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Yorodumi- PDB-8uw4: Crystal structure of hydroxyisourate hydrolase from Herbaspirillu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8uw4 | |||||||||
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Title | Crystal structure of hydroxyisourate hydrolase from Herbaspirillum seropedicae | |||||||||
Components | 5-hydroxyisourate hydrolase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Enzyme | |||||||||
Function / homology | hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / purine nucleobase metabolic process / 5-hydroxyisourate hydrolase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Herbaspirillum seropedicae (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | |||||||||
Authors | Magalhaes, M.T.Q. / Pereira, H.M. / Bleicher, L. | |||||||||
Funding support | Brazil, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of hydroxyisourate hydrolase from Herbaspirillum seropedicae Authors: Magalhaes, M.T.Q. / Pereira, H.M. / Bleicher, L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8uw4.cif.gz | 383.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8uw4.ent.gz | 314.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8uw4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8uw4_validation.pdf.gz | 493.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8uw4_full_validation.pdf.gz | 502.1 KB | Display | |
Data in XML | 8uw4_validation.xml.gz | 43.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8uw4_validation.cif.gz | 62.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uw4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14622.532 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Herbaspirillum seropedicae (bacteria) / Gene: uraH / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DE3 / References: UniProt: D8J1G5 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 25% w/v Polyethyleneglycol 3350, 100mM BIS-TRIS pH5.5 and 200mM Magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.45871 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.45871 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→47.14 Å / Num. obs: 64495 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.114 / Rrim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 243084 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.2 Å / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / Num. measured all: 15559 / Num. unique obs: 4472 / CC1/2: 0.57 / Rpim(I) all: 0.443 / Rrim(I) all: 0.843 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15→46.71 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→46.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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