	-0.0331	0.1527	1.6728	-0.0039	-0.2814	-0.1175	0.311	0.0032	0.0748	0.265	0.0151	0.2922	-17.8997	-3.9535	9.7963
15	2.1181	0.3292	1.8459	1.3983	-0.0785	1.5922	-0.0226	-0.0267	0.27	0.255	-0.1387	0.0363	0.0201	-0.2085	0.1315	0.0724	0.0221	-0.0004	0.1998	-0.0021	0.1535	-7.7925	13.4936	22.2714
16	3.024	1.9658	2.357	3.747	2.2271	4.36	-0.2353	0.5908	0.7044	-0.8382	-0.0576	0.1513	-0.5228	0.4628	-0.0211	0.2013	0.0334	-0.0123	0.2256	0.017	0.1736	-8.0525	10.3123	13.2423
17	1.984	1.3722	-0.1857	1.5573	-0.5358	2.9172	-0.3934	-0.4821	-0.9	-0.162	0.0195	-0.7312	0.8057	0.3115	0.2372	0.2207	0.056	-0.0711	0.2128	-0.0287	0.4659	4.856	4.3543	-5.0143
18	1.6213	-1.3082	-1.6544	2.8034	0.7451	6.6596	-0.3266	-0.0207	-0.6935	0.0188	-0.5026	0.7834	0.668	-0.7788	-0.2248	0.1347	-0.0399	-0.0883	0.2656	-0.0498	0.1333	-9.085	0.5369	-3.3216
19	3.2684	1.9144	-1.2528	4.2186	-1.2928	3.6323	-0.2576	0.5501	0.0768	-0.463	0.2401	-0.1889	-0.008	-0.1294	0.0517	0.227	0.0383	-0.0206	0.2242	0.0286	0.2242	3.7242	15.2419	-15.4958
20	4.6028	2.7961	0.0234	2.6259	-0.8383	2.1761	-0.2039	0.8737	-0.8659	-0.4378	0.4895	-0.8321	0.7911	0.6112	0.6652	0.1811	0.0013	0.1794	0.4547	-0.1029	0.3003	8.094	4.3625	-10.7019
21	3.9818	1.6378	-1.1197	2.1366	-0.3007	0.2345	-0.0604	-0.1133	-0.5929	-0.0844	-0.0964	-0.3497	-0.1423	-0.1718	0.0666	0.1624	-0.0045	-0.0432	0.2594	0.0241	0.1409	-3.8627	11.5453	-9.3123
22	2.7039	-0.5641	1.0702	1.4644	-1.0273	0.6116	0.1306	-0.0098	-0.2764	-0.041	0.1184	0.2745	0.158	-0.1683	-0.2708	0.2983	0.0227	-0.0041	0.2108	0.0405	0.2584	-10.4336	13.3461	-7.1778
23	5.1299	0.4013	-1.318	0.8735	-1.1209	1.522	0.0509	-0.6775	-0.3901	0.218	-0.1687	-0.1373	0.2122	0.0725	0.1305	0.1437	-0.0188	-0.0054	0.1783	-0.0394	0.1434	3.095	10.0436	-0.4052
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精密化 TLSグループ

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39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 108 through 117 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 1 through 30 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 31 through 73 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 74 through 85 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 86 through 117 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 1 through 10 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 11 through 20 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 21 through 31 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 32 through 39 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 40 through 58 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 59 through 73 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 74 through 100 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 101 through 117 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 1 through 10 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 11 through 20 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 21 through 39 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 40 through 58 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 59 through 73 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 74 through 85 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 86 through 112 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 113 through 117 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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